Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,977,351 | G→C | 8.3% | L1094V (CTG→GTG) | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,977,351 | 0 | G | C | 8.3% | 141.9 / 4.0 | 48 | L1094V (CTG→GTG) | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/19); new base C (2/2); total (26/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
GTTCAGCTCTTCCTTGAGGGTACGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGTAGACCTCTGCCAGG > NC_002947/3977205‑3977490 | gTTCAGCTCTTCCTTGAGGGTACGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGt > 4:94229/1‑149 (MQ=255) ccTTGAGGGTACGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTg < 1:155486/148‑1 (MQ=255) cTTGAGGGTACGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCACGACCTGCTCgatt < 1:270033/148‑4 (MQ=255) ttGAGGGTACGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGtt > 8:255144/1‑149 (MQ=255) aCGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGt > 4:268313/1‑149 (MQ=255) gATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCt > 5:119237/1‑149 (MQ=255) gATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGATCGTGGTTGTCCTGGTTCt > 4:39441/1‑149 (MQ=255) tGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGTGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTgc < 8:292133/149‑1 (MQ=255) gcgGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTg > 7:274386/1‑139 (MQ=255) gcgGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTg < 8:274386/139‑1 (MQ=255) ggtcggCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGc < 2:243135/148‑1 (MQ=255) gCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCAc > 7:289731/1‑149 (MQ=255) gCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCtt < 7:65728/147‑1 (MQ=255) cTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGc < 2:1936/149‑1 (MQ=255) tgGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGc > 2:184224/1‑138 (MQ=255) tgGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGc < 1:184224/138‑1 (MQ=255) gTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGGCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGgc > 2:241801/1‑149 (MQ=255) tCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTgc < 6:287618/123‑1 (MQ=255) tCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTgc > 5:287618/1‑123 (MQ=255) ttAGCTGGCCACGAGCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCATCATGCCGCCCTGGAACTTGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCATGTCGTGCTCGTGGTTGTGCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCg < 3:39441/147‑1 (MQ=255) tGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTgg > 3:127269/1‑149 (MQ=255) caccacCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTg < 2:287902/124‑1 (MQ=255) caccacCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTg > 1:287902/1‑124 (MQ=255) accaccGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCg > 1:123003/1‑149 (MQ=255) caccGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGAACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCggg > 3:215933/1‑149 (MQ=255) ccGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCt < 2:16378/148‑1 (MQ=255) aGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGCCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGGGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTgccg < 3:268313/149‑1 (MQ=255) gccAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTa < 6:119237/149‑1 (MQ=255) ccAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAg > 5:112996/1‑149 (MQ=255) cAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAgg < 2:209656/149‑1 (MQ=255) cAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAgg < 7:255144/149‑1 (MQ=255) gccgccCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAgc > 1:6807/1‑149 (MQ=255) cgccCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAgccg > 8:212424/1‑149 (MQ=255) cccTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAgccgcc < 3:94229/149‑1 (MQ=255) ggTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAgg > 4:5740/1‑149 (MQ=255) gtagtaATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGt > 7:151739/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGTAGAcc > 8:273747/1‑149 (MQ=255) aaTCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGTAGAc > 1:294586/1‑148 (MQ=255) aaTCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGTAGAc < 2:294586/148‑1 (MQ=255) ggAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCgtcgtc < 6:86991/102‑1 (MQ=255) ggAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCgtcgtc > 5:86991/1‑102 (MQ=255) ccacGAGCACGACCTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGTAGACCTCTGCCAgg > 3:64103/4‑149 (MQ=255) ccacGAGCACGACCTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCCTAGCCATAGCCGCCGTGGt > 8:174170/4‑129 (MQ=255) ccacGAGCACGACCTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGGCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGt < 7:174170/126‑1 (MQ=255) gAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCcgtc > 2:67811/1‑93 (MQ=255) gAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCcgtc < 1:67811/93‑1 (MQ=255) aGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAgg > 4:95252/1‑129 (MQ=255) aGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAgg < 3:95252/129‑1 (MQ=255) | GTTCAGCTCTTCCTTGAGGGTACGGATGCGCGGTCGGTCGGCCTGGCTGTGGTCGCCATGGTAGCTGGCCACCACCGCCCCGGACAGGGTTTCCGAGGCCGCCAGCATGCCGCCCTGGAACTGGTAGTAATCGTTGGAATCGAGCAGGTCGTGCTCGTGGTTGTCCTGGTTCTGCAGCACCGCCTGCACCTTGGCCAGGCGCTGGGCGAACTGGGTGCGGGCCGGGGTGCCGTCGTCGCTGCCGCCGTAGGCATAGCCGCCGTGGTTGAGGTAGACCTCTGCCAGG > NC_002947/3977205‑3977490 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |