Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,686,149 | C→T | 8.5% | P210P (CCG→CCA) | patD ← | medium chain aldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,686,149 | 0 | C | T | 8.5% | 132.1 / 2.3 | 47 | P210P (CCG→CCA) | patD | medium chain aldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base T (2/2); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.77e-01 |
AGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACGGTGTTGCCGGCAGCCAGGGCT > NC_002947/1686002‑1686296 | aGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAAc < 2:300409/148‑1 (MQ=255) cGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACggg > 1:1416/1‑149 (MQ=255) aTCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCTGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTg < 7:264269/148‑1 (MQ=255) cGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCGATGTGAATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATCATGTGCGCGACGTTGGGGAACGACCCGGTCAGCGACACCATGCGCACATTGGCGTGGGGTATCAACGGGTTGcc > 4:141/1‑148 (MQ=255) aaCACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGAc > 8:191592/1‑149 (MQ=255) cAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGGATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCt > 4:231247/1‑149 (MQ=255) cACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGc > 7:134991/1‑149 (MQ=255) aCCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGcc > 5:198974/1‑149 (MQ=255) cGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCcgc < 1:9229/149‑1 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAAc < 1:58000/120‑1 (MQ=255) ttGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAAc > 2:58000/1‑120 (MQ=255) gtcgccCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGaa > 7:273673/3‑147 (MQ=255) ccgccCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAaga < 6:174585/148‑1 (MQ=255) ccgccCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAaga < 2:1416/148‑1 (MQ=255) aGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGtt < 4:189448/149‑1 (MQ=255) cATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGc < 2:151795/148‑1 (MQ=255) aTGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCcgg > 8:273654/1‑149 (MQ=255) gTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCcggcgg > 1:173363/1‑148 (MQ=255) cGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAg > 2:286808/1‑149 (MQ=255) cggcggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTgg < 8:134991/149‑1 (MQ=255) ggcggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTgg < 6:287697/148‑1 (MQ=255) cggTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGcc < 3:231247/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGc < 2:173363/149‑1 (MQ=255) gcgcTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGGTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTc < 7:191592/149‑1 (MQ=255) atgatgTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGccc < 8:273673/147‑1 (MQ=255) tgatgTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAg < 6:198974/148‑1 (MQ=255) gtgCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTgg > 3:214474/1‑130 (MQ=255) gtgCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTgg < 4:214474/130‑1 (MQ=255) cGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGt > 2:304726/1‑148 (MQ=255) ggATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGAACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCTCCCAGGCGCAGGGCCGTCAgcggc < 3:141/149‑1 (MQ=255) gATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAgcggcg > 6:292342/1‑149 (MQ=255) aTCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAATGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGc < 1:311107/137‑1 (MQ=255) aTCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAATGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGc > 2:311107/1‑137 (MQ=255) aTCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAATGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGc > 2:306269/1‑137 (MQ=255) aTCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAATGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGc < 1:306269/137‑1 (MQ=255) cGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGt > 5:138794/1‑147 (MQ=255) aGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGc < 1:286808/149‑1 (MQ=255) cGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCg < 5:292342/149‑1 (MQ=255) aGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACgg > 4:207879/1‑149 (MQ=255) aGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACgg > 3:187832/1‑149 (MQ=255) ccATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATc < 7:273654/149‑1 (MQ=255) gcACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCGGCACCCCCGGCGgca > 7:198430/1‑78 (MQ=255) gcACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCGGCACCCCCGGCGgca < 8:198430/78‑1 (MQ=255) ccTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACGgtg < 3:207879/149‑1 (MQ=255) cTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACGgtgt > 8:282609/1‑149 (MQ=255) aTCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACg < 1:168636/132‑1 (MQ=255) aTCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACg > 2:168636/1‑132 (MQ=255) cAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGt < 7:79100/96‑1 (MQ=255) cAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGt > 8:79100/1‑96 (MQ=255) aCGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACGGTGTTGCCGGCAGCCAGGGCt > 8:293391/1‑149 (MQ=255) | AGCGTCATCGAACACCAGCACCGGCGCCTTGCCGCCCAGCTCCATGTGCATGCGTTTCACGCTGTCGGCGGTGGCGCTGATGATGTGCGCGCCGGTGGGGATCGAGCCGGTCAGCGACACCATGCGCACCTTGGGGTGGGTTATCAACGGGTTGCCGACCGTCTGGCCGCGGCCGAAGAGAATGTTCAGCACCCCCGGCGGCAGCAAGTCCTGGGCCAGCTCGCCCAGGCGCAGGGCCGTCAGCGGCGTCAGCTCGGACGGCTTTATCACCACGGTGTTGCCGGCAGCCAGGGCT > NC_002947/1686002‑1686296 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |