Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,833,424 | G→A | 10.2% | R201C (CGC→TGC) | PP_1637 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,833,424 | 0 | G | A | 10.2% | 104.1 / 3.0 | 39 | R201C (CGC→TGC) | PP_1637 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/19); new base A (2/2); total (18/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
AAGGCGTCACGCAGGGCCAGACGTGAAATGCAACCGATGCCCAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTGAACTTCCAGGTCGGG > NC_002947/1833279‑1833568 | aaGGCGTCACGCAGGGCCAGACGTGAAATGCAACCGATGCCCAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGt < 6:220409/149‑1 (MQ=255) ggCGTCACGCAGGGCCAGACGTGAAATGCAACCGATGCCCAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGc < 3:173737/149‑1 (MQ=255) ccAGACGTGAAATGCAACCGATGCCCAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTcg > 7:146421/1‑149 (MQ=255) tGCAACCGATGCCCAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCAc < 2:51001/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGaa < 1:194740/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGa > 2:194740/1‑148 (MQ=255) ccAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGa > 6:68867/1‑148 (MQ=255) ccAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGa > 4:298111/1‑148 (MQ=255) cAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGaaa < 4:131443/149‑1 (MQ=255) aGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAg > 2:162227/1‑149 (MQ=255) ccGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCtt < 8:146421/149‑1 (MQ=255) ccGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCtt < 1:274501/149‑1 (MQ=255) gACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCACGCGCCTGacc < 3:99592/109‑3 (MQ=255) gACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCACGCGCCTGacc > 4:99592/1‑107 (MQ=255) aCTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTc > 1:309817/1‑148 (MQ=255) aCTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTc > 2:262611/1‑148 (MQ=255) cTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGa < 1:262611/149‑1 (MQ=255) gcgcTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGgcgc < 2:309817/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCg > 2:309542/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCg > 6:306950/1‑149 (MQ=255) cGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGc < 1:162227/148‑1 (MQ=255) cGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGc < 5:306950/148‑1 (MQ=255) cagctccagGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCt > 6:156428/1‑149 (MQ=255) tccagGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGt < 5:111273/138‑1 (MQ=255) tccagGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGt > 6:111273/1‑138 (MQ=255) cagGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCtgtg < 6:307537/146‑1 (MQ=255) ggCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCTGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGca < 5:68867/149‑1 (MQ=255) cGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGcaca < 4:74054/149‑1 (MQ=255) gAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAg < 5:199888/149‑1 (MQ=255) atTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAaca > 7:111934/1‑149 (MQ=255) ggCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGtt < 8:111934/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTg < 6:80456/149‑1 (MQ=255) ccTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTg > 8:5774/1‑148 (MQ=255) tGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGACGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTGAAc > 8:155156/1‑149 (MQ=255) gAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTGAACTTCCa < 1:309542/149‑1 (MQ=255) aaGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTGAACTTCCAg > 2:194827/1‑149 (MQ=255) ggctCAGGCACGCGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAacac > 7:120794/4‑112 (MQ=255) ggctCAGGCACGCGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAacac < 8:120794/109‑1 (MQ=255) aGGCGCGTGCCTGAGACTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTAGCCAGTGGGTGCTGTGGAGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTGAACTTCCAGGTCgtg > 8:262341/1‑147 (MQ=255) | AAGGCGTCACGCAGGGCCAGACGTGAAATGCAACCGATGCCCAGGCCCGACTCCACCGCGCGCTTGATCGCTTCGGTGTGCTCCAGCTCCAGGCGAATATTGAGGTTGGCGCGGTGATGGCGCATGGCCTGGTCGAAGGTCAGGCGCGTGCCTGAGCCTTGTTCGCGCAGGATCCACGCCTCTTGCGAAAGGCTTTCGATATCGGCGCGGCCCAGTTTCGCCAGTGGGTGCTGTGGCGCACAGAACACCACCAGTTCGTCCTCGACCCACGGCTGAACTTCCAGGTCGGG > NC_002947/1833279‑1833568 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |