Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,263,408 | A→T | 7.5% | V380E (GTG→GAG) | PP_2861 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,263,408 | 0 | A | T | 7.5% | 152.4 / 3.1 | 53 | V380E (GTG→GAG) | PP_2861 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
GGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCTGTTGTTGTGC > NC_002947/3263263‑3263553 | ggCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCAc < 3:68073/147‑1 (MQ=255) gCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTc < 4:129596/149‑1 (MQ=255) ccGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCCGCCTTGCTCGCAAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGATGCTCTGTACGGCAATGGAACGAATCACGTc > 4:149700/1‑148 (MQ=25) gCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATgcgc > 3:119820/1‑149 (MQ=255) aGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTg < 1:111090/148‑1 (MQ=255) aGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGAGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGc < 2:4991/149‑1 (MQ=255) aaCAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCtgtg > 3:138506/1‑149 (MQ=255) aCAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTgg > 4:229610/1‑149 (MQ=255) gTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTtgccg < 3:149700/149‑1 (MQ=255) gTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTggccg > 2:19020/1‑149 (MQ=255) aCCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAg < 4:119820/149‑1 (MQ=255) aCCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCAAGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCACGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGGCTGTTCGGCAATGGAAAGAATCACGTCCCGCACCCAGCCGCAGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAg > 2:99250/1‑149 (MQ=21) cTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGt > 3:255774/1‑149 (MQ=255) tcgtcgGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTc > 4:268883/1‑149 (MQ=255) gtcgGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTcgc < 4:255774/149‑1 (MQ=255) gcacGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCgg < 5:111735/146‑1 (MQ=255) ggCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCgg < 4:138506/148‑1 (MQ=255) gACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTa > 8:173230/1‑149 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCt > 8:135155/1‑149 (MQ=255) aaaGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACg > 6:171160/1‑148 (MQ=255) aaaGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACg < 5:171160/148‑1 (MQ=255) aaGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGAATACCTGTACGGc < 4:267120/149‑1 (MQ=255) ccccGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCt > 5:252090/1‑148 (MQ=255) cccGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGt < 8:54904/126‑1 (MQ=255) cccGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGt > 7:54904/1‑126 (MQ=255) ccGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCAt < 7:173230/149‑1 (MQ=255) gCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGa < 1:19020/149‑1 (MQ=255) cTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTc < 3:229610/148‑1 (MQ=255) cTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGACCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTc < 3:26044/148‑1 (MQ=255) gCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGGCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAg < 3:268883/147‑1 (MQ=255) cgccTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGa > 4:245205/1‑149 (MQ=255) gccTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGAt < 1:124222/149‑1 (MQ=255) gATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTgc < 7:135155/148‑1 (MQ=255) ggcggcATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTgcgc > 8:290499/1‑147 (MQ=255) aTTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCTCGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGAt < 7:168350/135‑1 (MQ=255) aTTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCTCGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGAt < 7:172871/135‑1 (MQ=255) aTTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCTCGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGAt > 8:172871/1‑135 (MQ=255) aTTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCTCGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGAt > 8:168350/1‑135 (MQ=255) aGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCAGGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTg < 5:202773/149‑1 (MQ=255) agGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCctg < 6:252090/149‑1 (MQ=255) ggtGGTCTGTTCGGCAATTGAACGAATCACGTCAAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCCGATTACCAGAACCGCCTCAAAGATCGTCACCGGCAGGCGGGCGATATGCACCAGGGTGCCGTGGATAGCcagct > 4:72935/3‑149 (MQ=255) gTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATc > 7:100938/1‑121 (MQ=255) gTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATc < 8:100938/121‑1 (MQ=255) ttCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCg > 2:230301/1‑149 (MQ=255) gtCGGCACTGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGCTGCGCGTGCTGTGGCCGGCCCGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGCCAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTg < 1:99250/146‑1 (MQ=255) ggCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCa > 7:243756/1‑149 (MQ=255) ggAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCtgtt > 6:26878/1‑149 (MQ=255) aaCGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCtgttg > 1:281343/1‑148 (MQ=255) aaCGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCtgttg < 2:281343/148‑1 (MQ=255) aaCGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCtg > 7:256797/1‑145 (MQ=255) aaCGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCtg < 8:256797/145‑1 (MQ=255) gAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCtgttgttgt > 4:88579/1‑149 (MQ=255) aTCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCTGTTGTTGTGc > 2:292395/1‑149 (MQ=255) | GGCCGTCGATTGTGCTGTACGCTGAGCCAACAGTCGCACCTCGTCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGGCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCCTCGATGGCGGCATTCAGCGCCAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCAATGGAACGAATCACGTCCAGCACGCCGCCGATGCGCGTGCTGTGGCCGGCCAGGTCGCGGATTACCTGTACGGCCTCATCGATGGTCAGCGACAGGCGGTCGATCTGCGCCAGGCTGCCGTGGATAGCCTGCTGGCCGTGCGTCACCTGTTGTTGTGC > NC_002947/3263263‑3263553 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |