| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,340,089 | G→C | 28.8% | intergenic (+74/‑257) | ribAB‑II → / → PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,340,089 | 0 | G | C | 28.8% | 35.6 / 15.2 | 31 | intergenic (+74/‑257) | ribAB‑II/PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/11); new base C (6/3); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
ATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCCGGCAC > NC_002947/4339943‑4340234 | aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGAc < 8:115731/149‑1 (MQ=255)aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGAc > 2:189022/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑cgcg < 8:186571/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑cgcg < 1:189022/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATT‑CGCgg < 3:313967/149‑1 (MQ=25) tGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACACGCGAA‑TGAGAGGGTGACACCACCGACCC‑ATT‑ACCggg > 7:214867/1‑149 (MQ=255) gCGGGCTAAGACCTGGCGGGGGTGCAGATCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGCTGGCTGCCAACACACAACCAAATGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGACCGGGTTTACCCGCGAATTGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGt < 1:42762/149‑1 (MQ=37) gCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCAGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATT‑CGCGGGTAAAcc < 1:35188/149‑1 (MQ=21) tGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCt < 1:95875/149‑1 (MQ=255) gagCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCACTGTAGGAGCGGGTTTAACACCGAA‑TGCGACGGTGACAACACCCACGC‑AAT‑ACCCGGTTAACCCGCACCTACACGGCCCCAGGTg > 2:250028/1‑149 (MQ=255) ctggttatgtatgtCTTATAACACAAAACTATTTTATTTAGGGGGGCCTTTTAGTAGCGGGTTTACCCGTTAA‑TGGTTGGGTTACACCACCTACTC‑TTT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGa < 8:214867/143‑1 (MQ=255) ggggATGGATGGCTTACAACACACAACCAATTTATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGCGGGTGACACCACCGACGCTATT‑GGCGGTTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAg < 1:250028/149‑1 (MQ=37) atggatggCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTc < 3:254389/110‑1 (MQ=255) atggatggCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTc > 4:254389/1‑110 (MQ=255) aaGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TTCGAGGGTGACACCACCGCCGG‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCCGTCGCCCCATACctct > 5:62132/1‑149 (MQ=255) cgggggcCCCGGTCGGCGGGGGTTTCCCCGCTAA‑GGCTTGGGTCCCACCACCG‑CCC‑ATTCCGGGGTTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTg < 4:197172/146‑1 (MQ=255) gCGGGGCCGTTTCGCCGCGGGTTCACCCGCTAT‑TGGGCGGGTCACCCCACCGACGA‑ATT‑CGCGGTTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTg < 7:21098/148‑1 (MQ=255) gggTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGatat > 1:63839/1‑149 (MQ=255) gTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATc < 7:138220/148‑1 (MQ=255) 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cgcgAA‑TGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 5:292495/1‑149 (MQ=25) cgcgAA‑TGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAc > 8:192112/1‑149 (MQ=25) gcgAA‑TGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAcc > 5:305866/1‑149 (MQ=25) gcgAA‑TGCGTCGGTGGTGTCACCCTCGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCGTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAcc > 6:101320/1‑149 (MQ=25) gcgAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGAcc > 4:195662/1‑149 (MQ=255) accGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCCGGCAc > 2:272262/1‑149 (MQ=255) | ATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑TGCGAGGGTGACACCACCGACGC‑ATT‑CGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCCGGCAC > NC_002947/4339943‑4340234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |