Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,882,347 | C→T | 8.3% | A73T (GCT→ACT) | PP_1689 ← | long‑chain fatty acid transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,882,347 | 0 | C | T | 8.3% | 136.1 / 2.4 | 48 | A73T (GCT→ACT) | PP_1689 | long‑chain fatty acid transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/21); new base T (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
AGATACCGAAACCGACGCTCCAGTGGTCATCGATCGGTTTTACGTAGTAACCCATGGGTACGCCAACGACAGGCACCATGTCACCATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGATGCTCTGTTCGTTGAGCGCGAAGCCGCT > NC_002947/1882200‑1882494 | aGATACCGAAACCGACGCTCCAGTGGTCATCGATCGGTTTTACGTAGTAACCCATGGGTACGCCAACGACAGGCACCATGTCACCATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAgc < 8:158260/148‑1 (MQ=255) aCCGAAACCGACGCTCCAGTGGTCATCGATCGGTTTTACGTAGTAACCCATGGGTACGCCAACGACAGGCACCATGTCACCATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGcgccgc > 6:176677/1‑149 (MQ=255) cGAAACCGACGCTCCAGTGGTCATCGATCGGTTTTACGTAGTAACCCATGGGTACGCCAACGACAGGCACCATGTCACCATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCgccgcc > 6:149100/1‑148 (MQ=255) 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8:190978/149‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGga < 1:149015/149‑1 (MQ=255) ccATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGga < 1:161498/149‑1 (MQ=255) cATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAgg > 3:162970/1‑147 (MQ=255) aTCGGTTTCACCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCAGATATGTCGGTTTTCGCGATGACGGCACCGCCGCCCACGGTGAATTGATCGCGCTTGAGGCGGTACATTACGGCCGGGTAGCCGAATACGGTACTTGCATATTCGGCAGAgg > 4:196358/1‑146 (MQ=255) gTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCag < 2:29370/139‑1 (MQ=255) gTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCCATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCag > 1:29370/1‑139 (MQ=255) ccccGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCcgc > 7:58411/1‑148 (MQ=255) ccGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGa > 2:103973/1‑148 (MQ=255) gAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGTGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAAc < 8:41735/149‑1 (MQ=255) gAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGTGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAAc < 8:36766/149‑1 (MQ=255) 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ggCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCAtgctg > 2:134223/1‑149 (MQ=255) gATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGAt > 4:41981/1‑149 (MQ=255) tGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGATGctc > 3:292392/1‑149 (MQ=255) tGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGATGct < 4:162970/148‑1 (MQ=255) cGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGATGCTCTGt > 6:75019/1‑149 (MQ=255) 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gcgcCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGATGCTCTGTTCGTTGAGCGCGAAGCCGCt < 8:58411/149‑1 (MQ=255) cgccgcCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTccc > 1:57402/1‑95 (MQ=255) cgccgcCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTccc < 2:57402/95‑1 (MQ=255) | AGATACCGAAACCGACGCTCCAGTGGTCATCGATCGGTTTTACGTAGTAACCCATGGGTACGCCAACGACAGGCACCATGTCACCATCGGTTTCCCCCCCGAGGTTGCTGCCTGGGCCCGATATGTCGGTTTTGGCGATGACGGCAGCGCCGCCCACGGTGAATTGTTCGCGCTTGAGGCGGGACATGCCGGCCGGGTTGCCGAATACGGTACTGGCATCTTCGGCAGAGGAAGAACGTCCCGCGAAACCTGTCCCCATGCTGCTGATGCTCTGTTCGTTGAGCGCGAAGCCGCT > NC_002947/1882200‑1882494 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |