| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,446,491 | G→C | 8.9% | Y358* (TAC→TAG) | nicC ← | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,446,491 | 0 | G | C | 8.9% | 165.6 / 7.3 | 56 | Y358* (TAC→TAG) | nicC | 6‑hydroxynicotinate 3‑monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/28); new base C (3/2); total (26/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
CCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATGG > NC_002947/4446344‑4446636 | ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTg > 4:49068/1‑148 (MQ=255)ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTg > 3:300107/1‑148 (MQ=255)ccTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGt < 2:94353/149‑1 (MQ=255) gccgccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTaga < 4:300107/148‑1 (MQ=255) gccATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGc > 1:256730/1‑147 (MQ=255) aTAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAgga < 7:107950/149‑2 (MQ=255) cAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGc < 7:262907/149‑1 (MQ=255) gTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGtt < 8:210285/149‑1 (MQ=255) tAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAATCCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTg < 7:247995/149‑1 (MQ=255) tAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGtt < 1:277878/148‑1 (MQ=255) tAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGGCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGtt < 7:264797/148‑1 (MQ=255) cTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATAc > 5:26439/1‑149 (MQ=255) gcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAggaa < 4:266436/117‑3 (MQ=255) gcTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTCTACAGCCAggaa > 3:266436/1‑115 (MQ=255) cTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGcc < 3:49068/149‑1 (MQ=255) aCGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGccc < 4:20323/147‑1 (MQ=255) gTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGCCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGctc > 1:264088/1‑149 (MQ=255) ccacgaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCATCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCttt < 4:245810/148‑1 (MQ=255) ccaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGct > 2:41337/1‑141 (MQ=255) ccaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGct < 1:41337/141‑1 (MQ=255) ccaGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCgg > 2:111734/1‑149 (MQ=255) gacgaAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGc < 1:260272/149‑1 (MQ=255) ggTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCAACTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCAt > 6:87891/1‑148 (MQ=255) gTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATAc < 5:87891/149‑1 (MQ=255) gTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGAATCCACCTGCGATGCCCGCACTATGCGGTTGGCTTCATa > 5:47516/1‑148 (MQ=255) cTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACaa < 5:249877/148‑1 (MQ=255) cgtCCCCGCTTACAAGGTCCTGCCCATCGTGGTCGGAGCCGTAAACCCAGGCTTGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGTTTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGcc < 6:327178/147‑1 (MQ=255) tCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGct < 5:162894/115‑1 (MQ=255) tCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGct > 6:162894/1‑115 (MQ=255) ccGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCg > 1:212406/1‑149 (MQ=255) gCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCggt > 5:263574/1‑149 (MQ=255) cTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTgg < 6:138138/121‑1 (MQ=255) cTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTgg > 5:138138/1‑121 (MQ=255) tttCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCggtgg > 4:107655/1‑149 (MQ=255) aaGCTGCTGACCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGAGTTGGCGTTTGATACCGATTGCACATGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCg > 2:107503/1‑148 (MQ=255) ctgctgCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACa > 4:88807/1‑149 (MQ=255) gctgcCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGc > 1:101781/1‑149 (MQ=255) tgcCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCTCTCTTTGCGGtt < 5:210143/107‑1 (MQ=255) tgcCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCACTCTTTGCGGtt > 6:210143/1‑107 (MQ=255) cccATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCgg > 5:145502/1‑149 (MQ=255) tAGAGGTCATAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGtctc < 1:111734/149‑1 (MQ=255) gagGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGctct > 4:132539/1‑91 (MQ=255) gagGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGctct < 3:132539/91‑1 (MQ=255) gTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTgca < 6:26439/149‑1 (MQ=255) cGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCgg > 8:269445/1‑149 (MQ=255) cGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCgg < 3:107655/149‑1 (MQ=255) gATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTgca > 2:244946/1‑126 (MQ=255) gATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTgca < 1:244946/126‑1 (MQ=255) gATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCgg < 2:140128/134‑1 (MQ=255) gATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCgg > 1:140128/1‑134 (MQ=255) gATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCcgcg > 5:49154/1‑149 (MQ=255) acaccTGGCTCTACAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTcc > 6:257620/4‑149 (MQ=255) accTGGCTCTACAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTc > 6:244530/2‑149 (MQ=255) cTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGa < 2:212406/149‑1 (MQ=255) ggCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCgg > 2:239472/1‑125 (MQ=255) ggCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCgg < 1:239472/125‑1 (MQ=255) gCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATgg < 6:49154/149‑1 (MQ=255) gCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATgg < 1:118458/149‑1 (MQ=255) | CCTTGCCGCCATAGCGCAGGTAATGCTGGCGGATGCCATTGGCGCTGACGTTACCACCAGCGACGAAGGTGCTCATGCCGCCTCCCCGCTTTCAAGCTGCTGCCCATAGAGGTCGTAGCCGTAAACCCAGGCTGGATCTTCCTGGCTGTAGAGCCAGGTGTTGGCGTTGGATACCGATTGCACCTGCGATGCCCGCTCTTTGCGGTTGGCTTCATACAACGCGAACGCCGTGCGGTGGTCGGACAGCCCGGTCTCCTGCAGGCAGCGGGTCAGCATGGCCGCGTCCTCGATGG > NC_002947/4446344‑4446636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |