Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,764,227 | A→G | 8.5% | E45E (GAA→GAG) | PP_1573 → | major tail protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,764,227 | 0 | A | G | 8.5% | 130.6 / 2.5 | 47 | E45E (GAA→GAG) | PP_1573 | major tail protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/22); new base G (2/2); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
AATTGGAGAAGCCCATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGACACCATCGAGAGCAT > NC_002947/1764079‑1764373 | aaTTGGAGAAGCCCATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGaa < 3:47532/149‑1 (MQ=255) aaTTGGAGAAGCACATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGaa < 8:265743/149‑1 (MQ=255) gagaAGCCCATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGa < 8:230246/148‑1 (MQ=255) gagaAGCCCATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGAc < 3:205003/149‑1 (MQ=255) cccATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGtct < 5:67709/149‑1 (MQ=255) aTGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAg < 5:26297/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCGTAGCCAGGGCTCTGCGCTGGTGCCGACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCTCCGCTTTCAGTCGAGGCGGGATCGCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTGTCAGGGACACCGttg < 8:103275/145‑3 (MQ=255) cTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCg > 5:52663/1‑144 (MQ=255) cTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCg < 6:52663/144‑1 (MQ=255) cTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTgcg > 3:177999/1‑148 (MQ=255) cgggTACCCAGCTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATACGAAATCATGGAGGTTGAATGCGACACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGCCCAGGTAGAAGAGACCTGACTCAGCGACACCGTGCGCAAg > 8:163129/2‑149 (MQ=255) ccAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGc > 6:66993/1‑149 (MQ=255) cAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCt > 1:122278/1‑118 (MQ=255) cAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCt < 2:122278/118‑1 (MQ=255) 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aTTCGAACTCATGGACGATGAATCCGCCACCCCCTTCAGTCCACGCCGGAACCCCCCTGACCAGGTTGAAGTCACCTGACTCAGCGACCCCCTGCGCAAGTACCAGCGTCGACATCGCACCCCGCGCCAGGCTTCGCTGACCCTCa > 2:70742/1‑146 (MQ=255) aGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAAc > 6:211985/1‑149 (MQ=255) aaTGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCg < 1:294594/149‑1 (MQ=255) aCCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGAc < 4:258123/113‑1 (MQ=255) cAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTgc > 8:27007/1‑135 (MQ=255) cAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTgc < 7:27007/135‑1 (MQ=255) 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cccGCTGACCAGGTTGAGGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTc < 1:160387/99‑1 (MQ=255) cccGCTGACCAGGTTGAGGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTc < 3:156989/99‑1 (MQ=255) cccGCTGACCAGGTTGAGGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTc > 2:160387/1‑99 (MQ=255) cGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGaca > 3:215133/1‑149 (MQ=255) ggTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGACACCATCgaga < 7:255870/149‑1 (MQ=255) ggTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGACACCATCgaga < 5:211985/149‑1 (MQ=255) tGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGACACCATCGAGAGCa > 7:102399/1‑149 (MQ=255) gAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGACACCATCGAGAGCAt > 5:239868/1‑149 (MQ=255) | AATTGGAGAAGCCCATGGCGATTCTCGCTCAGGGTACCCAGGTCTATGCCCTGGTGCCCACAGCTGCAAACCGTACCGTATTCGAAGTCATGGAGGTTGAATGCGCCACCGCCTTCAGTCCAGGCGGGAACCCCGCTGACCAGGTTGAAGTGACCTGTCTCAGCGACACCGTGCGCAAGTACCTGCGTGGCCTTCGCACCCCGGGCCAGGCTTCGCTGACCCTCAACGTCGACCCACGCAACGCCTCGCACGTGCGCCTTCATCAGATCTCGGAAGACGACACCATCGAGAGCAT > NC_002947/1764079‑1764373 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |