| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,692,749 | G→A | 11.1% | G125S (GGT→AGT) | PP_2360 → | type I pili subunit CsuA/B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,692,749 | 0 | G | A | 11.1% | 94.4 / 3.3 | 36 | G125S (GGT→AGT) | PP_2360 | type I pili subunit CsuA/B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/15); new base A (2/2); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
GTGCACGCCTGGCGTGGCCATGAGCATGAGCCTGGACGGCGGGCAAAACAGTGCCAGTGGCACACGCAACCTGAAGCGCACCAGTGGCACGCAAGTGCTGGCCTACCAGTTGTACCGGGACGCCGCCTATAGCCAGGCCTTGGGGATCGGTCAGAGCGTGGCGGTGAGCTATTCCGACCCGACGGCGATCAAGCTACCGGTGTACGGGCGGGTTCAGCTGACCGGCACGCAGCCGGCAGGGACCTACACCGATGTGGTGCAAGTGACGGTGACCTGGTAACGGCCAGCGCCACCCAT > NC_002947/2692601‑2692897 | gTGCACGCCTGGCGTGGCCATGAGGATGAGCCTGGACGGCGGGCAAAACTGTGCCAGTGGCACACGCAACCTGAAGCGCACCAGTGGCACGCAAGTGCGGGCCTACCAGTTGTACCGGGACGCCGCCTATAGCCAGGCCTTGGGGATCg < 7:208882/149‑1 (MQ=255) gCCTGGCGTGGCCATGAGCATGAGCCTGGACGGCGGGCAAAACAGTGCCAGTGGCACACGCAACCTGAAGCGCACCAGTGGCACGCAAGTGCTGGCCTACCAGTTGTACCGGGACGCCGCCTATAGCCAGGCCTTGGGGATCGGTCaga < 4:31278/149‑1 (MQ=255) atgagcatgagcCTGGACGGCGGGCAAAACAGTGCCAGTGGCACACGCAACCTGAAGCGCACCAGTGGCACGCAAGTGCTGGCCTACCAGTTGTACCGGGACGCCGCCTATAGCCAGGCCTTGGGGATCGGTCAGAGCGTGGCGGTGAg < 3:199421/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |