Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,484,520 | C→T | 8.7% | L468L (CTG→CTA) | PP_3091 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,484,520 | 0 | C | T | 8.7% | 129.7 / 2.9 | 46 | L468L (CTG→CTA) | PP_3091 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/17); new base T (2/2); total (27/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
AGGCCGCCACCCAACTGCAAGGGCACTCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATCAGGTCGCGGT > NC_002947/3484374‑3484668 | aGGCCGCCACCCAACTGCAAGGGCACTCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAg > 6:110938/1‑149 (MQ=255) gccACCCAACTGCAAGGGCACTCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGt > 4:2197/1‑149 (MQ=255) cAAGGGCACTCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTg < 2:280331/147‑1 (MQ=255) tCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCa > 6:71439/1‑131 (MQ=255) tCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCa < 5:71439/131‑1 (MQ=255) tCCCTGCACGCCATAGGCATTCACGTTCGCCATCTCCTCACGCAGCACTTCCAGCCCATTGCCTCCCGCCACCTCCTGCTCGCGGTCTGCTCCCTCTTCGATGTGCGCCAGAACCCACCACAGGCTCTCCAGCCACTGGCggaaatttg > 4:291825/1‑142 (MQ=255) gCGTTGGGCCTTGTCGTTGGCCATCTGGTCACGCTGCACTTCCAGGCCGTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑Ca < 3:291825/149‑1 (MQ=255) gCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGTAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTg > 6:215222/1‑149 (MQ=255) ccTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGc < 5:110938/149‑1 (MQ=255) ccATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGAGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAAc < 6:250435/149‑1 (MQ=255) cATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGTAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACa < 5:215222/149‑1 (MQ=255) cTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAAcc > 5:252118/1‑149 (MQ=255) tCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAAccc > 1:7037/1‑149 (MQ=255) aCGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCgg > 2:160941/1‑149 (MQ=255) gcagcaCTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTg > 5:7770/1‑149 (MQ=255) gcaCTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcg > 7:155889/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcggcgg > 6:287447/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGCCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcggcgg > 8:5249/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCCCTTGACTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGAGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcggcgg > 6:46334/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcggcggc < 1:160941/148‑1 (MQ=255) gCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGc < 3:2197/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGc > 2:274869/1‑149 (MQ=255) gCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGt < 8:155889/148‑1 (MQ=255) cTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAAc > 1:287219/1‑92 (MQ=255) cTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAAc < 2:287219/92‑1 (MQ=255) tGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTag > 1:147158/1‑147 (MQ=255) cAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGc > 8:240729/1‑149 (MQ=255) gctgctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcggcgg > 4:286729/1‑126 (MQ=255) gctgctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTggcggcgg < 3:286729/126‑1 (MQ=255) gctgctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGccc < 1:119290/134‑1 (MQ=255) gctgctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGccc > 2:119290/1‑134 (MQ=255) gctgctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCt > 4:86707/1‑148 (MQ=255) ctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCa > 8:156163/1‑131 (MQ=255) ctgctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCa < 7:156163/131‑1 (MQ=255) tgctCGCGGTGTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTTTTGGCGAACGACCCCGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAAc < 1:253136/149‑1 (MQ=255) ctCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCa < 2:7037/148‑1 (MQ=255) tGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGt > 6:20862/1‑114 (MQ=255) tGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGt < 5:20862/114‑1 (MQ=255) aTGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTg > 5:29196/1‑149 (MQ=255) aTGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTg > 7:269046/1‑149 (MQ=255) tgtgCGCCAGCTGCCCGCGTAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTgg > 6:260032/1‑149 (MQ=255) gCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATc < 1:274869/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGTAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATCa < 5:260032/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGACCGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGAGGGGTAAAGGAt > 4:28257/1‑147 (MQ=255) cTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATCa < 5:287447/149‑1 (MQ=255) cccGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATCAGGt > 6:6523/1‑149 (MQ=255) cAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATCAGGTCGCGGt < 7:240729/149‑1 (MQ=255) | AGGCCGCCACCCAACTGCAAGGGCACTCCCTGCAGGCGATGGGCCTTGACGTTGGCCATCTGCTCACGCAGCACTTCCAGGCCCTTGCCTGCGGCCAGCTGCTGCTCGCGGTCTGCTGCCTGTTCGATGTGCGCCAGCTGCCCGCGCAGGCTGTCCAGCCACTGGCGGTTATTGGCGAACGA‑‑CAGCGCTTGCCAACCGATGAACAGCAACCCGGTGGCGGCGGCCAGGCCCAGTAGCAGCGGGCTGAACGCAGCCTGGCGGCCCAGGCGCGACTGGTAAAGGATCAGGTCGCGGT > NC_002947/3484374‑3484668 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |