Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,802,443 | G→C | 9.0% | M809I (ATG→ATC) ‡ | dnaEA → | DNA polymerase III subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,802,443 | 0 | G | C | 9.0% | 128.3 / 2.7 | 43 | M809I (ATG→ATC) ‡ | dnaEA | DNA polymerase III subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/18); new base C (2/2); total (23/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
CCACTCCGCCGCCTATGGCCTGGTGTCGTACCAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCGAGGCTC > NC_002947/1802299‑1802579 | ccACTCCGCCGCCTATGGCCTGGTGTCGTACCAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAg < 7:243799/148‑1 (MQ=255) gccgccTATGGCCTGGTGTCGTACCAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCTTCATGCTgcgcac < 3:5096/149‑3 (MQ=255) tATGGCCTGGTGTCGTACCAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGAcgc > 4:82414/1‑149 (MQ=255) gtCGTACCAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATACATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTg > 3:160924/1‑148 (MQ=255) cAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACgcgc > 1:196908/1‑133 (MQ=255) cAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACgcgc < 2:196908/133‑1 (MQ=255) cAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTtctc < 3:82414/149‑1 (MQ=255) cccACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGt > 6:182749/1‑148 (MQ=255) ccGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAacga > 1:122444/1‑149 (MQ=255) 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tCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTg < 4:277473/148‑1 (MQ=255) tatGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAgg < 2:226405/149‑1 (MQ=255) gCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGGCGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGgtg > 5:217689/1‑149 (MQ=255) gCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGgtg > 8:79913/1‑149 (MQ=255) cATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAgg > 7:30566/1‑145 (MQ=255) cATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAgg < 8:30566/145‑1 (MQ=255) aTAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACgg < 5:287681/112‑1 (MQ=255) aTAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACgg > 6:287681/1‑112 (MQ=255) ggtggtggtGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTgc > 1:12745/1‑41 (MQ=255) ggtggtggtGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTgc < 2:12745/41‑1 (MQ=255) gtggtggtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGc < 2:314669/138‑1 (MQ=255) gtggtggtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGc > 1:314669/1‑138 (MQ=255) gtggtggtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGt > 7:97351/1‑149 (MQ=255) gtggtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAg < 7:274837/126‑1 (MQ=255) gtggtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAg > 8:274837/1‑126 (MQ=255) gtggtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGa < 2:10655/149‑1 (MQ=255) gtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGgtg < 7:247291/127‑1 (MQ=255) gtgCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGgtg > 8:247291/1‑127 (MQ=255) aggaggTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCGAg < 4:83631/149‑1 (MQ=255) gaggcgcAGCTTCATGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCGAGGCTc > 4:269380/4‑149 (MQ=255) aggcgcAGCTTCATGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCGa > 7:55405/3‑143 (MQ=255) aggcgcAGCTTCATGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCGa < 8:55405/141‑1 (MQ=255) caTGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCg > 7:86862/1‑134 (MQ=255) caTGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCg < 8:86862/134‑1 (MQ=255) | CCACTCCGCCGCCTATGGCCTGGTGTCGTACCAGACCGCCTGGCTGAAAACCCACTACCCGGCGCCATTCATGGCCGCGGTCCTGTCGGCGGATATGCATAACACCGACAAGGTGGTGGTGCTGGTGGAGGAGGTGCGCAGCATGAAGCTGCGCCTCGACGCGCCGGACGTGAACTTCTCGGACTTCAAGTTCACCGTCAACAACGACGGCCGTATCGTCTACGGCCTTGGTGCCATCAAGGGTGTCGGCGAAGGCCCGGTGGAGGCGATTGTCGAGGCTC > NC_002947/1802299‑1802579 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |