Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,077,982 | G→A | 7.7% | E236K (GAG→AAG) | PP_1853 → | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,077,982 | 0 | G | A | 7.7% | 149.4 / 2.4 | 52 | E236K (GAG→AAG) | PP_1853 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/26); new base A (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
CAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCATATCAGCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGG > NC_002947/2077835‑2078126 | cAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGa < 2:65686/149‑1 (MQ=255) aaCGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAg < 2:257854/149‑1 (MQ=255) cGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAg > 2:136476/1‑147 (MQ=255) gCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAg > 3:239971/1‑149 (MQ=255) ccATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAgg < 1:16161/149‑1 (MQ=255) cATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAggg > 4:45216/1‑149 (MQ=255) cATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAggg > 3:30566/1‑149 (MQ=255) cATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAgg > 5:191098/1‑148 (MQ=255) cATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAgg < 6:191098/148‑1 (MQ=255) aTGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAgggg > 4:302310/1‑149 (MQ=255) aCGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGGGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTg < 8:239321/149‑1 (MQ=255) cGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTgg < 3:297026/149‑1 (MQ=255) cATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCa < 1:136476/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTgg < 7:16935/144‑1 (MQ=255) tCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTgg > 8:16935/1‑144 (MQ=255) ccTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCAAGCAgg > 7:260346/1‑137 (MQ=255) ccTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCAAGCAgg < 8:260346/137‑1 (MQ=255) cGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGt < 5:67106/149‑1 (MQ=255) cGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGt < 4:45075/149‑1 (MQ=255) cGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGt > 2:100199/1‑149 (MQ=255) tCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGc > 7:278154/1‑135 (MQ=255) tCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGc < 8:278154/135‑1 (MQ=255) ccGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCt > 7:127017/1‑149 (MQ=255) cgggcgggTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTg > 6:39703/1‑149 (MQ=255) cgggcgggTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTg < 3:45216/149‑1 (MQ=255) gggTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTg < 5:126198/128‑1 (MQ=255) gggTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTg > 6:126198/1‑128 (MQ=255) gTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGCTGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCGGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGc > 5:69272/1‑149 (MQ=255) gTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCg > 1:232373/1‑149 (MQ=255) cAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGggcggc > 2:183732/1‑149 (MQ=255) cAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCACGCGATGACCATGACCGATTCGGACGCGGCGTGACCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGTGCATTGCCCTGGTGAGCCTGACGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCAGggccgc > 8:300013/1‑149 (MQ=255) ttGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCtgctgctgc < 8:89636/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGCGCGCTTCGGCCGCGGCGGGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCGGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCgg < 6:69272/148‑1 (MQ=255) gcAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCTATTCTGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTTGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGc < 8:127017/149‑1 (MQ=255) aCAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGc > 4:10937/1‑110 (MQ=255) aCAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGc < 3:10937/110‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGc < 3:185725/108‑1 (MQ=255) aGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGc > 4:185725/1‑108 (MQ=255) gCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGTCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACt < 6:233186/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCAAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGcc > 3:243064/1‑95 (MQ=255) ccGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCAAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGcc < 4:243064/95‑1 (MQ=255) cAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTAtg < 7:300013/148‑1 (MQ=255) cAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTAt < 4:239971/147‑1 (MQ=255) aTTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTgg < 2:232373/149‑1 (MQ=255) gcCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGACGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGAt > 8:31943/1‑149 (MQ=255) ggCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGc < 3:302310/149‑1 (MQ=255) gggATGACCATGTGCCATTCGCACCCGGCGTGGGCGGTGGCCGAGCAGGGGCGGGGCATTGCCGGGGTGAGCGTGCGGTTGGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGAGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGc < 1:183732/146‑1 (MQ=255) cGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCa > 2:96947/1‑148 (MQ=255) tGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGGCGTGACCTAATTTCTGGCAGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCATATCAGCCTg > 8:128174/1‑149 (MQ=255) aTTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCATATCAGCCTGTATTTc < 5:39703/149‑1 (MQ=255) ggcgTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCGTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCATATCAGCCTGTATTTCGCCGAGcac > 8:16911/1‑148 (MQ=255) gCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCATATCAGCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCgg < 7:31943/148‑1 (MQ=255) | CAACGCCATGACGGCATCCTGGTGCGGTCACCGCAGACCGGGCGGGTGCGCTCGTGGCCGTTGACCAGCCGTTGGCAGGCGCAACAGCCGCTGCAATTGCGCCAGGCGATGACCATGAGCGATTCGGACGCGGCGTGCGCGGTGGCCGAGCAGGGGCTGGGCATTGCCCTGGTGAGCCTGCCGTTTGCCGTGCCCTACTTGCTGGCCGGGCGGCTGCTGCGGGTGTTGCCGGACTGGTATGTGGACGATGGGCATATCAGCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGG > NC_002947/2077835‑2078126 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |