| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,366,297 | T→C | 8.7% | N87D (AAC→GAC) | ftsH ← | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,366,297 | 0 | T | C | 8.7% | 157.4 / 4.6 | 57 | N87D (AAC→GAC) | ftsH | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/26); new base C (2/3); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
GCCCTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACCT > NC_002947/5366154‑5366431 | gcccTTGCCGCCCTCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCTCCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACAACCACGTGGTCGTCGa < 4:119789/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑c > 8:132564/1‑148 (MQ=255) ccTTGCCGCCAGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑cc < 5:109297/149‑1 (MQ=255) cgcccgcGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCg > 8:16841/1‑149 (MQ=255) gcccgcGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTTAGGCTGCTTGCCTTCGACAACCACGTGGTCGTCGaa < 1:215139/141‑2 (MQ=255) gcccgcGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACAACCACGTGGTCGTCGaa > 2:215139/1‑140 (MQ=255) cACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAgg > 3:286723/1‑149 (MQ=255) cATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGt < 4:136055/149‑1 (MQ=255) aTCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTc > 2:298800/1‑149 (MQ=255) gcgcATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCTGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGt < 5:296507/147‑1 (MQ=255) gcgcATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGt < 3:155918/147‑1 (MQ=255) gaagaaCATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCg > 5:207493/1‑149 (MQ=255) gaagaaCATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCg > 5:313398/1‑149 (MQ=255) gaagaaCATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCg > 2:141530/1‑149 (MQ=255) agaaCATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCgg < 7:16841/148‑1 (MQ=255) aTGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGcac < 4:286723/149‑1 (MQ=255) acacGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTc < 1:298800/149‑1 (MQ=255) ggCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTg > 3:272616/1‑148 (MQ=255) ggCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTg > 5:317489/1‑148 (MQ=255) gCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGaa < 4:272616/149‑1 (MQ=255) ccAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCa > 8:244055/1‑149 (MQ=255) ccAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCa > 7:90016/1‑149 (MQ=255) cGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTgc > 3:311369/1‑149 (MQ=255) ggAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTg < 8:305305/134‑1 (MQ=255) ggAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTg > 7:305305/1‑134 (MQ=255) ggAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTgcgc > 6:213770/1‑149 (MQ=255) ggAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACAACCACGTGGTCGTCGaa > 7:120164/1‑78 (MQ=255) ggAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACAACCACGTGGTCGTCGaa < 8:120164/79‑2 (MQ=255) gCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGc < 7:132564/149‑1 (MQ=255) gCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGc < 6:317489/149‑1 (MQ=255) ccgcGCCCCCAGCAACGGCGCCCTGTTCCGCTGTGGCTCAGGCTGCTTGCCTTCCACGCCCACGTGGTTGTCTA‑CCACATCGCCCATCAGCCCATTGTCGGTCATGGCCGGGCGCACAGTCTTCAAGTTGCCGCCATCGGGGCGCTTGc < 4:311369/146‑1 (MQ=255) tCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGc > 3:100621/1‑147 (MQ=255) gcaaacaGAAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAg < 4:218371/143‑1 (MQ=255) caccaGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGaaa > 2:109160/1‑149 (MQ=255) caccaGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTaa < 7:244055/149‑1 (MQ=255) 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gATGCTCTGTTGGTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGcc < 2:294634/126‑1 (MQ=255) gATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGcc > 1:294634/1‑126 (MQ=255) ttGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGTAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCt < 6:313398/149‑1 (MQ=255) gCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTc < 6:207493/148‑1 (MQ=255) gCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTc < 1:109160/148‑1 (MQ=255) cTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGa > 4:147648/1‑149 (MQ=255) ggCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCtt < 5:213770/149‑1 (MQ=255) gctgctTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCCCACGATCGACCGTg > 8:214759/1‑149 (MQ=255) ctgctTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGc < 8:88103/149‑1 (MQ=255) ccTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGACAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCCCACGCTCGACGTTGCCATCCtt > 2:74433/1‑149 (MQ=255) cTTCGACGACCACGTGGTTGTCGAGCCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGACATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCtt > 7:47185/1‑149 (MQ=255) ttCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTc < 8:126104/81‑1 (MQ=255) ttCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTc > 7:126104/1‑81 (MQ=255) tCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGAc > 3:224664/1‑149 (MQ=255) cgacgaCCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGa < 1:141530/147‑1 (MQ=255) gacgacCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACTGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACct < 7:214759/149‑1 (MQ=255) | GCCCTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGA‑CCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACCT > NC_002947/5366154‑5366431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |