Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,016,200 | T→A | 11.3% | M65L (ATG→TTG) | PP_1795 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,016,200 | 0 | T | A | 11.3% | 112.5 / 4.3 | 42 | M65L (ATG→TTG) | PP_1795 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/15); new base A (2/3); total (24/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 |
CGGGGGATGTGTCGATGCGGTCGATGCGCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGTTCGAGCAGCGTAACCCGA > NC_002947/2016062‑2016348 | cGGGGGATGTGTCGATGCGGTCGATGCGCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTg < 6:323823/149‑1 (MQ=255) aTGTGTCGATGCGGTCGATGCGCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCAAGAACATGCTGAccaag < 2:173770/149‑5 (MQ=255) tgtCGATGCGGTCGATGCGCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCGCTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTcg > 8:23777/1‑149 (MQ=255) ggtcgatgcgCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCgggg > 1:36649/1‑146 (MQ=255) atgcgCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCtt > 4:260769/1‑122 (MQ=255) atgcgCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCtt < 3:260769/122‑1 (MQ=255) gcAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATg > 8:69809/1‑149 (MQ=255) aCGGTTTCTATCACTTAGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCTCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCAAGAACATGCTGAc < 3:210234/116‑1 (MQ=255) aCGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCAAGAACATGCTGAc > 4:210234/1‑116 (MQ=255) ggTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGcc > 6:52868/1‑149 (MQ=255) cTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACTCCACATTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCCTGATGACGCCCTCGCCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAgt > 5:223742/1‑149 (MQ=255) aTCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAgtgg > 2:178827/1‑149 (MQ=255) aTCACTTCGTCGAACATATGGTATTCAGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAgtgg > 3:278799/1‑149 (MQ=255) tCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCGCTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAgt < 7:23777/146‑1 (MQ=255) cTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGtt > 7:3763/1‑94 (MQ=255) cTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGtt < 8:3763/94‑1 (MQ=255) cTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGtgct > 6:266894/1‑149 (MQ=255) cgtcgAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGtgcttg < 1:178827/148‑1 (MQ=255) ttCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATa > 4:26658/1‑149 (MQ=255) tGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGc < 4:122596/149‑1 (MQ=255) tGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGc < 2:36649/149‑1 (MQ=255) gtTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGa < 8:215331/88‑1 (MQ=255) gtTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGa > 7:215331/1‑88 (MQ=255) ttACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGc > 2:40147/1‑149 (MQ=255) cTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCg > 6:150425/1‑148 (MQ=255) gcgcCAGAATGGTGTAGCCCAGCTTGGTCAGGATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGTGAAGAAATGGATGGAGCCTTTGCCCATTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGTGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGTCGTAGCGGAAg < 2:108487/149‑1 (MQ=255) gcgcCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGa < 1:40147/147‑1 (MQ=255) cacaATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGaa > 7:11006/1‑144 (MQ=255) cacaATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGaa < 8:11006/144‑1 (MQ=255) cacaATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATg > 8:21612/1‑148 (MQ=255) caATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTAc < 5:266894/149‑1 (MQ=255) aaTGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACa > 2:189801/1‑149 (MQ=255) gtCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGTAAGATGTACATGCCCg > 7:260448/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGtt < 1:115366/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGtt > 2:115366/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACG‑CCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGTTc > 4:304371/1‑149 (MQ=255) cAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGTTCGa < 7:21612/149‑1 (MQ=255) ttGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGt > 7:159068/1‑97 (MQ=255) ttGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGt < 8:159068/97‑1 (MQ=255) gTCAGCAAGAACATGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCg > 3:93836/1‑114 (MQ=255) gTCAGCAAGAACATGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCg < 4:93836/114‑1 (MQ=255) tCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGTTCGAGCAGCGt > 4:308768/1‑148 (MQ=255) tGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGTTCGAGCAGCGTAACCCga < 3:308768/149‑1 (MQ=255) | CGGGGGATGTGTCGATGCGGTCGATGCGCAGGTCGACGGGTTCTATCACTTCGTCGAACATATGGTATTCGGTGATCAGCACGGTGGTTACGCCACCTTTCACTCGCGCCACAATGGTGTCGCCCAGCTTGGTCAGCATGTTCTTGCTGACGCCCTCGGCGGGGAAGAAATCGATGGAGCCTTTGCCCAGTGGTGCTTGCTGCAAGGCAATGCATACGGGCTTGTCTGCCGGGGGCTGCGAGGCGTAGCGGAAGATGTACATGCCCGGTTCGAGCAGCGTAACCCGA > NC_002947/2016062‑2016348 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |