Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,387,191 | C→G | 12.1% | intergenic (‑88/‑50) | PP_2094 ← / → pyrD | nitrate‑binding protein NasS/dihydroorotate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,387,191 | 0 | C | G | 12.1% | 83.1 / 4.7 | 33 | intergenic (‑88/‑50) | PP_2094/pyrD | nitrate‑binding protein NasS/dihydroorotate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/17); new base G (2/2); total (14/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 |
CGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGG > NC_002947/2387055‑2387334 | cGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcag < 7:31214/149‑3 (MQ=255) ccGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATc < 6:162303/149‑1 (MQ=255) gTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGc < 5:119685/149‑1 (MQ=255) aCCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcagga < 6:183457/140‑5 (MQ=255) aCCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCGCGGGGCTGGcagga > 5:183457/1‑136 (MQ=255) cccAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCct > 1:89535/1‑149 (MQ=255) caggccaggGGCGTTGCTCGGTGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTTGGCTGAACGGTTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGATGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCctca < 5:186449/149‑1 (MQ=255) aggccaggGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCctcac < 5:285927/149‑1 (MQ=255) cTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCACCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTg < 8:190273/149‑1 (MQ=255) 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CGCTGCCGTTGACCCAGGCCAGGGGCGTTGCTCGGGGTACAGTGTTCACAAGAGTCCTCGCCCTTACTGATAAGGCTGTGGGCTGAACGGGTGCAACCGATGTGCCAAGCGCTCCACGATTTGCTGTCCTGCCAGCCCCGCGCTGGCTATAATCGCCCCCTCACTCACCCTGAGCCTTGCCCGCCCATGTATACCCTGGCCCGCCAGCTGCTGTTCAAGCTTTCCCCGGAAACTTCCCACGACCTGTCCCTGGACCTGATCGGCGCCGGTGGCCGTTTGG > NC_002947/2387055‑2387334 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |