Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,965,289 | C→T | 8.0% | M446I (ATG→ATA) | PP_2595 ← | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,965,289 | 0 | C | T | 8.0% | 143.1 / 2.4 | 50 | M446I (ATG→ATA) | PP_2595 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/20); new base T (2/2); total (28/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 |
CCACCAGCAGTACTGGTGCTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCGCGGGCCATTTGCCGCAC > NC_002947/2965144‑2965435 | ccaccaGCAGTACTGGTGCTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCAtg > 3:216205/1‑149 (MQ=255) tACTGGTGCTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCCGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCAGGCCATGTGCGCCGCtt > 1:134234/1‑149 (MQ=255) gTGCTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAg > 5:212489/1‑148 (MQ=255) cTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTgc > 8:53502/1‑134 (MQ=255) cTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTgc < 7:53502/134‑1 (MQ=255) gCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCg > 3:175934/1‑149 (MQ=255) ccTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCg < 4:175934/148‑1 (MQ=255) aTCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCGTCGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGc < 1:249013/147‑1 (MQ=255) aTCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTc > 8:155721/1‑149 (MQ=255) gggCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCTATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCg > 6:150620/1‑149 (MQ=255) gggCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCg > 1:191245/1‑149 (MQ=255) gCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCggg > 8:19239/1‑149 (MQ=255) aTGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCTGGttt < 4:216205/149‑1 (MQ=255) gTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGcc < 6:212489/149‑1 (MQ=255) gTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGc < 2:191245/148‑1 (MQ=255) acacGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTg < 6:241178/144‑1 (MQ=255) acacGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTg > 5:241178/1‑144 (MQ=255) acacGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTCTGTCCCAAGCCGGCTATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGa < 5:150620/148‑1 (MQ=255) acGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGTCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATAc > 2:19597/1‑149 (MQ=255) acGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTg < 2:89190/130‑1 (MQ=255) acGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTg > 1:89190/1‑130 (MQ=255) tGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCTATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGACATCGGGTTTGCCGATACGGAt > 8:89805/1‑149 (MQ=255) gCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCTATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGACATCGGGTTTGCCGATACGGAtg < 7:89805/148‑1 (MQ=255) gCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGAt < 7:155721/147‑1 (MQ=255) ccACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATAGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGc > 4:92860/1‑149 (MQ=255) cACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGc > 5:271936/1‑148 (MQ=255) cGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGAtg < 6:271936/149‑1 (MQ=255) tGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGAtg > 6:34963/1‑129 (MQ=255) tGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGAtg < 5:34963/129‑1 (MQ=255) gcgcACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTg > 2:27571/1‑148 (MQ=255) cgcACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTgg < 5:122894/148‑1 (MQ=255) caacaccTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCAGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGaa > 6:305558/4‑148 (MQ=255) cTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAg > 5:150036/1‑149 (MQ=255) aCGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTg < 1:27571/149‑1 (MQ=255) aCGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAg > 3:216216/1‑148 (MQ=255) aCGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAg > 6:248481/1‑148 (MQ=255) gAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTggt > 8:274001/1‑148 (MQ=255) ccccG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCgg > 2:290029/1‑102 (MQ=255) ccG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACtgt < 5:305558/149‑1 (MQ=255) cAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCa > 3:193142/1‑128 (MQ=255) cAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCa < 4:193142/128‑1 (MQ=255) gTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAgg < 4:216216/149‑1 (MQ=255) aGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGgc > 4:179613/1‑149 (MQ=255) tgtgtCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCTCgg < 5:121753/149‑1 (MQ=255) tgtgtCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCGCgg < 2:134234/149‑1 (MQ=255) tgtgtCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCGCgg < 5:121752/149‑1 (MQ=255) ccAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGa < 6:215306/60‑1 (MQ=255) ccAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGa > 5:215306/1‑60 (MQ=255) aaGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCGCGGGCCATTTg > 3:155215/1‑149 (MQ=255) gCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCGCGGGCCATTTGCCGCAc > 3:103906/1‑149 (MQ=255) | CCACCAGCAGTACTGGTGCTTGCCTGATCAGCGCACGGGCAATGGTCACACGCTGGCGTTCGCCACCGGAAAGCTGCGCACCACCTTCGCCCACGGACGTATCGAGGCCCCCG‑CGCAGCCGTTCGAGGGTGTGTCCCAAGCCGGCCATGTGCGCCGCTTGCAGTACCTCGGCGTCGCTGGCATCGGGTTTGCCGATACGGATGTTGTCGGCGATGCTGCCCTGGAACAGCCAGGTGTCCTGCAGTACTTGGCTGACTGTGTCGGTCAGGCTGGCGCGGGCCATTTGCCGCAC > NC_002947/2965144‑2965435 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |