Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,822,898 | G→C | 9.3% | A157A (GCG→GCC) | curA → | NADPH‑dependent curcumin/dihydrocurcumin reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,822,898 | 0 | G | C | 9.3% | 156.4 / 7.7 | 54 | A157A (GCG→GCC) | curA | NADPH‑dependent curcumin/dihydrocurcumin reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/26); new base C (3/2); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 |
CGATGGAAGCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCGTGCGCCGGA > NC_002947/2822751‑2823044 | cGATGGAAGCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTggcggcgg > 6:213895/1‑149 (MQ=255) gATGGAAGCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACACTGGTGGTggcggcggc > 8:263517/1‑149 (MQ=255) aaGCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCg > 6:157235/1‑149 (MQ=255) aGCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCgg < 2:68183/149‑1 (MQ=255) gCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCggg > 8:213390/1‑149 (MQ=255) ccGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgc > 7:133232/1‑149 (MQ=255) cgcgTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgcg < 7:105790/149‑1 (MQ=255) cgcATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGc < 3:184615/149‑1 (MQ=255) 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tGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACtgtg < 5:66047/119‑1 (MQ=255) tGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACtgtg > 6:66047/1‑119 (MQ=255) gCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAccacca < 4:241296/99‑5 (MQ=255) gCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAccacca > 3:241296/1‑95 (MQ=255) tCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCTACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCAtg < 1:55951/144‑1 (MQ=255) tCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCAtg > 2:55951/1‑144 (MQ=255) tttGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCgg > 8:67868/1‑149 (MQ=255) tttGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAc > 7:265450/1‑89 (MQ=255) tttGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCCGCCGCCAc < 8:265450/89‑1 (MQ=255) tGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCgg < 7:13066/147‑1 (MQ=255) tGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgcgc > 5:272537/1‑97 (MQ=255) tGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGgcgc < 6:272537/97‑1 (MQ=255) tCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGACATGAGGGCGGTGTCGCCGGTGGcgcg > 4:83708/1‑149 (MQ=255) atGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCg > 1:162208/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGc < 7:213390/148‑1 (MQ=255) ttGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGc > 6:1199/1‑149 (MQ=255) cTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATAGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGt > 7:204597/1‑149 (MQ=255) gATATTTGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACACTGGTGGTGGCGGCGGACACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCAAGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGAgggc > 6:102383/1‑145 (MQ=255) 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gccggccgCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTg > 5:114706/1‑149 (MQ=255) cgCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCaa > 4:171984/1‑79 (MQ=255) aGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGAt < 6:114706/149‑1 (MQ=255) aGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGAt < 7:67868/149‑1 (MQ=255) gggTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCt < 7:263517/149‑1 (MQ=255) gTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGt < 4:60889/149‑1 (MQ=255) 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gtggtggCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCg > 8:248162/1‑149 (MQ=255) ccggtggCCGCCGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCg > 8:286581/3‑149 (MQ=255) ggcggcCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCGTGCGCCg > 2:94683/1‑148 (MQ=255) gcggcCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCGTGCGCCGGa < 8:204597/149‑1 (MQ=255) | CGATGGAAGCGATCTGACCGCGTTGGGTGAGTCGCCGGCGCATCCTTCTTATGCCTTGGGCATCTTTGGCATGCCGGGCTTCACCGCTTATATGGGCTTGCTCGATATTGGCCGGCCGCAGGCGGGTGAAACCCTGGTGGTGGCGGCGGCCACCGGGCCGGTCGGCGCGACTGTGGGGCAGATCGGCAAGATCAAGGGCTGCCATGTGGTCGGTGTCGCCGGTGGCGCGGAAAAATGCCGGCATGCGGTCGAGGTGCTGGGTTTTGATGCCTGTCTAGATCACCGTGCGCCGGA > NC_002947/2822751‑2823044 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |