Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,558,025 | T→C | 7.4% | I410V (ATC→GTC) | purA ← | adenylosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,558,025 | 0 | T | C | 7.4% | 154.1 / 3.1 | 54 | I410V (ATC→GTC) | purA | adenylosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/29); new base C (2/2); total (23/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 |
GCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTCGTACACCGGCTCAAGGCCAATGTAGCTGTC > NC_002947/5557881‑5558166 | gCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGgc < 2:111402/149‑1 (MQ=255) gCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTAAAAGGGCCGCGGCGTCAGATCAAACAGGAAGGCAGAACAGGCGAACCGGTTACGCACAACGATGCTCTCGTTGCGGTACGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCCgc > 6:1741/1‑149 (MQ=255) ccAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGgcg > 3:284212/1‑149 (MQ=255) gCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGgcgcgc < 1:172689/149‑1 (MQ=255) cacaAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTc > 4:14193/1‑149 (MQ=255) cacaAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTc < 2:86590/149‑1 (MQ=255) cacaAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTc < 2:82247/149‑1 (MQ=255) acaAATGAAACCGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCg < 1:273706/149‑1 (MQ=255) aaTGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGACTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCTCGATGGGCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATg > 8:230314/1‑149 (MQ=255) tgaCGCCGCGGCCCTGAGAAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCtt > 2:86166/3‑149 (MQ=255) ccccgccggGGCCCTTCTCTGGCCGGCGGCGTCAGATCAGCCGGGACGGCAGAGGAGGCGCACGGGTGACGCTGCACGATGGTCTCGTGGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCt < 6:178108/145‑1 (MQ=255) aaaCGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGATCGACATCATTTCGACCgg > 5:283047/1‑122 (MQ=255) aaaCGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGATCGACATCATTTCGACCgg < 6:283047/122‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATAAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCCGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCCACCAGCACTTAGATGCGCTTGa > 4:89806/1‑149 (MQ=255) aCGCCGCGGCCCTGAGAAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGa < 1:86166/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCGGCCCTGAGAAGGGCCGCGGCGTCAGATAAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGa > 6:16743/1‑149 (MQ=255) gccgcGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATg > 3:35730/1‑149 (MQ=255) gccgcGGCCCTGAGAAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGCGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATg > 8:183613/1‑149 (MQ=255) cgcgGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATg > 1:221080/1‑147 (MQ=255) ggCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTc < 3:89806/149‑1 (MQ=255) cccTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCGCGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCAc < 3:233906/149‑1 (MQ=255) aGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATgcgc < 7:67166/128‑1 (MQ=255) aGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATgcgc > 8:67166/1‑128 (MQ=255) aGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAg < 2:221080/147‑1 (MQ=255) gggCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGAt < 7:70003/132‑1 (MQ=255) gggCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGAt > 8:70003/1‑132 (MQ=255) cgcgGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCgg < 5:16743/149‑1 (MQ=255) cggcgTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCgg > 5:329380/1‑147 (MQ=255) cggcgTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCa < 4:284212/149‑1 (MQ=255) tCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGctct < 2:12963/149‑1 (MQ=255) tCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGctct < 3:14193/149‑1 (MQ=255) gATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTATTc > 1:281500/1‑148 (MQ=255) aGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTcaca < 4:35730/149‑1 (MQ=255) aGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTcaca > 5:177107/1‑149 (MQ=255) ggCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGAAGCTCTTCCAGGGTTTTCacac > 6:245881/1‑149 (MQ=255) gCAGATCAGGCGAACGGGGGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACAcc < 5:1741/149‑1 (MQ=255) gCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAggg < 5:307153/130‑1 (MQ=255) gCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAggg > 6:307153/1‑130 (MQ=255) tGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTc > 2:45990/1‑147 (MQ=255) aCGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGACCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAgg < 2:319390/118‑1 (MQ=255) aCGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGACCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAgg > 1:319390/1‑118 (MQ=255) gcagcaCGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCt > 7:81287/1‑149 (MQ=255) agcaCGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTgg < 5:244893/149‑1 (MQ=255) gTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGc < 7:244675/130‑1 (MQ=255) gTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGc > 8:244675/1‑130 (MQ=255) gTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTc < 2:23419/149‑1 (MQ=255) gTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTc < 1:45990/149‑1 (MQ=255) gTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGACATCTCTTCGTac < 7:230314/148‑1 (MQ=255) ttGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTCGTacac < 7:183613/149‑1 (MQ=255) ggTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTCGTACACCGGc < 3:101851/149‑1 (MQ=255) cGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTCGTACACCGGCTCAAGGCCAATGt < 2:281500/149‑1 (MQ=255) atgTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATTTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCGCCAGCCTGGCATCTCTTCGTACACCGGCTCAAGGCCAATGTAGCTGTc < 8:222256/149‑1 (MQ=255) gTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAgg < 6:236297/73‑1 (MQ=255) gTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAgg > 5:236297/1‑73 (MQ=255) | GCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCTTGCGGCAGCTCTTCCAGGGTTTTCACACCCAGAGTCGACTCGCTCCAGCCTGGCATCTCTTCGTACACCGGCTCAAGGCCAATGTAGCTGTC > NC_002947/5557881‑5558166 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |