| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,568,696 | T→G | 10.3% | E284D (GAA→GAC) | PP_2252 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,568,696 | 0 | T | G | 10.3% | 106.4 / 5.1 | 39 | E284D (GAA→GAC) | PP_2252 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/15); new base G (2/2); total (22/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
CCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTT > NC_002947/2568554‑2568839 | cgggCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACATGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGTTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGAcc < 7:273976/147‑1 (MQ=255) cGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCa > 7:16396/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACaa > 3:48209/1‑148 (MQ=255) ggcgCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCgg < 4:48209/149‑1 (MQ=255) tGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCa > 6:177478/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCa < 7:277321/147‑1 (MQ=255) aGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATgg < 5:177478/149‑1 (MQ=255) cTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTGCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGtcatca > 6:291221/1‑149 (MQ=255) tCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCAc > 2:312144/1‑149 (MQ=255) tCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCAc > 2:5459/1‑149 (MQ=255) tCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCgg > 4:182299/1‑125 (MQ=255) tCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCgg < 3:182299/125‑1 (MQ=255) ccccGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAAc < 3:127374/149‑1 (MQ=255) aGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGc < 3:285412/149‑1 (MQ=255) ggTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCg < 8:16396/149‑1 (MQ=255) gTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCgg > 2:211796/1‑149 (MQ=255) ccccGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGGTTAAGGATCACCCGAAGTTGTTCGCCCAACTGCGGTTGGGCACGGGCATGGTGCATCCCCCCTTACCCGGGTGCGCCatacga > 1:90251/1‑143 (MQ=255) tGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACg > 1:15870/1‑100 (MQ=255) tGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACg < 2:15870/100‑1 (MQ=255) tGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGcc > 8:116482/1‑149 (MQ=255) ccccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTCGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGATGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACAGTCATGGGTCATCACCCCGAAACCGGCTGAGGCAATCGAAATCATCGCCCCt > 4:20312/1‑149 (MQ=255) tctGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCAcc > 5:119476/1‑149 (MQ=255) cATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGcc > 2:85002/1‑148 (MQ=255) tCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGAt < 1:211796/149‑1 (MQ=255) ccATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGc < 1:85002/147‑1 (MQ=255) ttacTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCATGCAACCTTGCCCACTGCCGAt > 3:54933/4‑136 (MQ=255) ttCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCTCAGTTGTTCGAGCATCTGCGGTTGGTCACGGTCATTGGTCATCACCCCGTAACCTGATGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCGGAt < 4:54933/136‑1 (MQ=255) ccTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCACTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGc > 7:62429/1‑148 (MQ=255) cTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGa > 1:169558/1‑149 (MQ=255) tGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGc < 6:235877/113‑1 (MQ=255) ttCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATccc < 7:116482/149‑1 (MQ=255) gCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTgg < 2:169558/149‑1 (MQ=255) gTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGc > 7:115397/1‑147 (MQ=255) tCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTCCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAgg > 7:125638/1‑149 (MQ=255) cAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGGGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAgg < 2:90251/148‑1 (MQ=255) gATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTgg > 6:302046/1‑149 (MQ=255) ccGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAatcatc > 6:205846/1‑79 (MQ=255) ccGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAatcatc < 5:205846/79‑1 (MQ=255) aGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCtt > 4:94881/1‑149 (MQ=255) | CCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCAC‑GTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTT > NC_002947/2568554‑2568839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |