Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,606,861 | G→A | 8.7% | C752C (TGC→TGT) | PP_3182 ← | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,606,861 | 0 | G | A | 8.7% | 127.0 / 2.5 | 46 | C752C (TGC→TGT) | PP_3182 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/20); new base A (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.35e-01 |
TGTTGTCACGGGTGGCGGCGCGAAGGTAGCGCTCGATATCGGTCATGGTGCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGTTTCCACCCCCTCGGC > NC_002947/3606716‑3607007 | tgttgtCACGGGTGGCGGCGCGAAGGTAGCGCTCGATATCGGTCATGGTGCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCAt > 6:171023/1‑149 (MQ=255) aCGGGTGGCGGCGCGAAGGTAGCGCTCGATATCGGTCATGGTGCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGt > 8:71661/1‑149 (MQ=255) gcgAAGGTAGCGCTCGATATCGGTCATGGTGCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCC‑TGCCCAACGCCCTCGGCCTGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACAGGCATGCCTTGTCCTCGATACCGtt > 8:284588/1‑149 (MQ=255) aaGGTAGCGCTCGATATCGGTCATGGGGCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGa 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gCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTgcgc > 8:12/1‑147 (MQ=255) gtgtgtGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAAc > 6:196450/1‑125 (MQ=255) gtgtgtGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAAc < 5:196450/125‑1 (MQ=255) gtgtgtGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCcac < 8:294297/129‑1 (MQ=255) gtgtgtGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCcac > 7:294297/1‑129 (MQ=255) tgATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGc < 5:171023/149‑1 (MQ=255) ggTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTgc < 4:257892/125‑1 (MQ=255) ggTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTgc > 3:257892/1‑125 (MQ=255) ggTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGaa < 7:71661/148‑1 (MQ=255) gTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGc > 4:183665/1‑106 (MQ=255) gTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGc < 3:183665/106‑1 (MQ=255) acGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAg > 4:153510/1‑99 (MQ=255) acGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAg < 3:153510/99‑1 (MQ=255) acGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGaa > 2:154276/1‑143 (MQ=255) acGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGaa < 1:154276/143‑1 (MQ=255) cGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACACATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTgcgc < 8:297220/121‑1 (MQ=255) cGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACACATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTgcgc > 7:297220/1‑121 (MQ=255) gATAAACCGAAATGCATTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCGTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGc > 4:74543/1‑149 (MQ=255) aCCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCACCGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTgg < 1:240322/149‑1 (MQ=255) aCCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTgg > 8:108251/1‑149 (MQ=255) aaaTGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCaa > 2:20331/1‑149 (MQ=255) aaTGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAat < 7:12/149‑1 (MQ=255) aTGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAata < 4:112925/149‑1 (MQ=255) gcctGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGc > 1:290242/1‑149 (MQ=255) 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ggCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACaccacc > 6:294941/1‑149 (MQ=255) gCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTAcaccacat > 6:151616/1‑147 (MQ=255) cGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGt > 8:272604/1‑149 (MQ=255) gTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGtt < 2:290242/149‑1 (MQ=255) gcgcTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGTTTc < 1:20331/148‑1 (MQ=255) gcTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGTTTCCAc < 5:294941/149‑1 (MQ=255) acGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGTTTCCACCCCCTCGGc > 1:32409/1‑149 (MQ=255) | TGTTGTCACGGGTGGCGGCGCGAAGGTAGCGCTCGATATCGGTCATGGTGCGGGTGTCGGTGTGTGATCGGTACACGATAAACCGAAATGCCTTGCCTGTCCTTGCCCAACGCCCTCGGCAAGCCTGCCGTTGCGCTCAGTACACGCATGCCTTGTCCTCGATACCGTTGAAGGGCGGGTAAACCCACAGCTGCGCCAGCGACAGTGGCCGGCTGAAGTGGTAGCCCTGGGCAATATCGCAGCCGGCAAGCTTCAGGTACACCACCTGTTCACGGGTTTCCACCCCCTCGGC > NC_002947/3606716‑3607007 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |