| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 297,803 | C→T | 6.6% | E67E (GAG→GAA) | gshA ← | glutamate‑‑cysteine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 297,803 | 0 | C | T | 6.6% | 179.1 / 2.5 | 60 | E67E (GAG→GAA) | gshA | glutamate‑‑cysteine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/25); new base T (2/2); total (33/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
GATCGGGATATCCTCCTCGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGTGCAGGCACTGCTT > NC_002947/297656‑297946 | gATCGGGATATCCTCCTCGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACt > 7:264984/1‑149 (MQ=255) gATATCCTCCTCGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCcag > 2:308613/1‑147 (MQ=255) cctcctCGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGAc > 3:190071/1‑149 (MQ=255) ctcctcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACt > 8:241579/1‑149 (MQ=255) tcctcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAATTCCAGCAGCGACTc > 2:309893/1‑149 (MQ=255) tcctcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAATTCCAGCAGCGACTc > 2:234876/1‑149 (MQ=255) tcctcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTc > 5:22085/1‑149 (MQ=255) ctcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCg < 2:101569/148‑1 (MQ=255) tcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCg > 4:10135/1‑147 (MQ=255) tcGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCg < 3:10135/147‑1 (MQ=255) ggccggcAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGaa > 5:58979/1‑148 (MQ=255) ggccggcAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGaa < 7:241579/148‑1 (MQ=255) cGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCggtgg < 6:37477/149‑1 (MQ=255) gCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGa > 7:283061/1‑149 (MQ=255) cACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGACGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGAt < 6:167172/149‑1 (MQ=255) aCGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATc < 1:5551/149‑1 (MQ=255) ggCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTg < 8:110194/149‑1 (MQ=255) gACGGGCTCCACAGGTATTCGGCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGtt < 8:297978/149‑1 (MQ=255) gggCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCcagca > 4:229985/1‑112 (MQ=255) gggCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCcagca < 3:229985/112‑1 (MQ=255) cacaGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTAGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAg‑cgc > 2:171577/1‑149 (MQ=255) acaGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCcagca > 4:42099/1‑105 (MQ=255) acaGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGcc < 6:58979/149‑1 (MQ=255) tagtcgtcgCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCCAGAACCTTGTCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGTAATAATCGTTGTTCATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATcc < 7:199541/146‑1 (MQ=255) ttCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAATTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCa < 1:234876/149‑1 (MQ=255) ttCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAATTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCa < 1:309893/149‑1 (MQ=255) ttCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATcc > 1:213110/1‑147 (MQ=255) cgtcgCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAg < 8:264984/148‑1 (MQ=255) gCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCtt > 6:42826/1‑149 (MQ=255) tGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAg‑cg < 3:78459/123‑1 (MQ=255) tGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAg‑cg > 4:78459/1‑123 (MQ=255) tAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGt < 4:190071/149‑1 (MQ=255) gACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑TGCCGATCCCAGTGCTACCGGATGCGGGGTCt > 4:300650/1‑149 (MQ=255) cGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTgg > 7:70706/1‑149 (MQ=255) ggTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAgg > 3:151081/1‑149 (MQ=255) ggTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAgg > 6:251275/1‑149 (MQ=255) tGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAGCCGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCgg < 1:4141/135‑1 (MQ=255) tGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCgg > 2:4141/1‑134 (MQ=255) tGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTgg < 1:229745/141‑1 (MQ=255) tGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTgg > 2:229745/1‑141 (MQ=255) ctTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGTGACCTTCa > 3:136667/1‑149 (MQ=255) gAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATcag > 8:85580/1‑147 (MQ=255) tttCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCAt > 4:225599/1‑141 (MQ=255) tttCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCAt < 3:225599/141‑1 (MQ=255) tttCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCAcg > 7:22461/1‑149 (MQ=255) gCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAgg > 1:35183/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCAt > 1:130202/1‑149 (MQ=255) ggCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTc < 8:70706/147‑1 (MQ=255) gCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCAGTCACGCGCAGGCATTcgcg < 7:85580/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATa < 8:283061/148‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATAcc > 7:150829/1‑149 (MQ=255) cAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGt < 1:122655/149‑1 (MQ=255) cAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGt < 5:251275/149‑1 (MQ=255) ggTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGTGCAGGCACt > 1:44748/1‑149 (MQ=255) gTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGTGCAGGCACTg > 1:429/1‑149 (MQ=255) atgaACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGTGCAGGCACTGCtt < 4:151081/149‑1 (MQ=255) aCTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAg > 3:241308/1‑88 (MQ=255) aCTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAg < 4:241308/88‑1 (MQ=255) aCTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATAcc < 3:275624/130‑1 (MQ=255) aCTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATAcc > 4:275624/1‑130 (MQ=255) | GATCGGGATATCCTCCTCGGCCGGCAGCGTGCACGGCATCGACGGGCTCCACAGGTATTCGTCGCCCAGCTTGCTGTAGACGAAACGGTGGGTCTCTTCGAGGCTTTCGAGCACCTTGGCCGGGTCGGCCAGCGCTGGGGTGATGAACTCCAGCAGCGACTCGGAATAATCGGTGGTGATCTGCTCGTTGGTCAG‑CGCCGATCCCAGTGCTTCCGGATGCGGGGTCTGGGCCAGGCGACCTTCATCGGTCACGCGCAGGCATTCGCGCTCAATACCGTGCAGGCACTGCTT > NC_002947/297656‑297946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |