| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,286,505:1 | +G | 8.3% | coding (801/1668 nt) | ggt ← | gamma‑glutamyltranspeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,286,505 | 1 | . | G | 8.3% | 178.5 / 11.7 | 48 | coding (801/1668 nt) | ggt | gamma‑glutamyltranspeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/21); new base G (2/2); total (25/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
ATCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCTTGCCT > NC_002947/5286361‑5286652 | aTCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTc‑gggcg < 1:300926/149‑4 (MQ=255) tCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTc‑ggcgg > 6:322028/1‑149 (MQ=255) ggCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCCCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGGCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTg < 1:260728/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTgg > 4:219497/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGTCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGcgcg < 6:311676/149‑1 (MQ=255) gTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCATACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCgg < 1:4917/149‑1 (MQ=255) ggCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTg > 6:47264/1‑140 (MQ=255) ggCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTg < 5:47264/140‑1 (MQ=255) gCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGACGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGtata < 5:253621/149‑1 (MQ=255) cacCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATAcacca < 4:218342/149‑1 (MQ=255) ccGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTg > 8:166612/1‑131 (MQ=255) ccGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTg < 7:166612/131‑1 (MQ=255) ccGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTCGGGCGGTgtggc > 8:192677/1‑131 (MQ=255) ccGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCG‑CCGAGCTCGGGCGGTgtggc < 7:192677/135‑5 (MQ=255) gATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGc < 3:219497/148‑1 (MQ=255) tctcGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAg > 3:307130/1‑149 (MQ=255) cGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCt > 2:16185/1‑148 (MQ=255) ggCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCa < 5:322028/144‑1 (MQ=255) gTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCg < 3:1904/149‑1 (MQ=255) tGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCgg < 1:211869/149‑1 (MQ=255) aCTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCACGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATaca > 7:40421/1‑111 (MQ=255) aCTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCACGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATaca < 8:40421/111‑1 (MQ=255) ttATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCtt > 3:133759/1‑149 (MQ=255) gcCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATc < 4:307130/149‑1 (MQ=255) cccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGcc < 4:21626/128‑1 (MQ=255) cccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGcc > 3:21626/1‑128 (MQ=255) cccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTg < 5:16583/139‑1 (MQ=255) cccTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTg > 6:16583/1‑139 (MQ=255) cccTTTGAAGTCGGCAGCGCGGTCTTCCTTGATGCACAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCTGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCa < 3:29037/149‑1 (MQ=255) tCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCgtt > 4:27531/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTg < 1:16185/148‑1 (MQ=255) ttCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCATGCCtt > 6:313759/1‑149 (MQ=255) ttGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCt < 5:283590/118‑1 (MQ=255) gATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAg > 5:31068/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGTCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCt > 7:246975/1‑149 (MQ=255) cccAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACGACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGTTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTg > 8:233502/1‑149 (MQ=255) cccAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGTCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTg < 8:246975/149‑1 (MQ=255) ccAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTg > 5:184757/1‑148 (MQ=255) cAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCt < 6:184757/149‑1 (MQ=255) aCTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTgc > 6:34779/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGccac > 3:242351/1‑147 (MQ=255) cAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACAGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGccacca > 7:70663/1‑149 (MQ=255) ccACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCaa > 2:74966/1‑148 (MQ=255) gccacCG‑CCGAGCTCGGGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCt > 5:175757/3‑128 (MQ=255) gccacCG‑CCGAGCTCGGGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCt < 6:175757/126‑1 (MQ=255) acacCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATc > 7:64691/1‑149 (MQ=255) cGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATcggcg < 6:31068/149‑1 (MQ=255) cccGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGt > 6:120356/1‑149 (MQ=255) cTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCTTGcc > 1:152790/1‑149 (MQ=255) tC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCTTGCCt > 6:100869/1‑149 (MQ=255) | ATCGGCGCGGTCGGCGAACACCCGCTTTTCGATCTCGGCCAACAGGTGGATGTACTGCGCCGAGTTATGCGCCACCCCTTTGAAGTCGGCCGCGCGGTCTTCCTTGATGCCCAGCAACTGGGCCAGCGCCACACCGCCCGAGCTC‑GGCGGTGGCGCGGTATACACCACATTGCCACGCCAGCTCACGGCCATCGGTTCACGCCATACCGCCTTGTAATCCTTCAGGTCTTCTTTGGTAATCAGGCCTTTGTCAGCCTGCATCTGCGCCACCAGCAAATCGGCGGTCTTGCCT > NC_002947/5286361‑5286652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |