Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,992,731 | G→A | 7.4% | V230I (GTA→ATA) | bkdAA → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,992,731 | 0 | G | A | 7.4% | 152.0 / 2.2 | 54 | V230I (GTA→ATA) | bkdAA | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base A (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.06e-01 |
CAACCTGGCGACCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCGGGTTGACGGCAACGAC > NC_002947/4992589‑4992877 | cAACCTGGCGACCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATAcc < 4:214421/149‑1 (MQ=255) cTGGCGACCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCgcgc < 2:228181/149‑1 (MQ=255) gCGACCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGccc < 6:197904/148‑1 (MQ=255) gCGACCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGcc < 2:142608/147‑1 (MQ=255) aCCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGt > 4:299629/1‑149 (MQ=255) cAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCAt > 8:155932/1‑149 (MQ=255) cGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGACCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTc > 4:235164/1‑148 (MQ=255) ggCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACATATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTgg > 7:126110/1‑149 (MQ=255) ggCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACATATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTgg > 1:258551/1‑149 (MQ=255) ggTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTca < 7:155932/149‑1 (MQ=255) cTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCTACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCaacaac > 3:308869/1‑148 (MQ=255) ttgatctcATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATg < 1:276248/142‑1 (MQ=255) aTCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATg > 2:276248/1‑141 (MQ=255) ggCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACATATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTcc < 2:258551/148‑1 (MQ=255) ggCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACATATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTcc < 8:126110/148‑1 (MQ=255) gCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTGCTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCAc > 3:194428/1‑149 (MQ=255) gCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCAc < 5:199227/149‑1 (MQ=255) cAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACATTc > 2:77789/1‑148 (MQ=255) aGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAg < 3:299629/149‑1 (MQ=255) aGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAg < 2:8023/149‑1 (MQ=255) gggCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTcc > 1:136825/1‑139 (MQ=255) gggCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTcc > 1:244207/1‑139 (MQ=255) gggCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTcc < 2:244207/139‑1 (MQ=255) gggCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTcc < 2:136825/139‑1 (MQ=255) gggCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAgg < 5:319719/149‑1 (MQ=255) aaGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCAATCGCCgg > 1:320453/1‑149 (MQ=255) ggCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCTACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGa < 4:308869/149‑1 (MQ=255) gCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGac > 5:111829/1‑149 (MQ=255) gCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGac > 5:130138/1‑149 (MQ=255) aTGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTg > 3:109327/1‑91 (MQ=255) aTGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTg < 4:109327/91‑1 (MQ=255) gATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCt > 7:159048/1‑149 (MQ=255) gcTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCTGTCATCCTCAACGTGGTCAAAAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCcgtgg > 8:291428/1‑149 (MQ=255) gcTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAAAGGGCCATTTCCACCTTCCACGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCGTTGCCGGCcgtgg > 8:287121/1‑149 (MQ=255) ccGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCcgtggcgtgag > 7:246291/1‑146 (MQ=255) ccGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCcgtggcgt < 8:246291/145‑1 (MQ=255) ccGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCCCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGt > 3:47740/1‑149 (MQ=255) aGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGc > 6:243834/1‑149 (MQ=255) gTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCTGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCg < 1:77789/149‑1 (MQ=255) gTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCg < 6:130138/149‑1 (MQ=255) ggACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCACCGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCgg < 3:235164/147‑1 (MQ=255) cTTCCACACCGCCCTTACCTTTGACCACGTATACCACGCACCGGTCATCCTCAACGAGGTCAACAACCAATCGGCCATTTACACCTTCCAGGCCATCGCCGGAGGAGAGTCGACAACATTTGCCGGCCGAGGCGTGGGTTGCGGTAtt > 5:316781/1‑148 (MQ=255) ttCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGc > 8:63162/1‑149 (MQ=255) ttCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGc > 2:301408/1‑149 (MQ=255) cacaCCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCtt < 4:194428/148‑1 (MQ=255) acCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCg < 4:193047/136‑1 (MQ=255) acCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCg > 3:193047/1‑136 (MQ=255) acCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCt > 8:130162/1‑149 (MQ=255) cGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGGTGCGGTATTGCTTCGCTGc > 1:234574/1‑149 (MQ=255) gCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCg < 7:130162/149‑1 (MQ=255) cccTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCAATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCgg < 2:320453/149‑1 (MQ=255) aCCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCGGGtt < 6:111829/147‑1 (MQ=255) cccACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCGGGTTGACGGCAAc < 4:47740/149‑1 (MQ=255) atgTATACCGCGCCCCTGTCATCCTCAACGTTGTCAACAACCAATGGGCTATTTCCAACTTCCAGGTCATAGCCGTTGTCGAGTCGACCAACTTTTACGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTTCTTCGCTGCTGGTTGACGGGAACGAc < 6:316781/147‑1 (MQ=255) aCGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCGGGTTGACGGCAACGAc > 5:254455/1‑149 (MQ=255) | CAACCTGGCGACCCAGTTCGTGCAGGCGGTCGGCTGGGCCATGGCATCGGCGATCAAGGGCGATACCAAGATCGCCTCGGCATGGATCGGTGACGGCGCTACTGCCGAGTCGGACTTCCACACCGCCCTTACCTTTGCCCACGTATACCGCGCCCCGGTCATCCTCAACGTGGTCAACAACCAATGGGCCATTTCCACCTTCCAGGCCATCGCCGGTGGCGAGTCGACCACCTTTGCCGGCCGTGGCGTGGGTTGCGGTATTGCTTCGCTGCGGGTTGACGGCAACGAC > NC_002947/4992589‑4992877 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |