Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,966,731 | Δ1 bp | 9.3% | coding (1683/1794 nt) | PP_2596 ← | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,966,731 | 0 | C | . | 9.3% | 133.3 / 8.1 | 43 | coding (1683/1794 nt) | PP_2596 | ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/19); new base . (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 |
ATTCGCCCAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAACGCGACAGGGCATCCTGGATCGCCGCCTCGCTCTCGGCGTCGGCGGCTGCG > NC_002947/2966593‑2966875 | aTTCGCCCAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCTGTGTGAACA‑AGGGCGcca > 2:72302/1‑147 (MQ=255) aTTCGCCCAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCtt > 4:217162/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCTGTGTGAACA‑AGGGCGccacagc < 1:72302/148‑6 (MQ=255) cccAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCTGTGTGAACA‑AGGGCGcc < 1:305628/142‑1 (MQ=255) cccAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCTGTGTGAACA‑AGGGCGcc > 2:305628/1‑142 (MQ=255) gTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCAc > 6:263294/1‑147 (MQ=255) gTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCa < 4:97106/149‑1 (MQ=255) gaacgaaGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAgg > 6:200982/1‑148 (MQ=255) aacgaaGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGAt < 7:229082/149‑1 (MQ=255) aGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGt > 3:274815/1‑149 (MQ=255) aGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGACTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGt > 2:216583/1‑149 (MQ=255) gTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTcc < 5:44513/131‑1 (MQ=255) gTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTcc > 6:44513/1‑131 (MQ=255) aGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCg < 3:10625/143‑1 (MQ=255) aGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCg > 4:10625/1‑143 (MQ=255) gCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGgcat < 6:314729/146‑1 (MQ=255) gCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGgcat > 5:314729/1‑146 (MQ=255) tGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCa < 4:305281/122‑1 (MQ=255) tGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCa > 3:305281/1‑122 (MQ=255) cTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCACT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCTGCATGCATCAcc < 1:216583/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCAGAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCgtg < 5:263294/149‑1 (MQ=255) cTTTTTCACGGTGTCCTGAGACCCTCCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAACGGCCGTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGcc < 4:164870/149‑1 (MQ=255) ttCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGt < 4:242223/148‑1 (MQ=255) ccTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGAc > 1:188568/1‑148 (MQ=255) tGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAg > 8:290237/1‑149 (MQ=255) aTAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCgtgt > 1:211443/1‑125 (MQ=255) aTAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCgtgt < 2:211443/125‑1 (MQ=255) tAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAg < 7:82513/149‑1 (MQ=255) caccCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGc < 5:4074/125‑1 (MQ=255) caccCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGc > 6:4074/1‑125 (MQ=255) cTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGc > 4:271970/1‑129 (MQ=255) cTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGc < 3:271970/129‑1 (MQ=255) tGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGTAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGAcc > 2:190629/1‑149 (MQ=255) cccACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGTAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCgg < 1:190629/149‑1 (MQ=255) ccACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTgg < 2:319767/91‑1 (MQ=255) ccACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCggg > 6:167345/1‑149 (MQ=255) cacaGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGc > 4:302181/1‑149 (MQ=255) ccGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAAc < 7:6116/149‑1 (MQ=255) ccGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAAc < 4:274815/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAACGCGACAGGGCATc > 3:81692/1‑149 (MQ=255) gTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGc > 2:247651/1‑113 (MQ=255) gTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGc < 1:247651/113‑1 (MQ=255) cccT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAACGCGACAGGGCATCCTGGATCGCCGCCTCGCTCtcggcgtcgg > 6:227034/1‑149 (MQ=255) cacacaGGGCGCCTACGTCCAGCACCAGGATATGTTCTGCATGCATCAACGTTTCCAGCCGGTGGGCGATGACCACTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAACGCGACAGGGCATCCAGGATCGCCGCCACCCTCTCGGCGTCGCCGCCTGCg > 4:249942/1‑149 (MQ=255) | ATTCGCCCAGCAGTCGAACGAAGGTTTTCAGCATGCTGGCAGCGCCTTTTTCACGGTGTCCTGATAACCACCCTGCGCCCACAGCCGTGCATAAAGGCCTTGGCGGTTGAGCAATTCGCTGTGGCGCCCT‑TGTTCACACAGGGCGCCTTGGTCCAGCACCAGGATCTGGTCGGCATGCATCACCGTGTCCAGCCGGTGGGCGATGACCAGTAGGGTGCGACCCCGGGCGAAACGCGACAGGGCATCCTGGATCGCCGCCTCGCTCTCGGCGTCGGCGGCTGCG > NC_002947/2966593‑2966875 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |