Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,688,515 | Δ1 bp | 5.7% | coding (451/2061 nt) | pilJ ← | twitching motility protein PilJ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,688,515 | 0 | C | . | 5.7% | 290.0 / 10.1 | 88 | coding (451/2061 nt) | pilJ | twitching motility protein PilJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/43); new base . (3/2); total (43/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
TTGACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCT > NC_002947/5688367‑5688661 | ttGACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGc > 6:287452/1‑149 (MQ=255) ttGACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGc > 4:160063/1‑149 (MQ=255) cGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCt > 5:204432/1‑149 (MQ=255) aGCCAAGGATGTGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCATGGTCGCTGCCACCTgg < 4:27772/149‑1 (MQ=255) aGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGGCCACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTg < 1:192473/149‑1 (MQ=255) aGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCt > 4:208708/1‑147 (MQ=255) aGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCt < 3:208708/147‑1 (MQ=255) cAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑g > 7:235689/1‑148 (MQ=255) aaGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑g > 5:240661/1‑147 (MQ=255) aaGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCa < 3:160063/149‑1 (MQ=255) ggATGCGTTCGGCCAGCAACTGCTGGCGCTGGGCCACAGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGc < 4:10611/149‑1 (MQ=255) aTGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGa < 2:182102/149‑1 (MQ=255) tGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGa > 8:88124/1‑148 (MQ=255) cGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACa < 1:10916/148‑1 (MQ=255) cGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACa < 6:128579/148‑1 (MQ=255) ggCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACg < 2:37433/148‑1 (MQ=255) gCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCGACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACGGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt < 6:283147/149‑1 (MQ=255) gCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt > 5:84706/1‑149 (MQ=255) cAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCt < 7:88124/149‑1 (MQ=255) cAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTG‑CACCAGGT‑ggcag > 4:207820/1‑131 (MQ=255) cAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTG‑CACCAGGT‑ggcag < 3:207820/135‑5 (MQ=255) gCAACAGCTGGCGCTGGTCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGc < 8:179588/149‑1 (MQ=255) aCAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCg > 3:2596/1‑149 (MQ=255) cAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCg > 8:59908/1‑148 (MQ=255) aGCTGGCGCTGGGCCATCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCt < 8:265593/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGc > 7:160629/1‑147 (MQ=255) cTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGga < 8:160629/149‑1 (MQ=255) tGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCACCGCCAGCACGGTCGGCTCGCGGGCCAGgat > 6:111748/1‑149 (MQ=255) ggCCACCGCAACCTGAGTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTgg < 4:168970/112‑1 (MQ=255) gCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGgatgat > 8:23312/1‑149 (MQ=255) ccACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGatgatg > 2:311017/1‑149 (MQ=255) cACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGt < 6:240661/149‑1 (MQ=255) aCCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt > 5:285344/1‑125 (MQ=255) aCCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGt < 6:285344/125‑1 (MQ=255) aCCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTc > 4:261154/1‑149 (MQ=255) ccGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCg < 8:235689/149‑1 (MQ=255) ccGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCg < 3:261154/149‑1 (MQ=255) gCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgt < 1:311017/149‑1 (MQ=255) aaCCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtgt > 5:211590/1‑149 (MQ=255) ttGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTg‑cg > 7:27664/1‑149 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGcc > 2:180208/1‑123 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAg < 5:111748/149‑1 (MQ=255) gCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑CCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGcc < 1:180208/123‑1 (MQ=255) gggCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCTCTGTCCAGGATGATGTAGGTTTTCTTG‑CGCAGGttt > 4:193735/1‑149 (MQ=255) ggCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGtttt > 5:73160/1‑149 (MQ=255) gCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTc < 6:204432/149‑1 (MQ=255) aCCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTcc > 6:205217/1‑148 (MQ=255) ctctGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTc < 8:27664/149‑1 (MQ=255) cagcagGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCgcggc < 6:211590/149‑1 (MQ=255) cagGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTa < 7:59908/149‑1 (MQ=255) agGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTAc < 3:234298/149‑1 (MQ=255) gATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GTAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTAcc > 7:237461/1‑148 (MQ=255) gATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTAcc > 8:301643/1‑148 (MQ=255) cGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGc < 1:315803/90‑1 (MQ=255) cGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGc > 2:315803/1‑90 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtgt < 8:163075/110‑1 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGgtgt > 7:163075/1‑110 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTGCCGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGAt < 1:191774/146‑1 (MQ=255) gACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGAt < 3:260324/145‑1 (MQ=255) aCCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTcc < 2:161879/147‑1 (MQ=255) aCCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTcc > 1:161879/1‑147 (MQ=255) cACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCAtct > 2:26750/1‑149 (MQ=255) tttttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGt > 1:90543/1‑149 (MQ=255) tttttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGt > 5:18025/1‑149 (MQ=255) tttCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTc < 7:23312/148‑1 (MQ=255) tCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCAc < 5:205217/148‑1 (MQ=255) ccACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCg > 1:81684/1‑147 (MQ=255) cACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTc < 2:87102/138‑1 (MQ=255) cACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTc > 1:87102/1‑138 (MQ=255) cTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTg < 2:81684/149‑1 (MQ=255) gCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTg > 1:114220/1‑147 (MQ=255) aGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGgcg > 3:102209/1‑148 (MQ=255) 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gg‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAggcgg < 2:90543/149‑1 (MQ=255) g‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCTCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAggcgg > 8:285066/1‑148 (MQ=255) aCGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGATCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAg > 1:67946/1‑149 (MQ=255) aCGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGG‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAg < 5:287452/149‑1 (MQ=255) tctcGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGc > 3:245801/1‑147 (MQ=255) tctcGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCa < 4:2596/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTg > 5:278959/1‑149 (MQ=255) cgtgctgTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGGCCGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGa > 1:179207/7‑149 (MQ=255) aGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACtt < 3:193735/149‑1 (MQ=255) ctgTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACCGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACtt < 2:179207/146‑1 (MQ=255) gTCGCTG‑CACCAGGTGGCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGt > 8:153765/1‑148 (MQ=255) tGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCt > 5:51768/1‑149 (MQ=255) tGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCt > 8:168404/1‑149 (MQ=255) | TTGACCGAGCCAAGGATGCGTTCGGCCAGCAACAGCTGGCGCTGGGCCACCGCAACCTGATTGGCCGGGGCACCGCTCTGCAGCAGGATCTCGACCACTTTTTCGTATTCCACCTGCAGCTGCGG‑CACGGTCTCGGCCAGGGTCGCTGCCACCTGGT‑GCAGCGACAGCACGGTCTGCTCGCTGGCCAGGATGATGTCGGTGTTCTTG‑CGCAGGTTTTCCCAGTCGCGGCGTACCGATTCCATCTCGTCACGCACCGCAGGTGGCGCAGGCGGCAGGCCAGTGGACTTGTCACCCT > NC_002947/5688367‑5688661 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |