Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,067,147 | G→T | 6.8% | P639P (CCC→CCA) | mdtC ← | multidrug transporter membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,067,147 | 0 | G | T | 6.8% | 186.7 / 4.1 | 59 | P639P (CCC→CCA) | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/27); new base T (2/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 |
GCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAACCGGCGACGCTCTGTACTGCC > NC_002947/4066999‑4067294 | gCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCccgccg < 1:113823/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCgg < 7:146257/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCggg > 1:5388/1‑149 (MQ=255) cgcgACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACtt > 6:204873/1‑149 (MQ=255) gACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTgg < 2:5388/149‑1 (MQ=255) accaccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTggg < 3:179341/149‑1 (MQ=255) accaccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTggg > 4:188753/1‑149 (MQ=255) ccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTggg < 5:62458/145‑1 (MQ=255) ccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTggg > 6:62458/1‑145 (MQ=255) ccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTg < 8:263893/143‑1 (MQ=255) ccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTg > 7:263893/1‑143 (MQ=255) ccTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGt > 4:5134/1‑149 (MQ=255) ggAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCtt < 2:72695/149‑1 (MQ=255) aTTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAgg > 1:63165/1‑149 (MQ=255) gccgccAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCAc < 1:243270/149‑1 (MQ=255) ccgccAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGCCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCAcc > 5:202448/1‑149 (MQ=255) cgccAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATc < 1:275169/145‑1 (MQ=255) cgccAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATc > 2:275169/1‑145 (MQ=255) 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8:136457/126‑1 (MQ=255) aCAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGcgctcgct > 5:52990/1‑148 (MQ=255) aGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGAt > 5:176275/1‑149 (MQ=255) tACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCgg > 3:16778/1‑149 (MQ=255) aCTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGt > 3:238285/1‑149 (MQ=255) cTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGtt < 3:188753/149‑1 (MQ=255) gagaAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGt < 2:315070/146‑1 (MQ=255) gagaAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGt > 1:315070/1‑146 (MQ=255) aagaGGTCTG‑GTCAAGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAgg > 4:307042/1‑149 (MQ=255) ggTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCa < 4:238285/149‑1 (MQ=255) gTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCAc < 6:52990/149‑1 (MQ=255) gTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCAc > 8:191617/1‑149 (MQ=255) tCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCAcc < 3:5134/149‑1 (MQ=255) g‑gTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCTGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAg > 1:119558/1‑148 (MQ=255) g‑gTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCTGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAg > 3:125299/1‑148 (MQ=255) gCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAg < 5:204873/149‑1 (MQ=255) gCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAg > 7:54729/1‑149 (MQ=255) gCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCgttgt < 3:307042/149‑1 (MQ=255) gCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCACGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCgttgt < 8:106024/149‑1 (MQ=255) cccccAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGttgttg > 8:246572/1‑149 (MQ=255) ccccAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTgg > 6:317094/1‑149 (MQ=255) cccAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCTGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGt < 2:119558/149‑1 (MQ=255) cccAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCTGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGt < 4:125299/149‑1 (MQ=255) cccAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTgg > 5:300217/1‑148 (MQ=255) gTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCg > 7:214941/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAg < 4:149758/130‑1 (MQ=255) cAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAg > 3:149758/1‑130 (MQ=255) cAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGt < 7:246572/149‑1 (MQ=255) aGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGtt < 7:191617/149‑1 (MQ=255) tGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCgtt < 8:190603/128‑1 (MQ=255) tGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCgtt > 7:190603/1‑128 (MQ=255) gTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGa < 6:176275/149‑1 (MQ=255) cATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAAc > 8:73192/1‑149 (MQ=255) aGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGcac > 3:43806/1‑107 (MQ=255) aGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGcac < 4:43806/107‑1 (MQ=255) aGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAACCgg < 8:54729/148‑1 (MQ=255) gAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAACCGGCGa > 6:139280/1‑149 (MQ=255) aGGCGGCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCTGTTTGAGTCGGAGCAGCACAAAGGCGTTGTTTGTACCGATGTTGCCACCGATGAAAACGGCGACGct < 2:65040/149‑1 (MQ=255) aGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAACCGGCGACGct > 7:216181/1‑149 (MQ=255) cgccgGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTTGTACCGCTGTTTCCACAGATGAAACCGGCGACGCTCTGTACt < 6:300217/149‑1 (MQ=255) cgGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAACGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAACCGGCGACGCTCTGTACTGcc < 2:63165/149‑1 (MQ=255) | GCAGCGCCGCGACCACCTTGGGAAACCATTCGCGCAACGCCGCCAGGTCGCCGCTTTGCAGGGTATACAGGTACTGAGAAGAGGTCTG‑GTCACGCCCACCGCCCCCCAGTTGCAGGTCCTGGTCGGCCATCAGGAACAGGCGCCCGCCGGGCACTTTGGGCAGTTCCTTGCGCAGGCGCTCGATCACCTTCTGCGCGTCGATCTTGCGCTCGCTGATCGGTTTCAGGCGCACCAGCACAAAGGCGTTGTTGGTACCGCTGTTGCCACCGATGAAACCGGCGACGCTCTGTACTGCC > NC_002947/4066999‑4067294 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |