Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,006,295 | G→A | 7.1% | A527A (GCC→GCT) | PP_3535 ← | gamma‑glutamyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,006,295 | 0 | G | A | 7.1% | 164.7 / 2.2 | 56 | A527A (GCC→GCT) | PP_3535 | gamma‑glutamyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/24); new base A (2/2); total (30/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
TGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGTCGGCGCCATGGCCGA > NC_002947/4006156‑4006441 | tgatCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCtgctgc > 1:281768/1‑149 (MQ=255) tGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATCTTGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGt > 1:94241/1‑149 (MQ=255) cATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCggcggc > 3:139702/1‑135 (MQ=255) cATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCggcggc < 4:139702/135‑1 (MQ=255) cATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGt > 3:129978/1‑146 (MQ=255) cATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGt < 4:129978/146‑1 (MQ=255) cATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTCTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGCCGGCGGCCTGCTGCgg < 5:199611/144‑1 (MQ=255) atggtcatCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCcag > 3:67623/1‑149 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCaa < 8:155745/138‑1 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCaa > 7:155745/1‑138 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGcc > 3:44538/1‑149 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCAGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGcc > 3:36550/1‑149 (MQ=255) atCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCAGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGcc > 3:40656/1‑149 (MQ=255) ggTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGAc < 1:305308/149‑1 (MQ=255) aCCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGc > 7:196472/1‑149 (MQ=255) cTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCgg > 2:292877/1‑114 (MQ=255) cTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCgg < 1:292877/114‑1 (MQ=255) cTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGt < 4:185338/145‑1 (MQ=255) cTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGt > 3:185338/1‑145 (MQ=255) cTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCt > 7:201645/1‑149 (MQ=255) aTGGCCCCAGGCTTCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCtt < 8:25174/147‑1 (MQ=255) aTGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCtt < 8:20497/147‑1 (MQ=255) aTGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCtt < 8:201645/147‑1 (MQ=255) aTGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGt < 2:14265/149‑1 (MQ=255) ccccAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCAc < 8:196472/149‑1 (MQ=255) ccccAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGACCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGAc > 6:325456/1‑134 (MQ=255) ccccAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGACCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGAc < 5:325456/134‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACg > 2:209753/1‑148 (MQ=255) ccAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCgat > 5:63383/1‑148 (MQ=255) aCTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATc < 1:209753/149‑1 (MQ=255) ggATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCAGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGaa < 4:36550/149‑1 (MQ=255) ggATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCAGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGaa < 4:40656/149‑1 (MQ=255) gATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAac < 3:130025/149‑1 (MQ=255) tC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAgcc < 2:236062/93‑1 (MQ=255) tC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAgcc > 1:236062/1‑93 (MQ=255) gcgcCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCAccc > 4:300768/1‑149 (MQ=255) gcgcCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACATAACCGATGATCTGCGAACCAccc > 4:79193/1‑149 (MQ=255) gcCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCgg > 6:297259/1‑149 (MQ=255) ctCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAg < 3:300768/149‑1 (MQ=255) tCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAgg > 2:83733/1‑149 (MQ=255) gCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTc < 6:63383/149‑1 (MQ=255) gCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTc > 3:29851/1‑149 (MQ=255) cTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGa < 2:94241/147‑1 (MQ=255) cACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACt > 7:190766/1‑149 (MQ=255) aCTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTc > 3:240747/1‑149 (MQ=255) gCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCga < 4:215114/98‑1 (MQ=255) gCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCga > 3:215114/1‑98 (MQ=255) ttGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGc > 5:305997/1‑99 (MQ=255) ttGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGc < 6:305997/99‑1 (MQ=255) ttGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCga < 4:67623/149‑1 (MQ=255) ggCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCAcgc > 2:160184/1‑143 (MQ=255) ggCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCAcgc < 1:160184/143‑1 (MQ=255) ccGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCa < 4:44538/148‑1 (MQ=255) gAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCGGCGGGTCGCGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCGTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGCGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGCACCCCAACg > 6:23085/1‑149 (MQ=255) acccgcagCAGGCCGCCGACCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGt > 6:9770/8‑149 (MQ=255) gTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGTCg > 6:115794/1‑149 (MQ=255) gggCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGTCGgc < 2:281768/148‑1 (MQ=255) gCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGTCGgcgc > 3:200015/1‑148 (MQ=255) ggcCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGTCGGCGCCATGGCCGa > 3:87108/1‑147 (MQ=255) | TGATCTGCATGCCGCTGGTCATGGTCATCGGTGTCACCTCATGGCCCCAGGCTGCCAACTGGCGGATC‑AGCGCCGGGCTGCTCAGCCCTGCTTCCACTTCGGTGCCGGCATTGCGGCTGCCGAAGTTGGGCAGGTCGGCGGCCTGCTGCGGGTCGAGCCGCCAATCCAGCAGGCCGACCAGTGCCTTGTTCACGTAACCGATGATCTGCGAACCACCCGGCGAACCGAGGCTCGCGACAAACTCGCCCGTGGCACGCGAGAACACCAACGTCGGCGCCATGGCCGA > NC_002947/4006156‑4006441 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |