Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,585,478 | C→T | 8.3% | A36T (GCC→ACC) | glgE ← | alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,585,478 | 0 | C | T | 8.3% | 135.5 / 2.9 | 48 | A36T (GCC→ACC) | glgE | alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/21); new base T (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 |
GTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCT > NC_002947/4585332‑4585622 | gTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGCCCTTGgcggcg > 5:134606/1‑148 (MQ=255) gTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGCCGGCCTTGGCGGCGAAGc > 7:141909/1‑149 (MQ=255) ccgccgACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCg < 8:115233/149‑1 (MQ=255) ccgACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCg < 8:297995/149‑1 (MQ=255) tGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGTGAAGCTGCCGGCGTCGAg > 7:133021/1‑149 (MQ=255) aTCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCAc > 5:313400/1‑149 (MQ=255) ggCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACgg < 6:313400/148‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCt > 7:41097/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGgt < 1:10435/143‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGgt > 2:10435/1‑143 (MQ=255) cAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTc > 4:183014/1‑149 (MQ=255) aGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTc > 4:176096/1‑148 (MQ=255) aGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCg < 3:176096/149‑1 (MQ=255) cGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCAc > 3:290422/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTgg < 6:134606/149‑1 (MQ=255) gCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTgg < 4:290422/149‑1 (MQ=255) cATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGTGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTgg < 8:133021/148‑1 (MQ=255) aTCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGc > 2:157856/1‑149 (MQ=255) cGCCAGGCGGTCGTGGCCGGCGCGGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGc < 8:141909/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCt > 5:218873/1‑148 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAgg > 5:141957/1‑131 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAgg < 6:141957/131‑1 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCggg > 2:113549/1‑149 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGACCAGGCCATTAGCCTGGcccag < 1:311632/148‑3 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGACCAGGCCATTAGCCTGGcccag > 2:311632/1‑146 (MQ=255) cTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCa > 1:113705/1‑149 (MQ=255) gTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATgg < 8:41097/148‑1 (MQ=255) gACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTc < 8:280453/72‑1 (MQ=255) gACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTc > 7:280453/1‑72 (MQ=255) aCGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCCACAGCGCCTgg > 3:72326/1‑102 (MQ=255) aCGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTgg < 4:72326/102‑1 (MQ=255) ccACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTggg < 5:276233/60‑1 (MQ=255) ccACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTggg > 6:276233/1‑60 (MQ=255) ccACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTc > 1:25132/1‑148 (MQ=255) cacaGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCaa < 4:59134/149‑1 (MQ=255) acaGGCTGGCCTCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCaaa < 8:261745/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAggg < 1:113549/149‑1 (MQ=255) cGCTGACGGCCTTGGCGGTGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGtt > 4:226997/1‑148 (MQ=255) gCTGACGGCCTTGGCGGTGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTc < 3:226997/149‑1 (MQ=255) gCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTc > 3:262611/1‑149 (MQ=255) cTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCg < 3:183014/149‑1 (MQ=255) cTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCg < 1:157856/149‑1 (MQ=255) tGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGt > 7:121183/1‑149 (MQ=255) gcGGCCTTGGCGGCGTATCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGGGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCCGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGa < 6:200668/148‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGa > 5:200668/1‑147 (MQ=255) gCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACAt > 2:181954/1‑149 (MQ=255) gcTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTc < 3:228414/126‑1 (MQ=255) ccTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTc > 4:228414/1‑127 (MQ=255) cTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCg > 7:132983/1‑149 (MQ=255) gcggcgAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATTGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCt < 8:121183/149‑1 (MQ=255) | GTCGTTGCCCGCCGACTGCATCGGCACGCAATGCCAGCGCCGGCTGTGGGCCTGGCGCCAGTTGAGCATCACCGCCAGGCGGTCGTGGCCGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCT > NC_002947/4585332‑4585622 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |