| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 995878 = | 62 (1.230) | 5 (0.100) | 4/246 | NT | 7.5% | coding (1718/2550 nt) | PP_0860 | sulfite reductase flavoprotein subunit |
| ? | NC_002947 | 995921 = | 65 (1.350) | coding (1675/2550 nt) | PP_0860 | sulfite reductase flavoprotein subunit | |||||
TGCTGGCGTCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACTTCCACC > NC_002947/995774‑996066 | tgctgGCGTCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCg > 8:171800/1‑149 (MQ=255) cagcaggagctggcgcaactgaccggtgtccagccagtggccgcctggcagccgccaacctttgccaactggtcactggtgcgccgcgaactgctcaaccccgGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCgg > 4:235793‑M1/104‑149 (MQ=255) ctgGCGTCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCggg < 2:32394/149‑1 (MQ=255) ctgGCGTCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCggg < 4:253669/149‑1 (MQ=255) gcttCCAGTGCCTTGCCCTTGTTGAACTCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTAGCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGTTTCTGCAG‑CCTGGAGTCCTAGCAGGTTCACCGGTTGGGCTTGGCTGCAGGGGt < 5:53314/145‑1 (MQ=255) gCGTCCAGTGCCATGCCCTTTAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGtt < 8:7230/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGa < 1:4278/149‑1 (MQ=255) tCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAg > 5:14042/1‑149 (MQ=255) agctggcgcaactgaccggtgtccagccagtggccgcctggcagccgccaacctttgccaactggtcactggtgcgccgcgaactgctcaaccccgGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCgg > 6:62786‑M1/97‑142 (MQ=255) agctggcgcaactgaccggtgtccagccagtggccgcctggcagccgccaacctttgccaactggtcactggtgcgccgcgaactgctcaaccccgGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCgg < 5:62786‑M1/46‑1 (MQ=255) cAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAg > 8:72178/1‑147 (MQ=255) cAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGATTCCCAGCTCGCAGGTTCTGAAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAg > 8:153515/1‑147 (MQ=255) tGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGtt > 5:253034/1‑149 (MQ=255) cccTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAGTACTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCgcgg < 1:92294/148‑1 (MQ=255) cccTTGAGGAACGCGTCGATCAGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCgcggcg > 6:318428/1‑149 (MQ=255) cTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGcc < 7:51260/126‑1 (MQ=255) cTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGcc > 8:51260/1‑126 (MQ=255) cTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCa < 7:171800/149‑1 (MQ=255) ttGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCAc > 8:96590/1‑149 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cccATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACTCCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTggc < 1:214299/148‑1 (MQ=255) cccATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCATCCCACCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGCCCAACCAGGTACACCGGTTGGCCTTGCCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCTGTTGGCAAAGGTTggcg > 8:124403/1‑149 (MQ=255) ccATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTggcgg < 6:14042/149‑1 (MQ=255) cATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTggcggc > 5:87099/1‑149 (MQ=255) aTTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCt < 7:72178/149‑1 (MQ=255) aTTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCt < 8:82030/149‑1 (MQ=255) tCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGc > 5:84260/1‑149 (MQ=255) tttCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCAct < 6:23954/149‑1 (MQ=255) tCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCActgg > 3:44760/1‑149 (MQ=255) tCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCActg < 2:263404/148‑1 (MQ=255) 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tCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGc > 3:108841/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGCCTGGACACCCGTCCGTTGCGCCAGATc > 8:120804/1‑149 (MQ=255) aGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCct > 1:40436/1‑149 (MQ=255) gTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCActgg < 2:94485/118‑1 (MQ=255) gTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCActgg > 1:94485/1‑118 (MQ=255) gTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTc > 1:81999/1‑145 (MQ=255) 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acacCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATtgctg < 6:309897/133‑1 (MQ=255) acCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGc > 3:208821/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGtt < 2:19199/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCa > 3:194995/1‑99 (MQ=255) gTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCa < 4:194995/99‑1 (MQ=255) gcctgcaggctgcCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTc < 3:235793‑M2/136‑1 (MQ=255) gCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTcc < 4:208821/148‑1 (MQ=255) gCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCa > 2:35448/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCAc > 3:142823/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCAc < 7:276796/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCAc > 2:221483/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACt > 7:118783/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACt < 1:221483/149‑1 (MQ=255) tgcCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACTTCCa < 8:10574‑M2/144‑1 (MQ=255) tgcCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACTTCCa > 7:10574‑M2/4‑147 (MQ=255) tgcCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACTTCCAcc > 4:79269‑M2/4‑149 (MQ=255) cCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTgc < 2:209271‑M2/89‑1 (MQ=255) cCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTgc > 1:209271‑M2/2‑90 (MQ=255) | TGCTGGCGTCCAGTGCCATGCCCTTGAGGAACGCGTCGATCCGTGGCTGCCCATTCAGCGGCAGTATTTCTACCAGATCGCCGGCTTCCCAGCTCGCAGGTTCTGCAG‑CCTGCAGGCCAAGCAGGTACACCGGTTGGCCTTGGCTGCCGGGGTTGAGCAGTTCGCGGCGCACCAGTGACCAGTTGGCAAAGGTTGGCGGCTGCCAGGCGGCCACTGGCTGGACACCGGTCAGTTGCGCCAGCTCCTGCTGCCATTGCTGCAGGGCGGCCTGGTCGGCGTTGTCCACTTCCACC > NC_002947/995774‑996066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |