Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,214,225 | C→T | 7.1% | A47V (GCC→GTC) | mexD → | multidrug RND transporter MexD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,214,225 | 0 | C | T | 7.1% | 161.9 / 2.3 | 56 | A47V (GCC→GTC) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/25); new base T (2/2); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 |
TCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGC > NC_002947/3214089‑3214371 | tCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCgg > 8:107773/1‑149 (MQ=255) tccatcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAg < 5:93249/149‑1 (MQ=255) tccatcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAg < 3:114703/149‑1 (MQ=255) catcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTTGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGATTCGGCCAAgg > 1:120796/1‑148 (MQ=255) ttCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggtg < 3:258040/144‑1 (MQ=255) ttCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggtg > 4:258040/1‑144 (MQ=255) ttCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTc > 5:130814/1‑149 (MQ=255) cTGGGTCGTGGCGTTGTTGATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCTATCCTTGCCCGTGGTCTAGTTACCTAACGTGGCGCCACCGGAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAATGTCAtggtg < 2:19105/139‑1 (MQ=255) cTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGACCGGTTTCCTGGTGATTCCATCCTTGCACGTGGCCCAGTACACCAACGTGCCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGATTAGGCCAAGTTCAtggtg > 1:19105/1‑139 (MQ=255) tGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGAc > 3:270550/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGGCGTGGTTCAGTTCACTGGCCCGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACACCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGAcc < 4:223021/148‑1 (MQ=255) tCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAg > 5:177682/1‑148 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCaa < 4:292740/113‑1 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCaa < 4:288138/113‑1 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCaa > 3:288138/1‑113 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa > 5:308220/1‑147 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACACCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCaa > 3:292740/1‑113 (MQ=255) tCATTTCACTGGCCGGTTTGGGTGGGATTCCATCCTTGCCCGTTGCACAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGTCGCTTCGGCCAAGGTCATTGTGGAGTCTGTGACCAGCATCATCGAACa < 4:268591/148‑1 (MQ=255) aCTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTc > 1:163951/1‑148 (MQ=255) gCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggtg < 2:209777/111‑1 (MQ=255) gCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggtg > 1:209777/1‑111 (MQ=255) gCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACgg > 7:111995/1‑149 (MQ=255) tGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCaa < 6:177682/148‑1 (MQ=255) gTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCct > 3:73912/1‑149 (MQ=255) tGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctg < 7:269930/149‑1 (MQ=255) tGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctg < 2:163951/149‑1 (MQ=255) ttCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctgctg < 5:287053/149‑1 (MQ=255) ttCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctgctg > 3:12785/1‑149 (MQ=255) ttCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctgctg < 4:73912/149‑1 (MQ=255) cATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGTCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAATGGCGCCAAGGGCCTGCTGtac > 4:103846/1‑149 (MQ=255) cATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACCTGGCGCCACCCCAGATCTCCATCACCGTCACCTACCCCGGCCCTTCGGCCAAGGACATGCTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAATCCCGCCAAGGGCCAGCTGta > 4:108378/1‑148 (MQ=255) tCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtacta > 3:180342/1‑149 (MQ=255) gCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGa < 1:141036/147‑1 (MQ=255) cccGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTc < 7:107773/149‑1 (MQ=255) cGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTcca < 8:111995/149‑1 (MQ=255) cccAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACcaa > 4:282449/1‑148 (MQ=255) aGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTccacc < 8:182203/143‑1 (MQ=255) aGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATAATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTccacc > 7:182203/1‑143 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCaa > 3:130532/1‑149 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCaa > 7:175113/1‑149 (MQ=255) ccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAAc < 6:308220/149‑1 (MQ=255) ccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAAc > 6:77559/1‑149 (MQ=255) gcCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGcc > 7:98986/1‑148 (MQ=255) cACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGaa < 5:77559/149‑1 (MQ=255) aCCGCAGATCTCCATCACCGTCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAATGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAg < 3:103846/149‑1 (MQ=255) aCCGCAGATCTCCATCACCGTCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAACGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTGGCTCAATGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAg < 3:108378/149‑1 (MQ=255) aCCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCaacaac > 1:12626/1‑130 (MQ=255) aCCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCaacaac < 2:12626/130‑1 (MQ=255) aCCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAg > 5:158411/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAg < 3:205627/149‑1 (MQ=255) aGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATg < 6:130814/149‑1 (MQ=255) tcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGAc > 8:163663/1‑149 (MQ=255) ccATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGt < 5:4784/130‑1 (MQ=255) ccATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGAcc > 6:254546/1‑149 (MQ=255) ccATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCCAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCAAACCGcct > 6:4784/1‑128 (MQ=255) cGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGc < 8:98986/149‑1 (MQ=255) | TCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGC > NC_002947/3214089‑3214371 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |