| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,958,620 | G→C | 7.9% | T27S (ACC→AGC) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,958,620 | 0 | G | C | 7.9% | 195.6 / 6.4 | 63 | T27S (ACC→AGC) | fliG | flagellar motor switch protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/30); new base C (2/3); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCTTTGATT > NC_002947/4958472‑4958767 | ctggCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTGGCTCTTCACCTGTTCGACCT‑TGTCACGGTGCACATTGCCGATCTGGGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCgg < 8:137302/147‑1 (MQ=255) ggCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGtc < 5:169917/149‑1 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGCTCTCGct > 5:316454/1‑148 (MQ=255) gtctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCACGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGc < 2:284754/148‑1 (MQ=255) ctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGcc > 3:60677/1‑147 (MQ=255) gtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGc > 8:31757/1‑148 (MQ=255) tcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGtct > 1:110436/1‑139 (MQ=255) tcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGtct < 2:110436/139‑1 (MQ=255) 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aTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGCTCTCGCTGGGCgagaccgatgc > 4:245459/1‑142 (MQ=255) aTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGCTCTCGCTGGGCgagaccgatgc < 3:245459/149‑8 (MQ=255) tGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGTCCT‑GGTCACGGTGCTCTTTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑TGCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCTCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCaggagg < 2:30448/149‑1 (MQ=255) gTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAggagga > 5:310991/1‑149 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATc > 1:191846/1‑149 (MQ=255) 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ccATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCa < 2:191846/149‑1 (MQ=255) cATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCAc < 2:193565/149‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCAc > 3:241719/1‑148 (MQ=255) aTCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACt > 3:237536/1‑149 (MQ=255) ccATGGCCACAACCCTACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCg < 1:272193/149‑1 (MQ=255) cATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCg > 6:128928/1‑149 (MQ=255) tGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGtt < 2:209317/149‑1 (MQ=255) ggCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGtt > 8:161081/1‑148 (MQ=255) ccAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGTCGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCg < 1:181546/127‑1 (MQ=255) ccAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCg > 2:181546/1‑127 (MQ=255) cac‑aCCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGAcg > 7:74326/1‑100 (MQ=255) cac‑aCCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGAcg < 8:74326/100‑1 (MQ=255) cac‑aCCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATc < 7:161081/149‑1 (MQ=255) acccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCtt > 3:50656/1‑149 (MQ=255) acccGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCtt > 1:202869/1‑149 (MQ=255) cACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGAcc < 4:50656/149‑1 (MQ=255) ccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 6:295758/147‑1 (MQ=255) ccttcGCGCCCCAGGTCCGCACCACCCTGGCCGCATCGGTCTCGCCCACCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACCCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGc < 4:193753/149‑1 (MQ=255) cGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCcaca > 1:283281/1‑149 (MQ=255) ggCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACg < 7:29339/149‑1 (MQ=255) cccAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGc > 8:9946/1‑149 (MQ=255) cccAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGc > 1:94093/1‑149 (MQ=255) ccATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGcc > 3:53510/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGCTGCGGCACATGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGcc > 6:211468/1‑149 (MQ=255) cATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCCCTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGccc < 6:310991/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCAATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 1:192555/136‑1 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa > 2:192555/1‑135 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg > 3:219591/1‑149 (MQ=255) tgtgCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCgg < 2:283281/149‑1 (MQ=255) caCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGGTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCGGAGCCACACGGCCCGTGTCTTCGGca > 6:254079/1‑148 (MQ=255) tGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTTTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGATTGGTTATCACTC‑ATAGGCGTTGATCCAGTCTTTAACTACCTGAGACACACGGACCTGGTCTTCGGccaaca > 8:267794/1‑149 (MQ=255) tGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGccacca < 2:94093/149‑1 (MQ=255) ccGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGcc < 4:53510/149‑1 (MQ=255) cATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCttt < 5:254079/149‑1 (MQ=255) cATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCttt < 3:134818/149‑1 (MQ=255) cctggTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCttt > 2:152690/4‑148 (MQ=255) ggTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCTTTGAtt < 4:241719/149‑1 (MQ=255) ggTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCTTTGAtt < 4:237536/149‑1 (MQ=255) gTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCt > 4:62011/1‑107 (MQ=255) gTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCt < 3:62011/107‑1 (MQ=255) | CAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCT‑GGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCAC‑ACCC‑ACCCGCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTC‑ATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGGGTCTTCGGCCACCAGGCCTTTGATT > NC_002947/4958472‑4958767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |