Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,526,009 | A→G | 7.8% | K314E (AAG→GAG) | mnmA → | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,526,009 | 0 | A | G | 7.8% | 145.6 / 2.6 | 51 | K314E (AAG→GAG) | mnmA | tRNA 2‑thiouridine(34) synthase MnmA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/21); new base G (2/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
CGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTGGGCGGCGGCG > NC_002947/4525864‑4526156 | cGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAg < 3:179501/148‑1 (MQ=255) tgctgcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTg < 3:160809/149‑1 (MQ=255) ctgcACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTgc < 2:158836/148‑1 (MQ=255) cacaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCt < 5:55535/148‑1 (MQ=255) acaAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTAc < 5:131775/149‑1 (MQ=255) aGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGc < 8:240977/149‑1 (MQ=255) tGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAATGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAg < 3:277511/131‑1 (MQ=255) aGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCAcc > 3:177308/1‑149 (MQ=255) gggCAACGAGCAACCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTAGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCg > 5:105491/1‑149 (MQ=255) ggCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGc > 1:186689/1‑149 (MQ=255) cGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCg < 8:9657/149‑1 (MQ=255) gAGCACACATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCgg > 4:271185/1‑149 (MQ=255) cACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTa > 1:178263/1‑149 (MQ=255) cccATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTAcc > 7:246590/1‑149 (MQ=255) ttCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCgtgt < 2:186689/148‑1 (MQ=255) tctcCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTc > 6:10113/1‑149 (MQ=255) ccGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgac > 7:272542/1‑148 (MQ=255) cgcgCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTcgacga < 8:246590/149‑1 (MQ=255) cgcCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGc < 4:177308/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACcgc > 3:307125/1‑130 (MQ=255) ccTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACcgc < 4:307125/130‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCt > 3:31904/1‑148 (MQ=255) ctgctgGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCGGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCa < 1:155358/149‑1 (MQ=255) gCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAgcgcgc > 2:281109/1‑149 (MQ=255) tCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTAc < 6:324774/117‑1 (MQ=255) tCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTAc > 5:324774/1‑117 (MQ=255) tCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGt > 3:235338/1‑149 (MQ=255) ggAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTg < 3:271185/148‑1 (MQ=255) gAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGAc > 5:323123/1‑149 (MQ=255) gAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGGGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGAc > 5:104998/1‑149 (MQ=255) aaaTTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACg < 4:31904/149‑1 (MQ=255) cTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGc < 3:86049/148‑1 (MQ=255) tCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCg > 7:254442/1‑149 (MQ=255) aCCCGGTCGTCCTCGGCAGCCGACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCAGCCTGGAACGCACCTCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGAAGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCggtg < 6:105491/149‑1 (MQ=255) aCCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCggtg < 4:235338/149‑1 (MQ=255) gcaCCTTGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTc > 4:60911/3‑148 (MQ=38) gACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTa < 6:323123/149‑1 (MQ=255) aCCTTGGCAGTCAACTGCCGTGGGCTGCCGAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTac > 2:204272/1‑149 (MQ=255) cTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCggtg < 6:128453/138‑1 (MQ=255) cTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCggtg > 5:128453/1‑138 (MQ=255) gCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGc > 1:81009/1‑149 (MQ=255) cACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAgtg > 2:42181/1‑149 (MQ=255) cGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGtgtg > 4:196165/1‑149 (MQ=255) cAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCt > 7:72600/1‑149 (MQ=255) tgggcTGCCGAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTggg < 3:60911/145‑1 (MQ=255) tGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTGggcggcg > 2:167227/1‑149 (MQ=255) tGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTGggcggcg > 7:104317/1‑149 (MQ=255) ccAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTGggcggcggc > 7:147508/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCt < 8:176156/119‑1 (MQ=255) cAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCt > 7:176156/1‑119 (MQ=255) cAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTGGgcggcggcg > 2:58341/1‑149 (MQ=255) | CGTGCTGCACAAGGACCTGGCCCGCAACGTGCTGGTGGTCGGCCAGGGCAACGAGCACCCATGGCTGTTCTCCCGCGCCCTGCTGGCCTCGGAAATTTTCTGGGTCAACCCGGTCGACCTCGGCAGCCCACGGCAGTTGACTGCCAAGGTGCGCTACCGCCAGAGCGACCAGCGATGCACCCTGGAACGCACCGCCAGCGGCTACCGCGCCGTGTTCGACGAGCCTCAGCGCGCCGTGACGCCGGGCCAGTCGGTGGTGTTCTACGACGGCGAAGTGTGCCTGGGCGGCGGCG > NC_002947/4525864‑4526156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |