New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3649513 | 46 (0.910) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.5% | intergenic (+990/+701) | PP_3214/PP_3216 | hypothetical protein/cysteine dioxygenase |
? | NC_002947 | = 3649574 | 42 (0.870) | intergenic (+1051/+640) | PP_3214/PP_3216 | hypothetical protein/cysteine dioxygenase |
CCTCGGTCGTACGCGGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCACGCGCAGCACCAGTTCGGCGCCGGGCACGC > NC_002947/3649429‑3649721 | ccTCGGTCGTACGCGGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGcc > 2:196637‑M2/1‑146 (MQ=255) cGGTCGTACGCGGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCa > 8:141675/1‑149 (MQ=255) gTCGTACGCGGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCAcc < 1:157463/149‑1 (MQ=255) cgcgGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGAtt < 2:245979/148‑1 (MQ=255) gcgGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTgg > 2:244547/1‑149 (MQ=255) tGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGc > 2:245339/1‑149 (MQ=255) tGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGc > 1:25951/1‑149 (MQ=255) cTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATg < 8:135581/146‑1 (MQ=255) cTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCg < 2:97547/149‑1 (MQ=255) cTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCg < 8:218975/149‑1 (MQ=255) cGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCAt > 1:231765/1‑149 (MQ=255) cccGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTg < 3:184839/149‑1 (MQ=255) cGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGAt < 5:40122/149‑1 (MQ=255) gCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGa < 7:141675/147‑1 (MQ=255) cggcggCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTgg < 1:245339/149‑1 (MQ=255) cggcggCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTgg < 4:170604/149‑1 (MQ=255) cggcggCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTgg > 1:83628/1‑149 (MQ=255) ggcgTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGc < 2:20586/149‑1 (MQ=255) gcgcGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCgatgat > 5:69602/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGc < 8:65075/149‑1 (MQ=255) gTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACg > 2:18301/1‑149 (MQ=255) aCCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACggg < 5:249594/148‑1 (MQ=255) aCCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGt < 1:244547/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGca < 2:83628/149‑1 (MQ=255) cTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGCTTGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGca > 1:219765/1‑149 (MQ=255) cTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGt > 6:234230/1‑138 (MQ=255) cTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGt < 5:234230/138‑1 (MQ=255) ggaaaaGCGGGGGTCCTGACTATTAGCCAGTTTC‑TTCCCCGCCATGGTCCTGCCGATGGTGCCATTGCGCAGTGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGTTCAGCGACTTGGTGCAGATTATGCTACGGGTGCTCCCGGcaca < 4:251005/144‑1 (MQ=255) ggCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGccgccgctttgccgaggtcaccgcggttacccgcgccaacgccgccggccaggcccgggcggtagcagaccgcg < 3:132197‑M2/148‑75 (MQ=255) cAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGtt > 8:92410/1‑148 (MQ=255) cAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGtt > 1:51523/1‑148 (MQ=255) aaaGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGa < 1:18301/149‑1 (MQ=255) gcggTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGccgccgctttgccgaggtcaccgcggttacccgcgccaacgccgccggccaggcccgggcggtagcagaccgcgtacgaccgag > 4:132197‑M2/1‑65 (MQ=255) cggTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCAc < 6:69602/149‑1 (MQ=255) ccTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGccgccgctttgccgaggtcaccgcggttacccgcgccaacgccgccggccaggcccgggcggtagcagaccgcgtacgaccgaggaata < 5:2694‑M2/149‑90 (MQ=255) ccAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGt > 7:69920/1‑147 (MQ=255) cAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAg < 2:231765/149‑1 (MQ=255) aGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAgg > 3:288741/1‑149 (MQ=255) gTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGgc < 2:219765/149‑1 (MQ=255) gTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGgc > 6:46259/1‑149 (MQ=255) cccGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTc > 7:210362/1‑149 (MQ=255) cAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCTCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCa < 8:228336/149‑1 (MQ=255) aGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCAc < 2:51523/149‑1 (MQ=255) ggTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCAcgc < 2:25951/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCAcgcg > 7:26496/1‑147 (MQ=255) aGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCTGCACAGTTGACGATCACCTGGGt < 8:33753/115‑1 (MQ=255) aGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGt > 7:33753/1‑115 (MQ=255) gCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCACGCGCAGCACCAGTTCgg > 1:221785/1‑149 (MQ=255) aGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCACGCGCAGCACCAGTTCGGCGCCGGGCAc > 5:321008/1‑149 (MQ=255) gggccgccgctttgccgaggtcaccgcggttacccgcgccaacgccgccggccaggcccgggcggtagcagaccgcgtacgaccgaggaatacagcgccggtcatctgccgggcagccgcccggtgcccggcgggcaactggttcaaga > 6:2694‑M2/1‑3 (MQ=255) ggCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCACGCGCAGCACCAGTTCGGCGCCGGGCACGc > 5:210155/1‑149 (MQ=255) | CCTCGGTCGTACGCGGTCTGCTACCGCCCGGGCCTGGCCGGCGGCGTTGGCGCGGGTAACCGCGGTGACCTCGGCAAAGCGGCGGTCCTGACCATGAGCCAGTTGC‑TGCCCCGCCAGGGTCCAGCCGATGGTGCCATTGCGCAGGGCCGCCACCGGATTGGGAATGCCGGCATTGATCAGCGACTGGGTGCCGATGATGCTACGGGTGCGCCCGGCACAGTTGACGATCACCTGGGTCGCCGGGTCAGGCGCCAGTTCGGCCACGCGCAGCACCAGTTCGGCGCCGGGCACGC > NC_002947/3649429‑3649721 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |