| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,300,642 | T→C | 10.8% | D1044G (GAC→GGC) | recB ← | Chi activated ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,300,642 | 0 | T | C | 10.8% | 90.6 / 3.5 | 38 | D1044G (GAC→GGC) | recB | Chi activated ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/16); new base C (2/2); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 | |||||||||||
GGTCGGCTGCGCAGCTGGGCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGTTAGCGCTGACCTCGCTGAAG > NC_002947/5300494‑5300788 | ggTCGGCTGCGCAGCTGGGCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGt < 3:271351/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGCAGCTGGGCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCt > 2:39050/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTGCGCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCa < 1:39050/149‑1 (MQ=255) gggCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCgg < 8:179840/149‑1 (MQ=255) ggCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCTCGGCAGCgg > 2:228868/1‑148 (MQ=255) ggCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGACCGGCAGCgg > 6:330015/1‑148 (MQ=255) gcgcCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAAc < 6:273573/149‑1 (MQ=255) cgcCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACg < 4:72147/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGcc < 4:36079/149‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGcc > 3:136745/1‑148 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGcc < 4:136745/148‑1 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGCCGCTGCCGGGCAGCgacca > 2:229615/1‑140 (MQ=255) cAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACCCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGCCGCTGCCGGGCAGCgacca < 1:229615/144‑5 (MQ=255) aCCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GGCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCTCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGc < 1:228868/149‑1 (MQ=255) ggtgTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCTATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAAc > 5:50484/1‑149 (MQ=255) gCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGCCGCTGCCGGGCAGCgaccaga > 5:294887/1‑118 (MQ=255) gCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGCCGCTGCCGGGCAGCgaccaga < 6:294887/124‑7 (MQ=255) accaGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCTATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTg < 6:50484/149‑1 (MQ=255) gCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCt > 6:34274/1‑147 (MQ=255) aCCCGGTGGCTGGTGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCa < 1:130745/149‑1 (MQ=255) gctggcGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCgcggc > 1:117279/1‑149 (MQ=255) gctggcGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCgcgg < 1:280905/148‑1 (MQ=255) tCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGc > 5:252873/1‑148 (MQ=255) cATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCAGCGATTGCAGCGCTGGCCaa > 8:35005/1‑149 (MQ=255) tCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGACGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACgg > 2:164303/1‑148 (MQ=255) cAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGACGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGt < 1:164303/148‑1 (MQ=255) cAATCTGGTAATGACCCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTa > 3:101680/1‑149 (MQ=255) tGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGctc > 2:25836/1‑149 (MQ=255) aCGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGtt > 2:221258/1‑149 (MQ=255) cGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGGAGAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGtt > 1:228760/1‑149 (MQ=255) gCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGa < 2:228760/149‑1 (MQ=255) cTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGt > 5:93675/1‑149 (MQ=255) cTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCAGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGt < 7:35005/149‑1 (MQ=255) gCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGTTAGCGCTg < 1:221258/149‑1 (MQ=255) aCGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGTTAGCGCTGACCTc > 1:203115/1‑149 (MQ=255) tctGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGtt < 6:20143/126‑1 (MQ=255) tctGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGtt > 5:20143/1‑126 (MQ=255) gTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGTTAGCGCTGACCTCGCTGaa < 5:34274/147‑1 (MQ=255) gTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGTTAGCGCTGACCTCGCTGAAg < 2:117279/148‑1 (MQ=255) | GGTCGGCTGCGCAGCTGGGCGCGCCAGACCGGGGTGGGTGTGGCGTGCCACCAGGCGATCGAGTTGTTCTGCGTCGACCCGGTGGCTGGCGAACCAGAACTCCATTTCAATCTGGTAATGACGCAGCTG‑GCCCAGCGTTACGCTCTGGTCGCTGCCCGGCAGCGG‑CAACGCCTCGCTCAGCAAACGCTGCATCCAGTGGCTCAGGGTGGGGATCCAGCCGGCCCAGTCGCGGCGATTGCAGCGCTGGCCAACGGTACGCTCTATCAGTTGAGGGTTAGCGCTGACCTCGCTGAAG > NC_002947/5300494‑5300788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |