Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,526,480 | A→G | 8.9% | V106V (GTA→GTG) | PP_3117 → | DNA lesion error‑prone processing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,526,480 | 0 | A | G | 8.9% | 121.9 / 2.9 | 45 | V106V (GTA→GTG) | PP_3117 | DNA lesion error‑prone processing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/20); new base G (2/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
CCAACCCCGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGCAG > NC_002947/3526332‑3526603 | ccAACCCCGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTa < 4:306642/149‑1 (MQ=255) aaCCCCGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTa > 3:56162/1‑147 (MQ=255) aCCCCGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCAACGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAg > 5:248739/1‑149 (MQ=255) cccGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGt > 2:279927/1‑149 (MQ=255) cccGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGt < 6:158838/149‑1 (MQ=255) ccGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGATGGTGGATCCACCCTTCCTCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTg > 7:267373/1‑149 (MQ=255) cGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTg > 4:162765/1‑148 (MQ=255) ttGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTGCAGGTGGATg > 7:4976/1‑149 (MQ=255) ttGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTGCAGGTGGATg > 7:444/1‑149 (MQ=255) 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gtgGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCtgt > 5:295141/1‑149 (MQ=255) gCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCCCCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCGCTGTggg > 3:27371/1‑149 (MQ=255) gCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTggg > 6:135630/1‑149 (MQ=255) ccAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGc > 3:8399/1‑149 (MQ=255) aaCCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTg > 7:276430/1‑149 (MQ=255) 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tggtgCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCgcggcg < 6:38961/149‑1 (MQ=255) gtggCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGgtgctgtg < 6:19518/149‑1 (MQ=255) gtggCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGgtgctgtg < 3:162765/149‑1 (MQ=255) ggCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGgtgctgtgct < 3:205959/149‑1 (MQ=255) tCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGc > 4:188560/1‑149 (MQ=255) 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gCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACcg > 8:188163/1‑149 (MQ=255) caggcagCGGGGGTGGACGTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTgcggcg < 6:248739/149‑1 (MQ=255) agCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTACTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGc < 4:269859/149‑1 (MQ=255) gCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGCa < 5:135630/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGCAg < 5:203608/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGCAg < 8:106841/149‑1 (MQ=255) cGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGCAg < 4:8399/149‑1 (MQ=255) | CCAACCCCGGTTGTGGCGAACTGCAGTTGCTGTGGCCAACCCTGGCTCGGCTGAGTGCAGAAGCCAGCAGAGTGGTGCTGGTGGCTCCACCCTTCATCCCTTTTGCACCGGCCTGGCAGGCAGCGGGGGTGGACCTGCGCTGGCTGGTACAGGTGGATGCCGAGCCTGCCGATGCCCTGTGGGCTGCCGAACAGTGCCTGCGCTCGGGCAGTTGCGCGGCGGTGCTGTGCTGGCCGGAACGTGCCGATGACCGCGCCCTGCGGCGCTTGCAG > NC_002947/3526332‑3526603 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |