New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1594513 | 53 (1.050) | 3 (0.060) | 3/244 | NT | 5.9% | coding (910/1320 nt) | kgtP | alpha‑ketoglutarate permease |
? | NC_002947 | = 1594561 | 45 (0.940) | coding (862/1320 nt) | kgtP | alpha‑ketoglutarate permease |
GTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGCTCCTTGGGGTGACGCAGCAGGGTGCGCAT > NC_002947/1594416‑1594708 | gtgtGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATgg > 1:135692‑M2/1‑146 (MQ=255) tgCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATggtggt > 5:209031‑M2/1‑143 (MQ=255) ggATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATg > 1:211907/1‑149 (MQ=255) gATGGGGACGGGGCACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGc < 3:4094/149‑1 (MQ=255) tgggACGGAGATCTGGGTGCCGAGCACTCCGTAGGCGATCAGGATCGGACGGCTGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAAGAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGTTGGTGGTCGAGTCACTGATtctc < 8:298611/147‑1 (MQ=255) ggggACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTc > 4:304505/1‑148 (MQ=255) gggACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCAt < 7:131774/149‑1 (MQ=255) gACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGc < 6:77744/149‑1 (MQ=255) tGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACg > 2:66054/1‑149 (MQ=255) tGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATAGTGGTCGAGTCACTGATGCTCCTGCCCACg > 7:227314/1‑149 (MQ=255) gAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTg < 4:78686/133‑1 (MQ=255) gAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTg > 3:78686/1‑133 (MQ=255) aaCAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACgg < 3:176981/148‑1 (MQ=255) aCAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGgtg < 5:184470/149‑1 (MQ=255) aGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGtt < 5:149390/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGAc > 4:93821/1‑147 (MQ=255) gCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGACTGCAGGCACAGGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGACATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGTTAt > 7:219870/1‑149 (MQ=255) acacCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTAttt < 3:304505/149‑1 (MQ=255) acCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTAtt > 6:37591/1‑146 (MQ=255) acCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTAtt < 5:37591/146‑1 (MQ=255) ccGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTg < 2:117507/149‑1 (MQ=255) cGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTg > 8:277407/1‑148 (MQ=255) cGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGc < 7:277407/149‑1 (MQ=255) ggCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGt < 1:66054/149‑1 (MQ=255) gCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATg > 6:271563‑M2/1‑92 (MQ=255) gCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATg < 5:271563‑M2/93‑2 (MQ=255) gCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACGGATGCTCCTGCCCACGGGGTTGACCAGGGATTTCTggagg > 8:268267/1‑143 (MQ=255) tCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAggtg < 3:93821/149‑1 (MQ=255) tCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAggtg < 2:211907/149‑1 (MQ=255) gtaCGGCGGCCGTTCTTGTCGGACAGACCTCCGATCATCGACTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTTGCGGCCGTGATGGTGGTGGAGTGAGTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTgttgtaggt < 8:219870/147‑1 (MQ=255) ggACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATAGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTggtgtaggt < 8:227314/149‑1 (MQ=255) ggcCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTggtgtagg < 8:22783/141‑1 (MQ=255) ggcCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTggtgtagg > 7:22783/1‑141 (MQ=255) gACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTgccgcc > 8:216989/1‑149 (MQ=255) cAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATggtggtctgtccgacaagatcggccgccgtccgatcctgatcgccttcggtgtgctcggcaccctgttcaccgtccccatcctcagcaccct < 7:282833‑M2/149‑93 (MQ=255) accaccGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGc > 1:44819/1‑74 (MQ=255) accaccGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGc < 2:44819/74‑1 (MQ=255) accaccGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATgg > 6:146499/1‑149 (MQ=255) caccGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATggtggtctgtccgacaagatcggccgccgtccgatcctgatcgccttcggtgtgctcggcaccctgttcaccgtcc > 8:215774‑M2/1‑52 (MQ=255) caccGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATggtggtctgtccgacaagatcggccgccgtccgatcctgatcgccttcggtgtgctcggcaccctgttcaccgtcc < 7:215774‑M2/128‑77 (MQ=255) tcGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAg < 7:286684/85‑1 (MQ=255) tcGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAg > 8:286684/1‑85 (MQ=255) ggCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCgacgac < 7:216989/149‑1 (MQ=255) gCACTTGAACAGGATCAGCGTGGCGGCCGTGATGGTGGTCGAGTCACTGATTCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGtcatca < 2:271847/149‑1 (MQ=255) gCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGtcat > 6:301114/1‑147 (MQ=255) acaTGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGc > 6:130259/1‑149 (MQ=255) acaggaacagGGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGCTCCTTg < 8:45768/149‑1 (MQ=255) aggaacagCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGCTCCTTggg < 5:130259/149‑1 (MQ=255) agCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGacgacg > 4:143086/1‑126 (MQ=255) agCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGacgacg < 3:143086/126‑1 (MQ=255) ggcCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGCTCCTTGGGGTGACGCAGCAggg > 2:96469/1‑149 (MQ=255) ggcCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGCTCCTTGGGGTGACGCAGCAggg > 8:60593/1‑149 (MQ=255) aTggtggtctgtccgacaagatcggccgccgtccgatcctgatcgccttcggtgtgctcggcaccctgttcaccgtccccatcctcagcaccctgcacaccatccagacctggtggggtgcgttcttcctgatcatggccgcactgatc > 8:282833‑M2/1‑2 (MQ=255) | GTGTGCAGGGTGCTGAGGATGGGGACGGTGAACAGGGTGCCGAGCACACCGAAGGCGATCAGGATCGGACGGCGGCCGATCTTGTCGGACAGACCACCGATCATCGGCTGCAGGCACATGAACAGGAACAGCGTGGCGGCCGAGATGGTGGTCGAGTCACTGATGCTCATGCCCACGGTGTTGACCAGGTATTTCTGCATGTAGGTGGTGTAGGTGTAGAAGGCCAGGGTGCCGCCCATGGTCAGACCGACGACGGTCATCAGCTCCTTGGGGTGACGCAGCAGGGTGCGCAT > NC_002947/1594416‑1594708 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |