Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,269,893 | A→C | 8.9% | I67S (ATC→AGC) | PP_2868 ← | Cro/CI family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,269,893 | 0 | A | C | 8.9% | 133.4 / 3.5 | 45 | I67S (ATC→AGC) | PP_2868 | Cro/CI family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/22); new base C (2/2); total (21/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
GGGTGAGCAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAG > NC_002947/3269750‑3270035 | gggTGAGCAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTg < 8:13486/149‑1 (MQ=255) aTCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGa > 2:62509/1‑149 (MQ=255) aTGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACgg < 6:144344/149‑1 (MQ=255) cATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGCTGTTCAACATCGccc > 4:256851/1‑134 (MQ=255) cATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGCTGTTCAACATCGccc < 3:256851/135‑2 (MQ=255) gTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATATCCTTTGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGGGAATAACCTCACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGgaga < 1:94536/148‑1 (MQ=255) gTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGt > 7:36047/1‑149 (MQ=255) gTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGt > 2:148751/1‑149 (MQ=255) aaTGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTg > 5:109244/1‑149 (MQ=255) cACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTgcgc < 8:222039/148‑1 (MQ=255) ggcggcTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAgctgg < 8:36047/149‑1 (MQ=255) cTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGAt < 6:109244/149‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATg > 7:110294/1‑147 (MQ=255) ttGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTa < 1:62509/149‑1 (MQ=255) gccgcACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCt > 7:129272/1‑149 (MQ=255) gccgcACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCt > 7:132051/1‑149 (MQ=255) gccgcACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCt > 8:281003/1‑149 (MQ=255) gcACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCg > 1:170866/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCa < 2:170866/148‑1 (MQ=255) cTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa > 4:123996/1‑141 (MQ=255) cTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa < 3:123996/141‑1 (MQ=255) gTCTTCGGGCGCGGGGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CTCTGTATGGTCACGCCCAGGCTGCTGGCGAGGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑ATGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGTCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACtgtgt < 8:110294/148‑1 (MQ=255) cTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCg > 2:141930/1‑149 (MQ=255) cGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCg < 8:132051/146‑1 (MQ=255) gggCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAgctggct > 8:18390/1‑114 (MQ=255) gggCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAgctggct < 7:18390/114‑1 (MQ=255) cgGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATTGTAACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTcc < 4:197970/149‑1 (MQ=255) cgGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCgg > 8:284239/1‑123 (MQ=255) cgGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCgg < 7:284239/123‑1 (MQ=255) tggCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAg < 1:148751/149‑1 (MQ=255) tggCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAg < 7:281003/149‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCa > 2:113024/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAAAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCa > 3:53053/1‑149 (MQ=255) ataaC‑‑CACTGGATTGGCACGCCCAGGCTGCGGGCGATTTTGAACAGCGCCGTGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGgcgc < 6:42206/147‑1 (MQ=255) c‑‑cACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCa < 7:125575/101‑1 (MQ=255) cTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTgcg > 2:192963/1‑147 (MQ=255) gATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGc > 1:291847/1‑149 (MQ=255) tCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGTCAGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCcgcg > 1:233259/1‑149 (MQ=255) cACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCcg > 7:113107/1‑145 (MQ=255) cACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCcg < 8:113107/145‑1 (MQ=255) cccAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCg < 2:233259/149‑1 (MQ=255) ccggCGCTGTTCAACATCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCg < 4:51816/138‑1 (MQ=255) ccggCGCTGTTCAACATCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCg > 3:51816/3‑140 (MQ=255) cGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAg < 2:291847/149‑1 (MQ=255) ggCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCaa < 4:282541/102‑1 (MQ=255) | GGGTGAGCAGTTGATCGACGATGCCATCTTCGTAATGCACGCTCAGGCGGCTGTTGCGCCGCACCACATAGCCTTGGTCTTCGGGCGCGGTGGTGGCCTCGCTGGCGAAGAAC‑‑CACTGGATGGTCACGCCCAGGCTGCGGGCGATGTTGAACAGCGCCGGGATCGACGGGT‑AGGAGAGGTTGCGCTCCAGCTGGCTGATGTAGCCTGCGGTCAGTTCACTGTGTGCGGCCAGCTCCGCCAAGGTCATGCCGCGGCGCTTGCGCAGGCCGCGGATGCGGGTGCCGAG > NC_002947/3269750‑3270035 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |