| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,827 | Δ1 bp | 10.2% | intergenic (‑77/+52) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,827 | 0 | T | . | 10.2% | 137.0 / 11.4 | 49 | intergenic (‑77/+52) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/19); new base . (3/2); total (28/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGC > NC_002947/337682‑337970 | cTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTATCGCGCC‑ACCGTGAAGGGTgg > 8:221965/1‑149 (MQ=255) ggAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTacac > 2:201644/1‑149 (MQ=255) ggAACTGGTAGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTacac < 3:183451/149‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTATGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGt < 7:212580/137‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTATGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGt > 8:212580/1‑137 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt‑g < 5:70948/147‑1 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑gg < 2:46995/148‑1 (MQ=255) gTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAAAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGTCGCTACACCGGT‑gg > 1:10288/1‑148 (MQ=255) aaGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTa < 8:117764/135‑1 (MQ=255) aaGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTa > 7:117764/2‑136 (MQ=255) ggTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACGGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT‑GGGAGCgg < 3:260143/136‑1 (MQ=18) ggTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACGGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT‑GGGAGCgg > 4:260143/1‑136 (MQ=18) tggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCAAAACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCATTGGCACGCATACACGCGCAACCAgcg > 6:226577/1‑149 (MQ=37) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCGGT‑GGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTc > 7:248516/1‑149 (MQ=255) gtggtccTCTTCGCGGGAACGCCCGTTCCAACAGTTTTAGGGCA‑AAATTCAAGGTTGGGGCTACACGTGT‑GGTAGGGGGGGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCcag < 8:248516/143‑1 (MQ=255) gAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCGGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAGCAGTAAGTGAGGTATCAGCGGCCATGGCAGGCAACCACGCGCAACCACCCCTCcag > 6:107710/1‑148 (MQ=37) ggCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCagcagc > 7:83244/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTTCCCCTGG‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCGTCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAg > 3:210754/1‑149 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg > 8:149114/1‑130 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg < 7:149114/130‑1 (MQ=255) cgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt > 3:300034/1‑149 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc > 8:136592/1‑149 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc > 8:140796/1‑149 (MQ=255) tCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa > 2:159582/1‑131 (MQ=255) tCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 1:159582/131‑1 (MQ=255) 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acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGa < 1:264348/144‑1 (MQ=255) acaGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 8:112079/1‑146 (MQ=255) aGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 7:10174/125‑1 (MQ=21) aGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa > 8:10174/1‑125 (MQ=21) gTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga > 7:103926/1‑144 (MQ=255) gTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 8:103926/144‑1 (MQ=255) 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cc‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:288271/137‑1 (MQ=255) cc‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTCCCCGCGAGGCAGTAAGTGAGGTCACAGCGCCATTGGCAGGCATCCACGCGCACCCAGCGCTCCCGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGAAGGACCGAGATcccaa > 2:116300/1‑140 (MQ=255) c‑acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg < 1:291537/60‑1 (MQ=255) c‑acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg > 2:291537/1‑60 (MQ=255) acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 7:140796/149‑1 (MQ=255) acaTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 7:136592/149‑1 (MQ=255) aTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCGGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAaca > 3:280526/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAacac > 5:240016/1‑149 (MQ=255) atgtttGGCGCAACACCTGT‑GGTTGGGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGATATCACCAGGTAGAACACGc < 1:169661/144‑1 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 5:203295/1‑126 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 6:203295/126‑1 (MQ=255) | CTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGT‑GGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGC > NC_002947/337682‑337970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |