Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,698,641 | T→C | 10.0% | V130A (GTC→GCC) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,698,641 | 0 | T | C | 10.0% | 100.0 / 3.4 | 41 | V130A (GTC→GCC) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/18); new base C (2/2); total (20/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 |
CCGTAAACAGAACGTCCACCGGGTATTCGAGGCCATGGGCCATGGCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTT > NC_002947/1698498‑1698785 | ccGTAAACAGAACGTCCACCGGGTATTCGAGGCCATGGGCCATGGCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGcc < 7:287335/149‑1 (MQ=255) ttCGAGGCCATGGGCCATGGCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGt < 5:175877/148‑1 (MQ=255) catgggccatgtCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTg < 8:20678/149‑1 (MQ=255) catgggccatggCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCCGACcagccag‑ccga > 4:237884/1‑119 (MQ=255) catgggccatggCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCCGACcagccag‑ccga < 3:237884/122‑4 (MQ=255) atgggccatggCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTg > 4:47454/1‑148 (MQ=255) atgggccatggCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGc > 3:194005/1‑149 (MQ=255) gcCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTgcgc > 2:14097/1‑147 (MQ=255) tgtgGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTcc > 8:39356/1‑148 (MQ=255) tgtgGTCGACACACCTGCGATGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGCCGGCCCCCTTCCAGCCCAAGATCCTCAATATCGGCTCGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCAACTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCATcc > 4:239625/1‑148 (MQ=255) tgGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTg < 1:277596/102‑1 (MQ=255) tgGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTg > 2:277596/1‑102 (MQ=255) ccccTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCggg < 7:219787/149‑1 (MQ=255) cccTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGt > 6:118820/1‑149 (MQ=255) cccTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGt > 2:270582/1‑149 (MQ=255) cccTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGt > 5:105863/1‑149 (MQ=255) 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5:316383/128‑1 (MQ=255) ccTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAgg > 7:230323/1‑149 (MQ=255) cTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGGAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTTCTCAAgg < 3:239625/148‑1 (MQ=255) cTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACGGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGTGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAgg < 7:39356/148‑1 (MQ=255) cTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAggg > 3:218549/1‑149 (MQ=255) tCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGt > 8:220178/1‑149 (MQ=255) aaTATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGttt > 6:99866/1‑149 (MQ=255) aaTATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGttt < 6:105863/149‑1 (MQ=255) aaTATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGttt < 4:218549/149‑1 (MQ=255) tatCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGc < 4:213734/149‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCg < 7:220178/149‑1 (MQ=255) ggctggctGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGc < 8:230323/149‑1 (MQ=255) acgctgctggCCGACCAGCCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGaa > 4:159905/6‑127 (MQ=255) acgctgctggCCGACCAGCCAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGaa < 3:159905/122‑1 (MQ=255) ctggTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGtt > 4:253849/1‑149 (MQ=255) | CCGTAAACAGAACGTCCACCGGGTATTCGAGGCCATGGGCCATGGCGCCCTCGATGTGGTCGACACCCCTGCGTTGGGCGCTGGCGATGCCCGCGAAGCGGCGGCGCCCTTGCTGCGCAAGATCCTCAATATCGGCTGGCTGGTCGGCCAG‑CAGCGTGCACCTGCCGCAAGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTT > NC_002947/1698498‑1698785 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |