Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,418,565 | C→A | 9.3% | R534S (CGT→AGT) | PP_2119 → | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,418,565 | 0 | C | A | 9.3% | 123.1 / 4.0 | 43 | R534S (CGT→AGT) | PP_2119 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/21); new base A (2/2); total (20/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
TCCGGCGGGCAACGCCAGCGCCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAGTTGATTGAGGACAGCCCGTTGTATGCGCGGCTGGCAGCGCTG > NC_002947/2418421‑2418711 | tCCGGCGGGCAACGCCAGCGCCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTa < 5:293253/148‑1 (MQ=255) ggCAACGCCAGCGCCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTg < 1:92292/149‑1 (MQ=255) cAACGCCAGCTCCTGGCGTTTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGTTGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGACACAAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTTATCTTGCAAGCTCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGt < 6:148386/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGc < 3:1558/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGcc > 7:77259/1‑148 (MQ=255) cgcCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCTAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCa < 4:289850/149‑1 (MQ=255) gCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGcc < 5:324599/148‑1 (MQ=255) gATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAgc < 8:16981/148‑1 (MQ=255) gcCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGa > 3:191925/1‑141 (MQ=255) gcCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGa < 4:191925/141‑1 (MQ=255) ccGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCAACGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATcgc > 3:1542/1‑149 (MQ=255) cGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCGGCCTGATGGCCGGCCGAACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATcgcg < 8:120354/149‑1 (MQ=255) cGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATcgcg < 2:309307/149‑1 (MQ=255) cGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGCGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATcgcg > 3:193376/1‑149 (MQ=255) gATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCAGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCAc < 8:203584/123‑1 (MQ=255) gATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCAGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCAc > 7:203584/1‑123 (MQ=255) gATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCAGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCAc > 7:207364/1‑123 (MQ=255) gATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCAGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCAc < 8:207364/123‑1 (MQ=255) tGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATc > 4:219779/1‑149 (MQ=255) gACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAg < 5:261032/147‑1 (MQ=255) ccaccaGTGCCCTAGATGCAGAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCtg > 6:23474/1‑149 (MQ=255) accaGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCt < 5:63795/95‑1 (MQ=255) accaGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCt > 6:63795/1‑95 (MQ=255) ccaGTGCCCTTGATGCACAAAGCGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCtggtg < 4:193376/149‑1 (MQ=255) tGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGCGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCgg > 4:253258/1‑149 (MQ=255) gCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGt < 7:203622/149‑1 (MQ=255) cccTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACGACGCTGGTGATCGCCCATCTCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCTGt < 7:203623/148‑1 (MQ=255) ccTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTgg > 2:269615/1‑149 (MQ=255) cTTGATGCACAAAGTGAATACTTGACCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTggg < 5:8228/149‑1 (MQ=255) tGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGca > 6:260721/1‑149 (MQ=255) aaaGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGGACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGt < 5:23474/149‑1 (MQ=255) aGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGt > 6:74240/1‑147 (MQ=255) aGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCa < 5:260721/149‑1 (MQ=255) gTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAg > 7:270072/1‑149 (MQ=255) tACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAGttgat > 2:203294/1‑149 (MQ=255) ttGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTAATCCACCAGGGCCGGCTGGTGGCCGTGGGCACCCACCGTCAGatgatt > 8:297858/1‑147 (MQ=255) ccAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAGTTGATTGAGGa > 4:217004/1‑147 (MQ=255) 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ggccggccGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAGTTGATTGAGGACAGCCCGTTGTATGCGCGGCTGGCAg > 2:90702/1‑149 (MQ=255) gccgTACGACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAGTTGATTGAGGACAGCCCGTTGTATGCGCGGCTGGCAGCGCTg < 4:1542/149‑1 (MQ=255) | TCCGGCGGGCAACGCCAGCGCCTGGCGATTGCCCGGGCCTTGCTGGTCGATGCGCCGATCCTGTTGCTGGACGAAGCCACCAGTGCCCTTGATGCACAAAGTGAATACTTGATCCAGCAAGCGCTGCCCAGCCTGATGGCCGGCCGTACCACGCTGGTGATCGCCCATCGCCTGGCCACGGTACAGCATGCCGAGCGCATCGCGGTCATCGACCAGGGCCGGCTGGTGGCGGTGGGCACCCACCGTCAGTTGATTGAGGACAGCCCGTTGTATGCGCGGCTGGCAGCGCTG > NC_002947/2418421‑2418711 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |