| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,941,173 | A→G | 8.0% | G9G (GGT→GGC) *129Q (TAA→CAA) |
PP_3475 ← PP_3476 ← |
type II secretion system pseudopilin PulG‑like signal peptide protein type II secretion system protein G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,941,173 | 0 | A | G | 8.0% | 136.4 / 3.3 | 50 | G9G (GGT→GGC) *129Q (TAA→CAA) | PP_3475 PP_3476 | type II secretion system pseudopilin PulG‑like signal peptide protein type II secretion system protein G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/19); new base G (2/2); total (29/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
TACTGGCTGCCGACCCACAGCAACTGGCGTTCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGGTGTGTTGCGCAG > NC_002947/3941030‑3941320 | tACTGGCTGCCGACCCACAGCAACTGGCGTTCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCAtt < 5:126987/149‑1 (MQ=255) ccGACCCACAGCAACTGGCGTTCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGaa > 4:93892/1‑147 (MQ=255) aGCAACTGGCGTTCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCAt > 2:260514/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGccctc > 2:215049/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGccctc > 5:115357/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTTAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCtgt < 2:114136/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCtgt > 4:242573/1‑149 (MQ=255) ggTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCtgt < 1:215049/149‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCAcgcg < 5:173430/137‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCAcgcg > 6:173430/1‑137 (MQ=255) cggcgCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCtt < 3:93892/149‑1 (MQ=255) ggcgCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTg < 2:170697/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGa > 7:134682/1‑149 (MQ=255) gcTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGACACGCAATCCGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAACGCCGCCGTTGGCGTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCCCGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGAt > 1:224158/1‑149 (MQ=255) gcTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATg > 7:24229/1‑149 (MQ=255) tCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTc > 4:29811/1‑149 (MQ=255) tCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTc > 3:4731/1‑149 (MQ=255) gCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTc < 3:146668/147‑1 (MQ=255) aaaGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGc > 6:10496/3‑148 (MQ=255) tGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACgccgcc > 2:206697/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGccgcccgc > 6:295785/1‑149 (MQ=255) gccgccAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCacac < 2:224158/149‑1 (MQ=255) cgccAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACAccc > 6:87970/1‑149 (MQ=255) cAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTGCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGctc > 6:10847/1‑116 (MQ=255) cAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTGCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGctc > 6:15334/1‑116 (MQ=255) cAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTGCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGctc < 5:10847/116‑1 (MQ=255) cAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTGCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGctc < 5:15334/116‑1 (MQ=255) cACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGggcggc < 5:87970/149‑1 (MQ=255) ctgctgctGAT‑TGCGGTCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACCCCCACCggccgcg > 4:1800/3‑149 (MQ=255) aC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAg < 3:29811/147‑1 (MQ=255) aC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCt > 5:43528/1‑149 (MQ=255) cGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGc < 8:134682/149‑1 (MQ=255) aaTCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAg > 8:283444/1‑149 (MQ=255) gcagcaCCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGAGGGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACCCCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGc > 1:82959/1‑149 (MQ=255) caCCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTgcgc < 3:242573/149‑1 (MQ=255) ccAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGt > 7:274609/1‑149 (MQ=255) tGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCggg < 5:295785/149‑1 (MQ=255) tAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACCCCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTc > 7:113434/1‑149 (MQ=255) tAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCgg > 1:179834/1‑139 (MQ=255) tAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCgg < 2:179834/139‑1 (MQ=255) aaaGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCcaca > 4:205032/1‑95 (MQ=255) aaaGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCcaca < 3:205032/95‑1 (MQ=255) gccgccGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGACATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGAcc > 5:143058/1‑149 (MQ=255) cgccgTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCgg > 8:219023/1‑149 (MQ=255) gccgTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGgt < 4:4731/149‑1 (MQ=255) gccgTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGgt < 2:82959/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGgtgtgt < 8:274609/149‑1 (MQ=255) ggCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGGTGTGtt < 6:43528/148‑1 (MQ=255) ccTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGGTGTGTTgcg > 4:91187/1‑149 (MQ=255) ccTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGGTGTGTTgcg > 1:170472/1‑149 (MQ=255) aCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCtgt > 4:213997/1‑40 (MQ=255) aCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCtgt < 3:213997/40‑1 (MQ=255) aCCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGGTGTGTTGCGCAg < 8:24229/148‑1 (MQ=255) | TACTGGCTGCCGACCCACAGCAACTGGCGTTCGCGGTCGCGCTGGGCGGCGCTCGCCCAGATCGTGCCGGTGGCCGCCAGGGCCACGCTGCTGAC‑CGCAATCAGCAGCAGCACCCCCAGGTATGTAAAGCCGCCGTTGGCCTTACCATTCAGCGAAGA‑GGCTGCCATCACGCGCCCTCCCTGTGGCACCGCTCTTGATGTCGGCCACGCCGCCCGCCACACCCTCGGGCGGCGGCACCAGCTGCCAGGCATCGCTGCGCTCGGTGATCGGGTCGACCGGTGTGTTGCGCAG > NC_002947/3941030‑3941320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |