Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,231,006 | A→T | 7.5% | I75F (ATC→TTC) | PP_1969 → | molybdenum cofactor biosynthesis protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,231,006 | 0 | A | T | 7.5% | 153.9 / 3.6 | 53 | I75F (ATC→TTC) | PP_1969 | molybdenum cofactor biosynthesis protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
CCTGCGCGTCAGCCTGACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGCCGCAACTGCAGGC > NC_002947/2230864‑2231154 | ccTGCGCGTCAGCCTGACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGATGCCGGCGGCTTCGatc < 4:212571/149‑3 (MQ=255) ccTGCGCGTCAGCCTGACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGATGCCGGCGGCTTCGat > 3:212571/1‑147 (MQ=255) ccTGCGCGTCAGCCTGACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAgc < 8:52432/149‑1 (MQ=255) ccTGACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTa < 8:219696/149‑1 (MQ=255) gACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTg > 3:7085/1‑149 (MQ=255) tgcctgcAACTACGCCTGTACCTACTGCGGTACTTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGt > 1:23126/1‑149 (MQ=255) tACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGt > 4:179399/1‑149 (MQ=255) ccTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGATGCCGGCGGCTTCGat < 6:203043/113‑2 (MQ=255) ccTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGATGCCGGCGGCTTCGat > 5:203043/1‑112 (MQ=255) cTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGcc < 2:261773/149‑1 (MQ=255) cTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGcc > 3:22185/1‑149 (MQ=255) gTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCg < 2:273573/129‑1 (MQ=255) gTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCg > 1:273573/1‑129 (MQ=255) tACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCcgc > 5:83351/1‑149 (MQ=255) aCTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCt > 2:119172/1‑148 (MQ=255) aCTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCt < 1:119172/148‑1 (MQ=255) cTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGc < 4:181311/113‑1 (MQ=255) aCGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTa < 4:135652/147‑1 (MQ=255) cGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTAt < 7:2994/147‑1 (MQ=255) cGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTAt > 8:2994/1‑147 (MQ=255) ggAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGc > 7:22283/1‑149 (MQ=255) aaaGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTg > 3:69483/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCAt > 3:19474/1‑79 (MQ=255) ggCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCAt < 4:19474/79‑1 (MQ=255) gCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGc > 2:293849/1‑100 (MQ=255) gCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGc < 1:293849/100‑1 (MQ=255) ggcggcGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAAc > 3:34312/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGa < 3:179399/149‑1 (MQ=255) gcAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGAcc > 8:285545/1‑149 (MQ=255) aGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCg < 5:262779/144‑1 (MQ=255) aGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCg > 6:262779/1‑144 (MQ=255) ggACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACAtt > 8:285242/1‑148 (MQ=255) cTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGt < 8:22283/149‑1 (MQ=255) tCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGtctc < 6:83351/149‑1 (MQ=255) ggcggATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCg < 4:34312/148‑1 (MQ=255) gcggATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCt < 4:22185/149‑1 (MQ=255) ggATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGa < 5:104243/149‑1 (MQ=255) ttGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCaa > 6:83665/1‑149 (MQ=255) gCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACg < 4:7085/148‑1 (MQ=255) cccGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGc < 3:78650/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCGTAGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGc > 1:310929/1‑148 (MQ=255) gcCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTTGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGgc < 4:69483/149‑1 (MQ=255) gcCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGgc > 5:35847/1‑149 (MQ=255) cTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGtt > 7:67143/1‑141 (MQ=255) cTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGtt < 8:67143/141‑1 (MQ=255) cTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGgcgcgc > 3:303347/1‑147 (MQ=255) cGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGTTTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATAACGTCTCGCTGACCTCCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGc > 2:27457/1‑149 (MQ=255) gAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGTTTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATAACGTCTCGCTGACCTCCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGc < 1:27457/148‑1 (MQ=255) gAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGcc < 7:285545/149‑1 (MQ=255) gAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGc < 2:23126/148‑1 (MQ=255) aGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGCCg > 7:233707/1‑148 (MQ=255) gccgccGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGCCGc > 6:216736/1‑148 (MQ=255) ggCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGCCGCAACTGCa < 4:303347/149‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGCCGCAACTGCAggc < 6:35847/149‑1 (MQ=255) | CCTGCGCGTCAGCCTGACGGCTGCCTGCAACTACGCCTGTACCTACTGC‑GTACCTGACGGAAAGCGGCTGGTGGCGGCGCAGGACGAGCTGTCGGCGGATGCCTTGGCCCGTGGCGTGGCCTACCTGATCGAAGCCGCCGGCATCGAGCGCCTGCGGATTACTGGCGGTGAGCCACTGGTCAGCCCGCGCCTGGATGCCTTTATGGCTGCCGTGGCCAAACTCGACCTTGATGACGTCTCGCTGACCACCAACGGCCAGTTGCTGGCGCGCAAGTTGCCGCAACTGCAGGC > NC_002947/2230864‑2231154 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |