Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,332,948 | C→G | 9.3% | A110G (GCC→GGC) | PP_2050 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,332,948 | 0 | C | G | 9.3% | 122.8 / 4.7 | 43 | A110G (GCC→GGC) | PP_2050 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/19); new base G (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
GCGCTGGTGGTCAGCTCCGCCTGCGACTACCAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGATCGTCGCCACTG > NC_002947/2332800‑2333096 | gcgcTGGTGGTCAGCTCCGCCTGCGACTACCAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGc < 6:185569/149‑1 (MQ=255) gCTCCTCCTGCTAGTACCAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGTCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTc < 4:160712/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCGACTACCAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGt < 6:56435/147‑1 (MQ=255) gCCTGCGACTACCAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCa < 7:285856/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATtcgtc > 6:131258/1‑148 (MQ=255) gCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGggcg > 5:178313/1‑149 (MQ=255) gCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGggcg > 6:282721/1‑149 (MQ=255) gCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGggc < 5:131258/148‑1 (MQ=255) ccTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGggcgg > 3:299553/1‑149 (MQ=255) tCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGt > 2:4260/1‑149 (MQ=255) aTGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTccggtg > 5:52596/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATgtgt > 4:236817/1‑149 (MQ=255) cGGTTGGGCAACACGTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGtt < 1:4260/149‑1 (MQ=255) ggTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTg < 6:178313/149‑1 (MQ=255) gTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGa < 6:52596/149‑1 (MQ=255) gTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGa < 5:282721/149‑1 (MQ=255) ggCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCg > 8:103404/1‑148 (MQ=255) aaCAGCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTGTCCGGCCAGCCTCTGGCCTGTGCGACCGGCCGCTTCTTCCATCTCTTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACt < 4:252366/149‑1 (MQ=255) aCTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATcc > 7:139325/1‑149 (MQ=255) cTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCct > 8:97919/1‑149 (MQ=255) tATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCctc > 4:282073/1‑149 (MQ=255) tctcCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGa < 1:311/133‑1 (MQ=255) tctcCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGa > 2:311/1‑133 (MQ=255) tctcCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATg > 1:235288/1‑148 (MQ=255) tctcCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATg > 3:138007/1‑148 (MQ=255) cGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCcatcat < 5:253302/143‑1 (MQ=255) cGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCcatcat > 6:253302/1‑143 (MQ=255) cGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGaaa < 4:299553/147‑1 (MQ=255) agccaCTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCg < 7:97919/149‑1 (MQ=255) gatttcggCCGGTGGCACAGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGCCCAGCCATCATGAAAGATGCCGt < 7:199204/143‑1 (MQ=255) ccaCTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGt > 3:228392/1‑148 (MQ=255) caCTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCcatcat < 5:78254/135‑1 (MQ=255) caCTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCcatcat > 6:78254/1‑135 (MQ=255) aCTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCt > 1:123599/1‑81 (MQ=255) aCTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCt < 2:123599/81‑1 (MQ=255) gcggCCGGTGGCACAGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTACAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGAtc > 3:146067/3‑149 (MQ=255) cTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGAtc < 3:236817/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTGGCACAGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGGACAGCCATCATGAAAGATGCCGt > 8:199204/1‑143 (MQ=255) gCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGAtcgt < 7:103404/148‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCACAGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGAtcgtc < 3:284303/149‑1 (MQ=255) cTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGATCGTCGc > 6:312818/1‑149 (MQ=255) gtgCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGAtcg > 7:204324/1‑143 (MQ=255) gtgCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGAtcg < 8:204324/143‑1 (MQ=255) tgCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGATCGTCGCCa < 2:235288/148‑1 (MQ=255) ccACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGATCGTCGCCACTg > 5:32340/1‑149 (MQ=255) ccACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGATCGTCGCCACTg > 5:183874/1‑149 (MQ=255) | GCGCTGGTGGTCAGCTCCGCCTGCGACTACCAGGCGCCGGTGGCCTTCCCGCATGACATCGAAGTGGGCCTTGCGGTGAGCCGGTTGGGCAACACCTCGGTGCACTATCAGTTGGCGGTGTTCCTCTCCGGCCAGCCACTGGCCTGTGCCACCGGCCGCTTCGTCCATGTATTCGTCGACCGCGAAGGGCGGCGTCCGGTGCCGGTGCCTGACTGCCTACGGCATGTGTTGAGCGAACTGCAGCCCCTATCCTCTGAGGAACAGCCATCATGAAAGATGCCGTGATCGTCGCCACTG > NC_002947/2332800‑2333096 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |