Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,229,093 | C→T | 8.5% | R184C (CGC→TGC) | PP_2829 → | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,229,093 | 0 | C | T | 8.5% | 130.8 / 2.4 | 48 | R184C (CGC→TGC) | PP_2829 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base T (2/2); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTGCTCCAACCAGTACTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCAT > NC_002947/3228953‑3229229 | gctgctCCAACCAGTACTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGTGGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTg < 1:238167/149‑1 (MQ=255) ggCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCAt < 1:133420/145‑1 (MQ=255) ggCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCAt > 2:133420/1‑145 (MQ=255) gCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGcgcg > 2:315852/1‑149 (MQ=255) cATGCCGATGACGTCCATCTTGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTTCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGt < 5:115566/149‑1 (MQ=255) gCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCt > 1:15958/1‑149 (MQ=255) gCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCt > 7:185196/1‑149 (MQ=255) gCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCt > 4:185885/1‑149 (MQ=255) cGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTg > 4:123007/1‑148 (MQ=255) gATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGa < 8:185196/149‑1 (MQ=255) tGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAgg > 6:51323/1‑149 (MQ=255) aCGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGca < 6:255739/149‑1 (MQ=255) gTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCg > 3:175548/1‑127 (MQ=255) gTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCg < 4:175548/127‑1 (MQ=255) cTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAAccc > 4:85200/1‑149 (MQ=255) tCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGAATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAAcccc > 1:236616/1‑149 (MQ=255) cgTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGGTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCACGAg < 5:247471/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGc < 5:73214/149‑1 (MQ=255) ggAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCAcg > 5:280394/1‑149 (MQ=255) gagtCGCTGCTAGCGGCGCTGTCCCTTGAAGGTGGTACCGCTTTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGGGCGGCGTGGCGAGTTCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGt < 5:295534/129‑1 (MQ=255) gagaCGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGt > 6:295534/1‑129 (MQ=255) tgctAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTgg < 4:98314/124‑1 (MQ=255) tgctAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTgg > 3:98314/1‑124 (MQ=255) tAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAg > 2:68975/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAgctgct < 2:15958/149‑1 (MQ=255) gcTGGCCCTTCACGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTgg < 5:8496/149‑1 (MQ=255) cTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTggg < 3:185885/149‑1 (MQ=255) tGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTggg > 1:294967/1‑148 (MQ=255) gCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGc > 2:238276/1‑111 (MQ=255) gCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGc < 1:238276/111‑1 (MQ=255) cTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCg > 3:211369/1‑115 (MQ=255) cTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCg < 4:211369/115‑1 (MQ=255) aGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCgg < 3:123007/149‑1 (MQ=255) tggtACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTaa < 2:294967/149‑1 (MQ=255) aCCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGTCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAACTGCTGCGTAGCGAGCCCGTAAGCct > 6:284817/1‑149 (MQ=255) ccGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCct < 1:9372/148‑1 (MQ=255) cGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCctgc < 3:85200/149‑1 (MQ=255) cGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCctgc > 1:186474/1‑149 (MQ=255) gCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGTGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCtt > 1:243466/1‑149 (MQ=255) gCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGTGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCtt > 1:247246/1‑149 (MQ=255) cccTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCAc > 1:273866/1‑93 (MQ=255) cccTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCAc < 2:273866/93‑1 (MQ=255) ccTGTTGCTGGCAAGGGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGc < 4:201248/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGTCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTg < 5:284817/148‑1 (MQ=255) gCTGGCAAGTGTTGTGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTggg < 2:247246/148‑1 (MQ=255) gCTGGCAAGTGTTGTGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTggg < 2:243466/148‑1 (MQ=255) tGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCAt > 4:163129/1‑149 (MQ=255) gCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCAt < 1:68975/147‑1 (MQ=255) | GCTGCTCCAACCAGTACTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCTTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCAT > NC_002947/3228953‑3229229 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |