Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,112,733 | G→C | 11.1% | P518R (CCG→CGG) ‡ | PP_1882 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,112,733 | 0 | G | C | 11.1% | 154.9 / 9.4 | 54 | P518R (CCG→CGG) ‡ | PP_1882 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/24); new base C (2/4); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.23e-01 |
AGAGGGTCTAGCAGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCTTGCCCCCGGCCGCTGCTCGCCGGGGTGGT > NC_002947/2112586‑2112881 | agagGGTCTAGCAGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCg > 2:315640/1‑148 (MQ=255) gggTCTAGCAGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATc < 6:150001/149‑1 (MQ=255) cAGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCAGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGCGGATGCGCACGATCCGGCGCAt > 8:182690/1‑149 (MQ=255) aGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCACGATCCGGCGCAtc < 7:182690/149‑2 (MQ=255) aGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGAAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCACGATCCGGCGCAtc < 4:129668/149‑2 (MQ=255) aaTTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCACGATCCGGCGCAtcccct < 7:188467/149‑6 (MQ=255) ttGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAg > 7:86633/1‑149 (MQ=255) tGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGttt > 4:142100/1‑148 (MQ=255) gTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑a < 2:244560/148‑1 (MQ=255) tACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACt < 3:142100/149‑1 (MQ=255) aCTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACtg > 4:310394/1‑149 (MQ=255) ggtggtggtTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCt > 3:162812/1‑149 (MQ=255) tggtTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGAc > 2:56270/1‑148 (MQ=255) gtTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAat < 3:310394/149‑1 (MQ=255) tCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAatcat > 3:217023/1‑149 (MQ=255) gCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCggg > 1:261823/1‑149 (MQ=255) ttgCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCa > 5:188455/1‑115 (MQ=255) ttgCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCa < 6:188455/115‑1 (MQ=255) ttgCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGa < 4:217023/148‑1 (MQ=255) ttgCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAg > 2:231918/1‑149 (MQ=255) gCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAggg > 7:36791/1‑149 (MQ=255) gTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGt > 6:272874/1‑148 (MQ=255) accaccTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGc > 1:288802/1‑149 (MQ=255) ctcctGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTtgc < 8:86633/149‑1 (MQ=255) cctGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATg < 4:97722/140‑1 (MQ=255) cctGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATg > 3:97722/1‑140 (MQ=255) ctGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTtgcctg < 1:315640/149‑1 (MQ=255) ctGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTtgcct < 5:229491/148‑1 (MQ=255) tGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAatcatc < 3:86400/123‑1 (MQ=255) tGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAatcatc > 4:86400/1‑123 (MQ=255) aTAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTtgcctgc < 2:14520/147‑1 (MQ=255) aCGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGgcg > 6:211635/1‑149 (MQ=255) gCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCa < 3:290665/149‑1 (MQ=255) cGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAgc > 3:146936/1‑149 (MQ=255) tGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAgcgc < 1:231918/149‑1 (MQ=255) ccGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTACTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCt < 5:272874/149‑1 (MQ=255) gCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGc > 7:122476/1‑149 (MQ=255) cTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCg < 2:288802/149‑1 (MQ=255) aCTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAg < 5:211635/149‑1 (MQ=255) ttGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTtgcct > 6:200591/1‑117 (MQ=255) ttGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTtgcct < 5:200591/117‑1 (MQ=255) gcgcATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtga < 2:261823/149‑1 (MQ=255) gcgcATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtga < 4:21901/149‑1 (MQ=255) tAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAgg < 4:162812/149‑1 (MQ=255) aGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCt > 6:49258/1‑149 (MQ=255) gTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCtt > 1:146146/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTCAACTGTGATCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCATGCAAGTGGCGCCAGCGCATTTTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCTTGCCCCCGGCCg > 1:60288/1‑149 (MQ=255) ccAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCTTGCCCCCGGCCg < 5:49258/146‑1 (MQ=255) gggATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtgagt > 5:120165/1‑117 (MQ=255) gggATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTGTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtgagt < 6:120165/117‑1 (MQ=255) gcaTGCGCACGATCCGGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtga < 2:146437/112‑1 (MQ=255) gcaTGCGCACGATCCGGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtga > 1:146437/3‑114 (MQ=255) gcgcCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtgagt > 2:214924/1‑112 (MQ=255) gcgcCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCtgagt < 1:214924/112‑1 (MQ=255) cGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCTTGCCCCCGGCCGCTGCTCGCCGtggtgg > 5:242057/1‑149 (MQ=255) ggATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCTTGCCCCCGGCCGCTGCTCGCCGGggtggt < 5:52165/149‑1 (MQ=255) | AGAGGGTCTAGCAGTGAATTGAACTGGTACTGGGTGGTGGTTTCCAGCTTGTTGCGTTTCACCACCTCCTGATAGCGACGGCCGTGCCGCAGGCTGGACTTGGGCGCATCGAGGTAATAGTAAATTTTCTCTTCCAGGGGATGCGCCGGATCGTGCGCATGCGTCAGGGTTTC‑ACTGTGCTCGACAATCATCGGGTTGAGGGTGATGGCGTTGCCTGCCAGTGGCGCCAGCGCCTTGTAGCGGTAGTGCTGAGTGAGAACAGGGGCTTGCCCCCGGCCGCTGCTCGCCGGGGTGGT > NC_002947/2112586‑2112881 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |