Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,587,622:1 | +A | 7.5% | coding (458/915 nt) | catA‑II → | catechol 1,2‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,587,622 | 1 | . | A | 7.5% | 203.0 / 10.7 | 53 | coding (458/915 nt) | catA‑II | catechol 1,2‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (27/22); new base A (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.94e-01 |
ACCATCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGC > NC_002947/3587474‑3587767 | aCCATCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAc < 2:258425/149‑1 (MQ=255) aaGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCAACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGAc > 5:65848/1‑149 (MQ=255) ccGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCtgtg > 1:16766/1‑149 (MQ=255) ttGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCg < 5:99511/139‑1 (MQ=255) ttGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCg > 6:99511/1‑139 (MQ=255) tACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGc < 2:16766/149‑1 (MQ=255) cGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCACAGGTCGACC‑GTGGCacccgg < 2:3231/149‑6 (MQ=255) gcgcACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGt < 7:246643/149‑1 (MQ=255) cGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTAcc < 1:123460/149‑1 (MQ=255) cccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGc > 2:271478/1‑127 (MQ=255) cccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGc < 1:271478/127‑1 (MQ=255) cAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGtt > 5:252767/1‑149 (MQ=255) aaGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATg > 3:108126/1‑123 (MQ=255) aaGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATg < 4:108126/123‑1 (MQ=255) aGGAGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGCTGATGATCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGCGTGCCAC‑GGTCGACCTCTGGCATGcc > 5:110903/1‑124 (MQ=255) ggTGAATTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGACGTTCCGGGAAGGCCAGGTGCTGGACCGGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGttctt < 4:82131/149‑1 (MQ=255) gTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGGGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGttcttc < 5:261040/149‑1 (MQ=255) aaGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGa < 6:252767/148‑1 (MQ=255) aTGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCtg > 7:255742/1‑102 (MQ=255) aTGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCtg < 8:255742/102‑1 (MQ=255) ggACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACTGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGt > 7:188438/1‑149 (MQ=255) ggACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGa > 7:220973/1‑138 (MQ=255) ggACGACCGCAGCGAGCAGGGCGTGGCCACGGTGATGCTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCGGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGa < 8:220973/138‑1 (MQ=255) cgacgGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTCGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCAAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAACGCCAGTCgg > 5:190610/1‑149 (MQ=255) gacgGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGc > 8:145049/1‑149 (MQ=255) cAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTAc > 8:108525/1‑148 (MQ=255) tGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑Ggcg > 6:252464/1‑148 (MQ=255) ggCCACGGTGATGTACCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAA‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGAGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCa > 5:113578/1‑149 (MQ=255) gcgactgTGATGTTGCTGGAAGGCCAGGTGCTGTACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCTACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑TGGGCAt < 6:113578/143‑1 (MQ=255) gCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCg < 7:256339/105‑1 (MQ=255) gCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCg > 8:256339/1‑105 (MQ=255) gCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCAt > 1:186848/1‑149 (MQ=255) ccACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATc < 3:187863/149‑1 (MQ=255) aCGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGt > 2:245680/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGc > 6:108806/1‑149 (MQ=255) tGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAg > 2:66003/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACTGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACATCCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAgg < 8:188438/148‑1 (MQ=255) gAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGTCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGCCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGccaacgg > 8:304135/1‑144 (MQ=255) gCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGgcgc < 6:65848/149‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTa > 2:195688/1‑149 (MQ=255) tgtgACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATAGCCGTGGTACCTACTAGTTCTTCGACCATAGCGAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTAgcgcgc < 6:190610/146‑1 (MQ=255) aCGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGt > 8:271566/1‑112 (MQ=255) aCGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGt < 7:271566/112‑1 (MQ=255) aCGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATc > 3:241540/1‑149 (MQ=255) gACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTg < 5:108806/149‑1 (MQ=255) gACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGGGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGTCGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGt < 1:245680/149‑1 (MQ=255) gCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCCGCAAACAACCTG‑AATCGGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGc > 1:103676/1‑148 (MQ=255) catGCCACAGGTCGACC‑GTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCt > 3:306385/3‑127 (MQ=255) catGCCACAGGTCGACC‑GTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCt < 4:306385/125‑1 (MQ=255) catGCCACAGGTCGACC‑GTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATgg > 1:285259/3‑149 (MQ=255) ccAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGc > 4:88699/1‑149 (MQ=255) ccAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGc < 5:252464/149‑1 (MQ=255) aC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAggg > 1:313672/1‑104 (MQ=255) aC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAggg < 2:313672/104‑1 (MQ=255) | ACCATCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTG‑CGTC‑GGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGC > NC_002947/3587474‑3587767 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |