| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,548:1 | +C | 100% | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 95.2% | 133.9 / 0.4 | 42 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (18/22); total (18/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCA > NC_002947/1419400‑1419687 | ccTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g > 3:274004/1‑149 (MQ=255) cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 5:251463/149‑1 (MQ=255) gCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c > 4:251339/1‑146 (MQ=255) gCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 3:251339/146‑1 (MQ=255) aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 1:80222/1‑145 (MQ=255) gggATGCCGGGTTCTATGCTGAACAGCGGGTTAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctc < 6:47319/145‑4 (MQ=255) gggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCAGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCACTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctc > 5:47319/1‑142 (MQ=255) ggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc < 8:211234/149‑1 (MQ=255) ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCa > 4:22151/1‑149 (MQ=255) gTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGcc < 1:60132/149‑1 (MQ=255) gCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 4:274004/148‑1 (MQ=255) gatcAGCGGGTTAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTGTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGGCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 3:26378/146‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt < 1:44675/149‑1 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGATCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCGCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCGCAGGttcgggg > 7:223689/1‑143 (MQ=255) gAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGATGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 4:166375/149‑1 (MQ=255) tttCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGAGTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc > 1:29349/1‑149 (MQ=255) tCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg > 3:144977/1‑149 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 2:29349/147‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtg > 3:100397/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAAAGGTTCTGTGGAGTTCGTGACGGCTGCGGTGAACCtg > 1:190128/1‑149 (MQ=255) cAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt < 3:66054/149‑1 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa < 2:80222/149‑1 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 8:278564/131‑1 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 7:278564/1‑131 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCg < 4:144977/148‑1 (MQ=255) ccGACTGGGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGGTGCCTGGGCTGTC‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGAGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 1:179468/148‑1 (MQ=38) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCg > 1:274678/1‑149 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGGTGTCGGGGGGCATTGTTTTGTTGCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 3:22151/149‑1 (MQ=38) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 2:274678/147‑1 (MQ=255) tggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTACTGTGCTGGGGGTGACGGCTGTGGTGAGCCTGTGGGAGCGGGCGTGgcc > 5:241385/1‑149 (MQ=38) ggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaa < 5:236104/149‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 6:42791/1‑116 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 5:42791/116‑1 (MQ=255) cTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt < 4:117431/124‑1 (MQ=255) 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tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt > 6:247237/1‑118 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 5:173659/122‑1 (MQ=255) gtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg > 6:173659/1‑122 (MQ=255) tgggTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGTATTCTGGGTTGCCTGGGCGG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGc < 8:161936/146‑1 (MQ=255) ggTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGCCGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTaa < 2:214837/149‑1 (MQ=255) gTGGGATTTGTTTTGTTTCCTTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAAt < 4:100397/149‑1 (MQ=37) cccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGGACGGAGCAGTGCGAGCCGGCGGTGGGGCCCCAGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTCACCAGCGAAAGCAAGGTGTTAGGctcag > 6:65471/1‑147 (MQ=255) gATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGt < 7:295934/149‑1 (MQ=255) cTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGGGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGGCCGCa > 1:85507/1‑149 (MQ=255) | CCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCA > NC_002947/1419400‑1419687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |