Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,304,497 | C→G | 8.9% | L115L (CTG→CTC) | PP_2027 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,304,497 | 0 | C | G | 8.9% | 136.8 / 4.9 | 45 | L115L (CTG→CTC) | PP_2027 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/20); new base G (2/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
TGCTGTCGTCGTACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGTTTCGCCGTCCAGGGTGTGCAGGCTGTTCAGCTGTCGCGTG > NC_002947/2304352‑2304644 | tgctgTCGTCGTACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGAGTTGTACTGGAGGTTGGAATCGGACTGAAGAACTTGCatt > 4:115054/1‑147 (MQ=255) tgTCGTCGTACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTc > 8:282429/1‑148 (MQ=255) gtcgtcGTACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGa < 3:255839/149‑1 (MQ=255) tcgtACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑Gc < 5:129504/149‑1 (MQ=255) gagtAAAGCTCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCTGGACTGCTTCTGCCTGGCCATAGACGTCGTGTGTGTCTATGGTGTCTTCGAGGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCTGTTGGCATCGTACTGCAGAACTTGCAGTTCGCTG‑Gc < 6:250466/147‑1 (MQ=255) tACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTg > 7:26904/1‑149 (MQ=255) tACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTg < 8:26904/149‑1 (MQ=255) cTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCCCGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGc < 5:283445/149‑1 (MQ=255) ccGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGAc > 4:233719/1‑149 (MQ=255) gAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTg < 2:27505/149‑1 (MQ=255) gggcAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCgg < 6:157316/146‑1 (MQ=255) ggTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCgg < 3:233719/149‑1 (MQ=255) aGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGGAGCTCGGGGAt > 8:199244/1‑149 (MQ=255) gCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTgg > 6:184257/1‑116 (MQ=255) gCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTgg < 5:184257/116‑1 (MQ=255) gCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATg > 2:65085/1‑149 (MQ=255) gggCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATGCGCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAgg < 1:65085/147‑1 (MQ=255) gggCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTgg > 3:134529/1‑119 (MQ=255) gggCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTgg > 3:129756/1‑119 (MQ=255) gggCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTgg < 4:129756/119‑1 (MQ=255) gggCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTgg < 4:134529/119‑1 (MQ=255) gCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCgg > 6:225835/1‑133 (MQ=255) gCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCgg < 5:225835/133‑1 (MQ=255) gACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTg > 5:260421/1‑149 (MQ=255) aCGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTgg < 7:282429/149‑1 (MQ=255) gtcgtGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGgca > 7:147622/1‑149 (MQ=255) ggCTGTCGAGGGTGGCTTCAATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAgg > 3:235581/1‑149 (MQ=255) tGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGGAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGt > 3:57286/1‑148 (MQ=255) tGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGt > 1:262796/1‑148 (MQ=255) ggTGGCTTCAATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATcc < 4:235581/149‑1 (MQ=255) cTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCgg < 8:147622/149‑1 (MQ=255) gATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGAACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGc > 5:97492/1‑149 (MQ=255) aTGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCt > 7:156049/1‑149 (MQ=255) tACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCAc < 5:43181/149‑1 (MQ=255) gAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGtt > 7:21101/1‑149 (MQ=255) 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cagcaCTTGGAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGTTTCGCCGTCCAGGGTGTGCAGGCTGTTCAGc < 4:57286/148‑1 (MQ=255) ttGGAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGTTTCGCCGTCCAgg > 3:91717/1‑124 (MQ=255) ttGGAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGTTTCGCCGTCCAgg < 4:91717/124‑1 (MQ=255) gCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGTTTCGCCGTCCAGGGTGTGCAGGCTGTTCAGCTGTCGCGTg > 7:300260/1‑149 (MQ=255) | TGCTGTCGTCGTACAGCGCTACCGAGTGGTAGATGCGCAGGGTCAGCACGGCTTGGGCCTGGACATAGACGTCGTGGCTGTCGAGGGTGGCTTCGATGAATACCTGAGCGTTGTCCTGGCGGTTGGCATCGGCCTGCAGCACTTGCAGTTCGATG‑GCCTGGCTGTGCGACTGGCCCAGCCGCAGCTCGGGGATGCGCAGGGTACCGCTGCGCCGTGGCAGCAGGGTAATGATCCAGCGGGTGCTGGCACGGGTTTCGCCGTCCAGGGTGTGCAGGCTGTTCAGCTGTCGCGTG > NC_002947/2304352‑2304644 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |