Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,585,555 | A→T | 11.8% | I10N (ATT→AAT) | glgE ← | alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,585,555 | 0 | A | T | 11.8% | 130.3 / 8.4 | 51 | I10N (ATT→AAT) | glgE | alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/22); new base T (4/2); total (27/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 |
CGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACGGCAGCTG > NC_002947/4585421‑4585703 | cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCggg > 2:113549/1‑149 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGACCAGGCCATTAGCCTGGcccag > 2:311632/1‑146 (MQ=255) cGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGACCAGGCCATTAGCCTGGcccag < 1:311632/148‑3 (MQ=255) cTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCa > 1:113705/1‑149 (MQ=255) gTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATgg < 8:41097/148‑1 (MQ=255) ccACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTc > 1:25132/1‑148 (MQ=255) cacaGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCaa < 4:59134/149‑1 (MQ=255) acaGGCTGGCCTCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCaaa < 8:261745/149‑1 (MQ=255) ggCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAggg < 1:113549/149‑1 (MQ=255) cGCTGACGGCCTTGGCGGTGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGtt > 4:226997/1‑148 (MQ=255) gCTGACGGCCTTGGCGGTGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTc < 3:226997/149‑1 (MQ=255) gCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTc > 3:262611/1‑149 (MQ=255) cTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCg < 1:157856/149‑1 (MQ=255) cTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCg < 3:183014/149‑1 (MQ=255) tGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGt > 7:121183/1‑149 (MQ=255) gcGGCCTTGGCGGCGTATCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGGGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCCGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGa < 6:200668/148‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGa > 5:200668/1‑147 (MQ=255) gCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACAt > 2:181954/1‑149 (MQ=255) gcTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTc < 3:228414/126‑1 (MQ=255) ccTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTc > 4:228414/1‑127 (MQ=255) cTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCg > 7:132983/1‑149 (MQ=255) gcggcgAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATTGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCt < 8:121183/149‑1 (MQ=255) ccGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAg < 3:308830/148‑1 (MQ=255) cGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCtgg < 2:113705/149‑1 (MQ=255) cGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCtggtgg < 8:132983/149‑1 (MQ=255) cGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCtggtgg > 7:188884/1‑149 (MQ=255) aGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCg < 4:262611/149‑1 (MQ=255) tgtCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCa > 5:224559/1‑147 (MQ=255) cGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAggg < 4:3037/137‑1 (MQ=255) cGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAggg > 3:3037/1‑137 (MQ=255) cGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCCCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGcc < 7:177102/146‑1 (MQ=255) agATCACTATGCGTGGCGCCAACAGCGACTGGGCCAGGCTAATGGACTGGTACGGGTGATCGTTCGCCATGTGCACGCTTTCAAAGGTCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGcc < 2:25132/145‑1 (MQ=255) aTCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGca > 8:20607/1‑149 (MQ=255) cGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAgg > 4:48707/1‑149 (MQ=255) gATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGc > 5:27947/1‑149 (MQ=255) cGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCgggg < 6:27947/149‑1 (MQ=255) gTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCggggg > 3:275450/1‑149 (MQ=255) gcgcCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGtt < 7:20607/149‑1 (MQ=255) cgcCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCg < 8:158572/114‑1 (MQ=255) ccAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTCGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCa > 2:221233/1‑148 (MQ=255) gcCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAAtt > 5:306088/1‑148 (MQ=255) ccggaccAGGCCATTAGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTTCGCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGtt < 1:24768/107‑1 (MQ=255) ccggaccAGGCCATTAGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGtt > 2:24768/6‑111 (MQ=255) gggCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGCCCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGc > 4:143113/1‑148 (MQ=255) ggaccAGGCCATTAGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGc > 6:186665/4‑148 (MQ=255) ggaccAGGCCATTAGCCTGGCCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGc > 3:88987/4‑148 (MQ=255) cAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACg < 6:306088/149‑1 (MQ=255) ggCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACgg > 3:12826/1‑148 (MQ=255) ggCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACgg < 4:12826/148‑1 (MQ=255) gCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAAATGAGCGAACgg > 2:132476/1‑147 (MQ=255) tAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACGGCAGc > 7:41095/1‑149 (MQ=255) aTGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACGGCAGCTg < 1:221233/149‑1 (MQ=255) | CGTCGCTGTAGGCCTTGGTGCTGACGGCCACAGGCTGGCCGCTGACGGCCTTGGCGGCGAAGCTGCCGGCGTCGAGCACGGGTTGGGTGTCTTCGATCACGATGCGTGGCGCCAACAGCGCCTGGGCCAGGCTAATGGCCTGGTCCGGGTGATCGTTCGCCATGGGCACGCTTTCAAAGGGCTCGTTTCGTGACATCGACCTT‑GCTCCCTCAGGCTGGTGGCGGTAAGGGTTCAGAGCCGGGCACAGGCGGGGGGTTCAAAATAATTGAGCGAACGGCAGCTG > NC_002947/4585421‑4585703 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |