| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,171,792 | T→A | 8.0% | intergenic (+327/+76) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,171,792 | 0 | T | A | 8.0% | 141.3 / 3.4 | 50 | intergenic (+327/+76) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base A (2/2); total (27/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
TACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCA > NC_002947/2171646‑2171940 | tACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTg > 1:27102/1‑149 (MQ=255) tCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGCCAGCTTTGGGTCGATTGCAGcc > 3:232602/1‑149 (MQ=255) aGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATAAAGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCgg > 7:250232/1‑149 (MQ=255) gTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCAc > 7:63148/1‑149 (MQ=255) gTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTATGGGTCGAATGCGGCCTGTcgt > 3:77401/1‑147 (MQ=255) gACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAt > 6:278618/1‑133 (MQ=255) gACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAt < 5:278618/133‑1 (MQ=255) gACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAATGCGGCCTGTcgtgac > 6:108817/1‑144 (MQ=255) aCAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGa > 7:201489/1‑147 (MQ=255) cAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAg < 7:7287/149‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAg < 8:63148/149‑1 (MQ=255) gtggtACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCa > 8:41205/1‑149 (MQ=255) tACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCg < 1:36851/149‑1 (MQ=255) ccGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTATGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGA‑CCGGCTGCAATCGAc < 4:77401/149‑1 (MQ=37) ggTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAACCCGGCTGCATAGCGCAGCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCAAAACGGCCAGCTTTGGTACGATTGCACCGGGTCCCGA‑CAGGCAGAATTGGAcc > 6:59861/1‑148 (MQ=255) ggTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGAccc < 8:86282/149‑1 (MQ=255) ccgggTCAGGGGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGTCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGTTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCtt < 8:250232/146‑1 (MQ=255) ggTGAGGCGTTTGCGGTTAGGGACGGCCCCCGCAAACGGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTcg < 4:232602/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGAATGCGGCCTGTCGTGA‑CCGGCTGCAATCGACCCAAAGCTGcccgtga < 5:108817/149‑6 (MQ=25) aGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCgg > 5:194986/1‑148 (MQ=255) aGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGa < 8:201489/149‑1 (MQ=255) cGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGa < 5:212834/149‑1 (MQ=255) gCGGTAAGGGACGG‑CCCCCCAAACCCGCTTCATACCGCATCCA‑CGGTTTGAGGGTAGCCCGCCACCCATCACGGGCACCATTGGGTACATTGCAGCCGGGCACGA‑ACGGGCCCATTTGCACAATATCTAGCTTAGTCGGAAGACAGTc > 8:249127/1‑148 (MQ=255) gatcaccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGATCAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTgg < 1:241709/144‑1 (MQ=255) cccccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGAc > 4:251641/1‑149 (MQ=255) ccccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGAcc < 1:261723/149‑1 (MQ=255) ccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCAGGGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTc > 1:179474/1‑102 (MQ=255) ccccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTc < 2:179474/101‑1 (MQ=255) cccAAACCGGCTGCATAGCGGCTCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCGGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTGGATTGCGGGCGGTGCCGA‑CAGGCGGCGTTCGGCCCATAGGTGCCGGTCGCGGAAGCCAGTCCAACTCCCTGGGagggcg > 2:241709/1‑144 (MQ=255) ccAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCctc > 2:120178/1‑148 (MQ=255) aaaCCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTcg < 7:191679/116‑1 (MQ=255) aaaCCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTcg > 8:191679/1‑116 (MQ=255) ggCTGCATAGCGCAACCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAgg > 2:40911/1‑149 (MQ=255) aTAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTgg < 7:41205/149‑1 (MQ=255) gcATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGAttt < 6:194986/149‑1 (MQ=255) cATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTg < 5:59861/149‑1 (MQ=255) cATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTg < 1:120178/149‑1 (MQ=255) cATCCA‑GGGGTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTg < 2:260086/149‑1 (MQ=255) ccA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGa > 1:158188/1‑149 (MQ=255) ggTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg < 6:147154/143‑1 (MQ=255) ggTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTgg > 5:147154/1‑143 (MQ=255) ttGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAgg > 2:149796/1‑147 (MQ=255) aGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATg < 3:251641/148‑1 (MQ=255) ccgccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGCCCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCTCTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTGGGGATAGGAAGCCTATTGGAg > 4:206700/1‑149 (MQ=255) ccgccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGc > 3:223844/1‑140 (MQ=255) ccgccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGc < 4:223844/140‑1 (MQ=255) ccgccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAg > 2:101382/1‑149 (MQ=255) gccCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGcc > 4:216095/1‑149 (MQ=255) ccccccccATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTAGACCCATAGCTGCCTATCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCATCTAACGAGGCACAGGGATATGGGATAGGAAGCCTAATCGAGc > 8:186067/2‑148 (MQ=255) gCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATgg < 7:190679/130‑1 (MQ=255) gCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATgg > 8:190679/1‑130 (MQ=255) gTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCg > 6:196107/1‑148 (MQ=255) ttGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAg > 4:86527/1‑130 (MQ=255) ttGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAg < 3:86527/130‑1 (MQ=255) ttGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCa < 1:149796/149‑1 (MQ=255) | TACCATCAGCTGTCGACAGCTGGTGGTACCGGTTGACCGTAACCGGTCAGGCGTTTGCGGTAAGGGACGGCCCCCCCAAACCGGCTGCATAGCGCATCCA‑GGGTTGGTGGTTAGCCGCCCCCCCATCACGGGCAGCTTTGGGTCGATTGCAGCCGGTCACGA‑CAGGCCGCATTCGACCCATAGCTGCCTTTCGCGGAAGACAGTCAAACTCACTGGGACCCTCTAACGAGGCACTGGGATTTGGGATAGGAAGCCTAATGGAGCCTCGGGGTGAAGGCCTTCGTCACCGAAATCA > NC_002947/2171646‑2171940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |